Berapa lama kah pemeriksaan PCR Covid-19 ? informasi simpang siur, ada yang menyebutkan 3 jam, ada pula yang menyampaikan 3 hari, ada yang menjelaskan 3 pekan, bahkan ada informasi yang beredar lebih dari itu.

Nah untuk lebih jelasnya penulis melakukan wawancara kepada Kepala Instalasi Laboratorium RSKO Jakarta, dr.Hermawanto HH. SpPK.,MARS mengenai berapa lama pemeriksaan PCR Covid-19 dari pemeriksaan sampai dengan diterima oleh pasien.

Dr.Hermawanto membenarkan “pemeriksaan PCR Covid-19, bisa 3 jam, bisa 3 hari, bisa 3 pekan bahkan bisa lebih. Semuanya benar, sesuai dengan faktor-faktor yang terjadi di lapangan (laboratorium),” penjelasannya saat di wawancarai secara online di ruang Kepala Instalasi Laboratorium, RSKO Jakarta (14/5/2020).

Jelasnya, inti kerja pemeriksaan PCR Covid-19 itu ada dua: Ekstraksi dan PCR itu sendiri. Memang ada yang menyatakan bahwa waktu kerjanya adalah sekitar 3 jam 30 menit, itu tidak salah.

Tapi harap diketahui, itu adalah waktu ideal kalau laboratorium hanya mengerjakan beberapa sampel saja. Hasil 3 jam 30 menit bila diukur waktunya sejak sampel sudah siap diekstraksi. Permasalahannya : banyak hal yang dilakukan sebelum itu (pra ekstraksi).

Tahap pertama pemeriksaan Covid-19 adalah pra analitik yaitu pengambilan sampel. Agar tidak menghasilkan kesalahan harus tepat mendapatkan sampel sesuai target, ini merupakan titik krusial. Apapun yang dilakukan setelah itu, sangat dipengaruhi oleh pengambilan sampel ini.

Setelah tahapan tersebut, sampel dikemas. Pengemasan harus 3 lapis (bisa lebih) tidak bisa ditawar-tawar. Prinsipnya harus kokoh sekaligus kedap air.

Tahap pemeriksaan Covid-19 pra analitik selanjutnya yaitu penyiapan sampel. Nah, pada proses ini yang akan menentukan berapa lama waktu pemeriksaan PCR Covid-19. Setelah diterima di laboratorium pemeriksa, maka muncul beberapa masalah, pertama: antrian ke berapa sampel yang diantarkan tersebut?

Kapasitas pemeriksaan akan cenderung tetap, jika jumlah alat dan ketersediaan reagen tidak bertambah. Sementara jumlah kiriman sampel makin bertambah. Terjadilah antrian. Karena antri, terpaksa disimpan dulu. Tentunya penyimpanan dilaksanakan sesuai Standar Prosedur Operasional agar tidak menghasilkan kesalahan.

Wadah itu harus didesinfeksi di bagian luar sebelum dimasukkan ke tempat pemeriksaan. Setelah dibuka, akan diambil sampel-sampel di dalamnya. Langkah paling awal memastikan bahwa terlihat sampel terisi, dan tidak ada tanda-tanda bahwa sampel sudah terkontaminasi.

Kalau sampel memenuhi syarat, selanjutnya dilakukan pencatatan. Untuk setiap sampel terlampir 3 lembar format isian. Bila sudah selesai, sampel mendapat nomor kode unik. 

Selanjutnya, sampel dibagi menjadi minimal 2 tabung (micro-tube, tabung ukuran kecil).
Tabung pertama untuk disimpan. Tabung kedua untuk pemeriksaan. Ini disebut proses aliquot.

Minimal 2 tapi sebaiknya ditambah, karena harus tetap ada cadangan bila terjadi hambatan dalam proses pemeriksaan sehingga harus ada pengulangan. Ini proses yang sangat menentukan untuk langkah-langkah selanjutnya.

Agar efektif dan efisien, maka pengerjaan tidak hanya atas sampel tunggal. Dibuka dulu beberapa sampel, sampai sejumlah yang cukup sesuai kapasitas alat pemeriksaan.

Jadi satu per satu sampel menjalani proses : penilaian kelayakan, pencatatan dan aliquoting. Setelah jumlahnya cukup, semua yang tidak perlu, disingkirkan. Tabung sampel sebagian disimpan di lemari pendingin. Tinggal tabung sampel untuk pemeriksaan.

Proses ini waktu nya sangat bervariasi. Tergantung kondisi pengiriman dan wadah sampel, kelayakan isinya dan tentu saja, banyaknya sampel yang harus dikelola.

Setelah preparasi sampel selesai, kemudian baru masuk ke  tahap pemeriksaan Covid-19 analitik yaitu pemeriksaan PCR. Ada dua proses utama: Ekstraksi RNA dan PCR itu sendiri.

Proses ekstraksi ada yang manual ada yang otomatis. Masing-masing ada cirinya sendiri. Bukan soal lebih baik mana, tetapi soal cara kerjanya harus benar-benar sesuai Standar Prosedur Oprasional, apapun metode yang digunakan.

Pada proses ini membutuhkan waktu rata-rata sekitar 1-1,5 jam. Lamanya proses dipengaruhi oleh kapasitas alat dan juga batas kapasitas pemeriksa bila secara manual.

Hasil kerja ekstraksi adalah RNA yang diduga salah satunya adalah RNA dari Covid-19. Pada proses ini tidak selalu lancar ada kalanya menemui masalah. Bila terjadi pengulangan akan menambah waktu.

