1. Murid akademi
Murid akademi adalah tingkat paling dasar dalam akademi ninja. Mereka sudah didaftarkan mulai usia sangat muda dan hanya belajar teknik-teknik dasar ninja. Untuk naik tingkat Genin, mereka harus melewati sebuah ujian kelulusan yang sudah meliputi semua teknik dasar tersebut.

2. Genin
Genin adalah tingkat ninja terendah. Para Genin biasanya menjalankan tugas yang membosankan. Jika mereka ditugaskan dalam sebuah misi, biasanya hanya misi-misi pada level D. Satu kelompok Genin beranggotakan tiga orang Genin yang akan dipimpin dan dilatih oleh seorang Jounin.

3. Chunin
Chunin adalah ninja level menengah. Ujian untuk menjadi Chunin biasanya diadakan setiap 6 bulan sekali. Para peserta akan melewati tes tertulis, fisik dan mental yang lumayan berat. Bahkan banyak di antara mereka yang terbunuh atau terluka parah dalam ujian. Seorang Chunin sudah layak bertugas sebagai kapten tim dan bertanggungjawab terhadap siapa saja yang berada di bawah komandonya.. Level dari misi yang dia jalankan lebih luas termasuk misi tingkat tinggi mulai dari pengawalan sederhana, pengintaian atau bahkan misi pembunuhan.

4. Jounin
Jounin merupakan level elit dalam ninja yang setingkat lebih tinggi dari Chunin dan biasanya menjalankan misi beresiko tinggi yang lebih rumit dan berbahaya dari pada misi sebelumnya. Hanya ninja yang sudah mempunyai jam terbang tinggi dalam pertempuran yang bisa menjadi Jounin. Ada dua macam Jounin yaitu :
1. Jounin biasa
2. Jounin penuh. Jounin penuh diserahi tanggung jawab untuk melatih satu kelompok genin. Dia harus selalu mengawasi serta bertanggung jawab atas keselamatan mereka sampai menjadi Chuunin.

5. Anbu
sebenernya Anbu bukan merupakan sebuah tingkatan ninja tetapi lebih merupakan sebuah divisi khusus di bawah komando langsung dari kage. Mereka bertugas untuk membunuh, melindungi kampung dari ancaman luar biasa, melakukan operasi beresiko tinggi ke negara lawan atau bertempur dengan ninja level S yang sangat kuat. Para anggotanya terpilih dari para ninja yang sangat berbakat selevel Chunin ke atas. Ciri khas mereka adalah membawa pedang serta memakai topeng binatang yang berguna untuk membedakan dengan ninja biasa dan untuk menyembunyikan identitas.

6. Sannin
Sannin adalah Jounin Khusus yang menjadi salah satu ninja terkuat di kampungnya dan mempunyai kesempatan untuk dicalonkan menjadi Hokage

7. Kage adalah pemimpin dari tiap kampung ninja. Kage juga merupakan ninja terkuat di kampungnya.