Film Banyu Biru berkisah tentang seorang pemuda yang mencoba mencari jawab atas berbagai persoalan hidup yang ia alami.



Cerita diawali dengan menampilkan keluarga Oskar (ayah Banyu). Pada awal cerita dikisahkan saat istri Oskar sedang menemani putrinya, Biru, berenang di kolam renang belakang rumahnya. Tetapi suaminya memanggil dan menanyakan tentang lembar-lembar kerja yang tak ditemukannya. Akhirnya Biru ditinggalkan sendirian di kolam renang. Sebuah tragedi terjadi. Entah berapa ibu Biru meninggalkan Biru di kolam sendirian hingga kemudian didapati oleh Banyu, kakak Biru, Biru telah terapung dipermukaan kolam. Ia meninggal karena tenggelam. Banyu menjerit hsiteris kemudian teringatlah saat-saat indah dan menyenangkan bersama adiknya, saat-saat mereka bermain bersama.



Ibu Banyu, istri Oskar, tidak tahan dengan itu semua. Dia shok dan akhirnya ia juga meninggal dunia. Banyu merasakan bahwa tidak ada siapa-siapa lagi dalam hidupnya. Adiknya meninggal. Ibunya juga meninggal sedangkan ayahnya terlalu asik dengan pekerjaaannya dan tidak mau peduli dengan dirinya. Akhirnya ia meninggalkan rumah dan pergi ke kota.



Di kota ia bekerja di supermarket. Berbagai permasalahan selalu bermuara pada dirinya. Hidupnya dipenuhi dengan masalah. Ia tidak bisa menikmati kehidupan. Suatu saat ia diminta menggantikan temannya hadir dalam seminar tentang pelayanan terhadap konsumen. Padahal saat itu ia sangat capek, sedang tidak enak badan dan dalam dirinya penuh masalah maka ia pergi ke psikiater untuk menyelesaikan masalahnya. Psikiater menyarankan agar ia kembali kepada keluarganya, kepada ayahnya. Karena menurutnya, saat itu waktu yang tepat. Sudah saatnya ia kembali pada keluarga dan menyelesaikan masalah keluarga, masalah dengan ayahnya. Sebelumnya ia telah mendapat telpon dari pamannya agar hadir dalam pesta perkimpoiannya yang kelima.



Dengan rasa caapek dan pusing ia paksakan hadir dalam seminar itu, mewakili temannya. Tetapi ia tidak dapat berkonsentrasi. Pikirannya penuh masalah dan pusing di kepalanya menyebabkan ia harus minum obat sampai akhirnya ia tertidur. Dalam tidurnya inilah mengalir cerita dalam mimpinya.



Dalam mimpinya ia kembali ke rumah. Tetapi ia tidak bertemu dengan ayahnya bahkan rumahnya telah kosong dan dipenuhi debu. Dari Sulah, ia memperoleh informasi bahwa ayahnya telah pindah tetapi ke mana pindahnya, Sulah juga tidak tahu. Di sinilah terjalin cinta pertama Banyu dengan Sulah. Banyu sangat merasakan cinta itu hingga ketika dalam perjalanan ia tersenyum sendiri, senyum karena senang.



Karena ayahya telah pindah, akhirnya ia pergi ke rumah pamannya yang waktu itu sedang mengadakan pesta pernikahannya yang kelima. Dari pamannya inilah Banyu mengetahui bahwa ayahnya telah pindah ke Pangkal Pinang. Pamannya mengatakan bahwa ayahnya sebenarnya tidak seperti yang dibayangkan Banyu. Cintanya pada anak dan istri tak pernah habis. Karenanya sang paman menyarankan Banyu untuk menemui ayahnyadan menyelesaikan persoalannya.

Benar, Banyu akhirnya pergi ke pulau Pangkal Pinang. Dalam perjalanannya mencari rumah ayahnya di Pangkal Pinang, ia bertemu dengan Arif, teman SD-nya yang dulu sering ia ejek sebagai seorang yang banci. Pertemuan itu tidak disengaja karena Banyu hanya mau bertanya tentang mobil yang bisa mengantarkannya ke pelabuhan. Tetapi dari Arif, Banyu mendapatkan banyak hikmah. Arif yang dulu dikatakan banci ternyata mampu memberi manfaat pada desanya.

Ketika Banyu sampai di pulau Pangkal Pinang ia langsung menuju ke sebuah rumah dekat pantai dan di situlah ayahnya tinggal. Banyu tetap menyalahkan ayahnya, ia katakan bahwa ayahnya egois, tidak mencintai ibunya dan hanya mementingkan pekerjaanya. Oskar, ayah Banyu marah dan berusaha memberika pengertian kepada Banyu bahwa apa yang dikatakan Banyu tentang dirinya semuanya tidak benar. Ia sangat mencintai ibu Banyu. Ia mencintai Banyu, anaknya. Sebagai buktinya ia berikan cincin perkimpoiannya yang ia gantungkan sebagai bandul kalung kepada Banyu. Ia berharap suatu saat nanti Banyu mengerti akan ayahnya. Akan hatinya.

Akhirnya Banyu ingin kembali lagi dan meninggalkan ayahnya. Di tengah perjalanan lautnya ia pusing dan terlempar di laut. Ia terbangun dari mimpi dan bertekad untuk menyelesaikan masalahnya dengan kenyataan, bukan dalam impian