Setelah proses ekstraksi selesai, barulah masuk ke tahap PCR itu sendiri. Hasil ekstraksi tadi, ditambah dengan campuran (Master Mix) tertentu. Isinya: pendeteksi urutan gen dari Covid-19. Inilah reagen yang sangat menentukan. Sifatnya sangat spesifik untuk Covid-19. Tidak bisa sembarangan.

Ada variasi pemilihan target gen yang diperiksa. Untuk Indonesia, mengikuti standar Litbangkes. Ada 3 target. Ketiganya harus diperiksa semua, untuk yakin, apakah benar ada virus Covid-19.

Terdapat reagen yang untuk memeriksanya, harus pada micro-tube terpisah. Ada reagen yang dapat memeriksanya dalam satu micro-tube. 

Tabung-tabung kecil berisi RNA dan Master Mix tadi dimasukkan ke alat PCR. Kapasitas alat bervariasi. Ada yang 36, 72 atau 96 sumuran (micro-well).

Pertama, selain tabung untuk sampel, harus disertakan juga tabung berisi kontrol. Fungsinya memastikan apakah proses pemeriksaan berjalan normal. Karena itu, tidak mungkin semua diisi tabung sampel.

Kedua, biasanya tidak dianjurkan untuk memaksakan mengisi semua micro-well. Tujuannya menjaga efektifivitas proses pemeriksaan.

Proses pemeriksaan PCR ini rata-rata 90-120 menit. Itu jika proses lancar. Bila terjadi hambatan harus ada pengulangan. Ada sedikit saja keraguan, harus diulang.

Nah itu mengapa ada yang menyebutkan bahwa pemeriksaan PCR Covid-19 itu selama 3 jam 30 menit. Gabungan antara 1-1,5 jam ekstraksi dan 90-120 menit PCR.

Tapi patut diingat, itu kalau semua lancar, tidak ada pengulangan. Waktu 3 jam 30 menit belum menghitung waktu untuk preparasi sampel. Yang membuat menambah waktu hasil diterima oleh pengirim ialah proses preparasi sampel itu lebih lama daripada proses pemeriksaannya sendiri.

Waktu bisa makin bertambah karena untuk setiap pasien, dalam rangka diagnosis laboratorium pertama kali untuk Covid-19, diambil 2 sampel swab. Kenapa harus dua kali ? Karena kalau ternyata hasil akhirnya negatif, maka harus dari minimal 2 kali pemeriksaan dengan hasil negatif.

Terhadap setiap sampel, ada 3 target gen. Hasil pemeriksaan terhadap ketiga target gen itu harus sinkron. Baru dapat disimpulkan ada tidaknya virus Covid-19. Bila tidak sinkron pada salah satu saja, tidak ada kata lain: harus diulang dari awal.

Berarti butuh 3 tabung dan 3 micro-well di PCR untuk setiap sampel. Padahal untuk menegakkan hasil negatif pada 1 (satu) pasien, minimal 2 sampel. Berarti dibutuhkan minimal 6 tabung pemeriksaan per pasien.

Artinya, kalaupun misalnya sekali running bisa memeriksa 48 tabung, itu baru bisa mencakup 8 pasien. Kalau targetnya 50 pasien per hari? Bisa dibayangkan, bisa dihitung sendiri, harus berapa kali?

Beruntung kalau bisa mendapatkan reagen yang bisa 1 tabung untuk 3 target gen. Berarti dari 48 tabung tersebut, baru mencakup 24 pasien. Itu kalau beruntung mendapatkan reagen yang bisa multi-plex.

Itu artinya, kalau harus mencapai target 50 pasien per hari, maka harus melakukan rangkaian proses tadi minimal 2 kali dalam sehari. Bahkan bisa saja harus sampai 3 kali karena harus ada pengulangan. Dari sejak proses preparasi sampel, sampai ekstraksi dan PCR.

Soal reagen, setiap kali mendapatkan reagen baru, maka harus ada proses optimasi. Tujuannya memastikan reagen dapat bekerja, dengan mencoba beberapa variasi pengaturan pada alat PCR. Setelah tercapai pengaturan yang optimal, baru bisa digunakan untuk pemeriksaan.

Repotnya bila sampai terjadi kehabisan reagen di tengah jalan. Itu artinya antrian makin panjang. Ketika akhirnya mendapat reagen baru, bisa saja beda mereknya. Artinya harus optimasi lagi, tambah waktu tunggu lagi, tambah panjang lagi antriannya.

Dr.Hermawanto berkata itu mengapa ada yang menyebut sekitar 3 jam, ada yang menyampaikan bisa 3 hari. Bahkan ada yang lebih lama. Dalam pemeriksaan PCR  Covid-19 memang ada lika-liku dan dinamikanya. Apalagi jika keterlambatan kedatangan reagen, karena pada masa pandemi Covid-19, seluruh negara membutuhkan reagen tersebut.
----
Blogpost ini diupload oleh Instalasi Humas dan PKRS RSKO Jakarta
Penulis : Andri Mastiyanto, SKM (Penyuluh Kesehatan Masyarakat)
Narasumber : dr.Hermawanto HH. SpPK.,MARS (Kepala Instalasi laboratorium RSKO Jakarta)
Terima kasih, Salam Hangat RSKO Jakarta
Facebook (DISINI) - Twitter (DISINI) - Instagram (DISINI) - Web (DISINI)