Bagian yang menariknya adalah, bahwa Agustinus berperan besar dalam kemunduran persebaran Manichaeisme di barat. Di dalam Confessiones-nya, dia menulis bahwa Manichaeisme adalah bidat sekaligus tantangan terbesar bagi keimanan Kristen saat itu. Hal itu didasari oleh fakta bahwa mayoritas pemeluk Manichaeisme adalah murtadin/mantan-mantan Kristen seperti dirinya. Menurut Agustinus, orang-orang Kristen adalah sasaran misi/dakwah Manichaean. Saat itu, Agustinus mencermati, bahwa kota-kota di sepanjang pesisir Afrika utara, mulai dari Thagaste, Calama, Mileve, Numidia, Karthago, hingga Alexandria pada mulanya kota-kota Kristen. Agustinus menulis, bahwa "saat ini" mereka lebih dikenal sebagai kota-kota Manichaean alih-alih kota-kota Trinitarian, meskipun gereja-gereja patriarkh telah berdiri. Gereja Katolik yang berpusat di Roma sedang menghadapi tantangan di Italia, bahwa Manichaeisme juga mulai berkembang di kota-kota penting Italia dan Yunani, seperti Roma, Milan, hingga Tesalonika. Bangsa-bangsa Goth adalah penganut pagan dan Arian, sedangkan bangsa Vandal adalah bangsa penganut Manichaean. Bangsa Romawi saat itu berada dalam pertentangan, baik sebagai bangsa penganut pagan, bangsa penganut Arian, bangsa penganut Manichaean, maupun bangsa penganut Kristen. Bangsa Berber di Afrika telah menjadi bangsa penganut Manichaean. Itulah sebab kemudian Agustinus merasa terpanggil untuk menangkal dan melawan Manichaeisme, karena dia merasakan orang-orang sesamanya di tanah airnya menjadi target "penyesatan" Manichaean. Setelah pengakuan dosanya di hadapan uskup Ambrosius dari Milan, dia merasa terpanggil untuk mempertobatkan orang-orang Kristen di tanah airnya yang telah murtad ke Manichaeisme. Menurutnya, mereka masih bisa terselamatkan, karena mereka umumnya memeluk Manichaeisme karena kurangnya pelayanan gereja Kekristenan. Mereka tidak diajari tentang kasih Kristus, dan hanya disibukkan dengan materi-materi filsafat Neoplatonisme yang telah membawa mereka ke dalam "kesesatan" ajaran Manichaeisme. Di bulan Agustus 386, pada usia 31 tahun, Agustinus "bertobat" dan kembali memeluk Kekristenan. Agustinus dan putranya, Adeodathus, dibaptis ulang di Milan pada tanggal 24-25 April 387, setelah hampir genap setahun dalam proses katekisasi. Selama setahun pertamanya itulah, Agustinus menulis traktat pengakuan dosanya yang berjudul Confessiones, rampung di tahun 388 dan kembali ke Numidia di tahun yang sama bersama putranya. Tidak lama setelah itu, Monica (ibunya) dan Adeodathus wafat. Dia menjual semua warisan ibunya (kecuali rumah keluarganya di Hippo) dan menyumbangkan harta warisannya tsb kepada fakir miskin. Dia menjadikan rumah keluarganya sebagai biara sekaligus basis misinya di Hippo. Di tahun 391, biaranya telah menjadi Gereja Katolik, dan dia diangkat sebagai uskup di sana. Dia dipercaya telah berkhotbah sebanyak 6.000 sampai 10.000 khotbah (homili), meskipun setidaknya hanya ditemukan 500 homili saja yang tertulis (koleksi homili-nya terdapat dalam Patrologia Graeca). Dia konon juga memperoleh mukjizat dapat menyembuhkan orang sakit, memberi penghiburan kepada orang-orang yang berkeluh-kesah kepadanya, dan yang terpenting adalah, telah "mempertobatkan" banyak Manichaean untuk memeluk Kekristenan yang tak terhitung jumlahnya. Sampai dengan wafatnya pada tahun 430, komunitas Manichaean hanya ditemukan di Alexandria.

Memang, Gereja Manichaean Alexandria memang gereja Manichaean terbesar di barat, sebab gereja ini menjadi gereja induk yang berotoritas atas seluruh gereja Manichaean di Afrika utara, dan bertanggungjawab langsung kepada Gereja Manichaean Babylonia di Mahoze. Tidak hanya Agustinus yang menjadi saksi kebesaran Manichaean di Alexandria, bahkan Philostrogius (w. 439) pernah berkunjung ke Alexandria tepat di masa-masa kemunduran Manichaean di barat. Dia menyebut bahwa jemaat Manichaean di Alexandria adalah jemaat terbesar yang dikepalai oleh seorang uskup Manichaean bernama Aphthonius dari Alexandria (w. ?). Pada kunjungannnya itu, dia mencatat bahwa Aphthonius ditantang berdebat di muka publik oleh uskup Arian dari Antiokhia, yaitu Aetius dari Antiokhia (w. ?). Dalam perdebatan publik itu, Aetius memenangkan perdebatan. Pada hari-hari berikutnya, Philostrogius menyebut bahwa Aphthonius jatuh sakit dan meninggal karena depresi atas kekalahannya itu. Akan tetapi, sejarahwan menilai catatan Philostrogius tidak sepenuhnya akurat. Peristiwa perdebatan publik Manichaean versus Arian tsb dapat dikatakan historis, namun cerita wafatnya Aphthonius harus dipandang skeptis karena Philostrogius mungkin saja mengutip cerita ini dari sumber sekunder sesaat setelah dia telah meninggalkan Alexandria. Gereja Manichaean Alexandria pun saat itu juga tengah dikucilkan karena komunitas Kristen Alexandria sedang sibuk dalam polemik Nestorianisme. Kemunduran penganut Manichaeisme ini tidak hanya peran aktif Agustinus dalam misinya "mempertobatkan" Manichaean ke Kristen, tapi juga pengaruh tidak langsung dari kebijakan pemerintahan Theodosius I yang menerapkan hukuman mati bagi uskup-uskup Manichaean, serta berpindahnya fokus locus isu dan polemik teologi Kekristenan untuk merespon Nestorianisme dan Monofisitisme, yang menjadi cikal-bakal Gereja Timur Assyria dan Gereja Ortodoks Syria.