Sebelumnya di Indonesia hanya dikenal dua jenis orangutan yaitu Pongo pygmaeus( Orangutan Kalimantan) dan Pongo abelii ( Orangutan Sumatra ). Habitat Orangutan Sumatra dan Orangutan Kalimantan terdapat di dua pulau besar di Indonesia dengan jarak yang cukup jauh yaitu Pulau Sumatra dan Pulau Kalimantan. Kedua jenis Orangutan sudah terpisah dengan jarak waktu yang sangat lama, hal ini membuat terjadi perbedaan baik secara genetika, morfologi fisik dan perilaku.

Orangutan Sumatra lebih sering berada dan mencari makan diatas pohon dibandingkan Orangutan Kalimantan yang lebih berani menghabiskan waktu berada diatas tanah. Hal ini disebabkan karena hutan-hutan di Sumatra lebih banyak predator yang bisa memangsa Orangutan Sumatra, seperti harimau sumatra.

Orangutan Tapanuli menjadi spesies ketiga yang ditemukan di Indonesia, orang utan ini terdapat di daerah Tapanuli tepatnya di Batang Toru. Orangutan Tapanuli awalnya ditemukan sejak tahun 1990 oleh para ilmuan, sejak penemuan itu Orangutan Tapanuli diobservasi oleh peneliti dari luar maupun dalam negeri. Sebelumnya Orangutan Tapanuli dianggap sebagai bagian dari populasi Orangutan Sumatra.Tetapi, berdasarkan hasil dari peneletian Orangutan Tapanuli lebih dekat dengan Orangutan Kalimantan secara taksonomi, bahkan diindikasikan Orangutan Tapanuli adalah nenek moyang dari orangutan yang ada di indonesia. Para ahli genomik,genetika,konservasi,ekologi,serta perilaku primata akhirnya sepakat bahwa Orangutan Tapanuli adalah spesies baru dan berbeda dengan Orangutan Sumatra dan Orangutan Kalimantan. Hasil penelitian ini dipublikasikan di di salah satu jurnal current biologydengan judul Morphometric, Behavioral, and Genetic Evidence for a New Orangutan Species untuk mengesahkan penemuan spesies baru ini.