Tradisi Manichaeisme mengisahkan bahwa Mani memiliki 12 murid. Tidak ada daftar nama keduabelas murid Mani tsb, namun konsep "12 Murid Mani" ini juga jelas pengembangan dari kisah 12 Murid Yesus. Setidaknya ada 5 (lima) murid yang secara historis pernah ada, meskipun ada 7 (tujuh) murid yang tercatat pada sisa-sisa tradisi Manichaeisme. Kedua murid lainnya itu dalam perspektif sejarah masih diperdebatkan historisitasnya. Ketujuh murid sekaligus rasul Mani tsb di antaranya:

1. Sisin(w. circa 291/292).
Dia merupakan murid yang paling memahami ajaran-ajaran Mani. Dalam tradisi Manichaeisme, dia diceritakan sering mendampingi Mani saat pelayanan keluar istana mengunjungi berbagai daerah. Dia kelak menjadi penerus Mani, yang dalam bahasa Yunani Koine disebut sebagai Archegos (sebuah titular bagi Bapa Gereja Manichaeisme tertinggi, yang sejenis dengan Paus dalam Kekristenan, dalam bahasa Syria disebut Risgola). Dia mendirikan Gereja Manichaeisme Babylonia, yang kemudian dihancurkan oleh Maharaja Bahram I. Dalam catatan Syria, dia ditulis sebagai Mar Sisin / Morsisin ("Bapa Sisin"). Sedangkan dalam catatan Yunani, dia ditulis sebagai Sisinus. Dan dalam catatan Cina, dia ditulis sebagai Mo-si-tsing.

2. Hinna (w. ?).
Dalam catatan Sasan, dia merupakan Archegos kedua setelah Sisin. Dia meneruskan kepemimpinan Gereja Manichaean setelah Sisin dan Gereja Manichaean Babylonia hancur. Dalam catatan Yunani, namanya disebut Innaios.

3. Ammo (w. ?).
Dalam tradisi Manichaeisme, dia diceritakan sebagai murid yang paling disayangi Mani karena kecintaannya yang begitu besar kepada Nabi sekaligus gurunya. Dia memiliki keutamaan karena kesalehannya, dan pernah juga mengoreksi Sisin yang sempat salah dalam melakukan laku suluk. Dia juga memiliki beberapa mukjizat selama pelayanan rasulinya sepeninggal Mani. Banyak sejarahwan sepakat bahwa persebaran Manichaeisme di India adalah berkat usaha Ammo, karena jumlah pengikut Manichaeisme di Sogdiana meningkat pesat dimana Ammo sebagai pengasuh sekaligus bapa Gereja Manichaean di Sogdiana. Tidak sampai satu abad, agama Manichaeisme menjamur hingga Pakistan dan India barat laut, dimana Gereja Sogdiana menjadi gereja pengasuh banyak gereja/kuil Mani di sana. Di saat itu, sejarahwan sepakat Ammo sudah wafat lebih lama sebelum ajaran Manichaeisme tersebar ke seluruh India barat dan Cina. Dia terkenal karena kesalehan dan kezuhudannya, hidup selibat dan sederhana. Nama Ammo juga lebih banyak ditemukan dalam teks-teks Persia dan Cina. Dalam catatan Syria, namanya ditulis Mar Ammo / Morammo ("Bapa Ammo"). Dalam catatan Persia, namanya ditulis sebagai Vaharammu, sedangkan dalam catatan Cina ditulis Mo-a-mo.

4. Zaku (w. ?).
Dia merupakan murid Mani yang misterius. Sepeninggal Mani, dia hanya berfokus menyebarkan Manichaeisme di Persia. Dalam catatan Sassan, dia dikabarkan berkhotbah di Sassan barat, namun tidak ada kabar apapun mengenai dia setelah itu. Bila memperhatikan konteks sejarah, mungkin dia bersama jemaatnya mengalami persekusi di bawah pemerintahan Bahram I dan Bahram II yang terkenal sangat intoleran terhadap agama-agama dan sekte-sekte non-Zoroastrianisme. Epiphanus dari Gereja Patriarkh Salamis (Kristen) pernah menulis tentang kemunculan sebuah sekte di Eleutheropolis (sekarang Bayt Jibrin di Palestina) yang disebut Acouanites (Akouanit), dimana dia menyebut bahwa sekte ini merupakan sekelompok bidat Manichaean yang mengikuti seorang misionaris bernama Akouas (rendering dari nama Zaku). Dan dia menyebut bahwa Eleutheropolis adalah kampung halamannya Akouas/Zaku. Tidak cukup jelas apakah Zaku sempat mengunjungi kembali Eleutheropolis setelah wafatnya Mani atau tidak. Dalam catatan Syria, namanya ditulis Mar Zaku / Morzaku, sedangkan dalam catatan Yunani ditulis Acouas/Akouas.

5. Adda (w. ?).
Dia adalah figur rasul Mani yang paling terkenal karena pengembaraan misinya ke barat (Mesir dan Romawi), sehingga dia menjadi misionaris Manichaeisme yang bertanggungjawab atas penyebaran Manichaeisme 1 (satu) abad kemudian hingga sejauh Karthago dan Prancis. Sebagaimana Ammo, Adda juga terkenal karena kesalehan dan hidup selibat. Namun, tradisi Manichaeisme mencatat bahwa dia mengembara tidak sendiri, melainkan ditemani oleh 2 (dua) murid Mani yang lain, yaitu Pattig dan Gabryab. Dia dikabarkan singgah di Edessa, Nisibis, Palmyra, Alexandria, Libia, dan terakhir ke Roma. Tidak diketahui kapan dia wafat, namun dari berbagai historiografi setidaknya dia aktif di Roma sepanjang antara tahun 244 sampai 261/262. Perkiraan sejarahwan yang paling umum rata-rata adalah sekitar tahun 241. Tidak diketahui pula apakah dia mendirikan gereja patriarkh Manichaean atau tidak, namun Agustinus dari Hippo mencatat bahwa Gereja Manichaean di Numidia merupakan patriarkh dari Adda. Pada Manuskrip Dunhuang, namanya ditulis Mo-a-da. Masih di dalam manuskrip tsb, terdapat salah satu bagian khusus mengenai penjelasan teoritis tentang dualisme Alam Terang dan Alam Gelap dalam bentuk diskursus tanya-jawab antara Mani dengan Adda. Meskipun cukup diragukan, namun paling tidak nama Adda dapat ditemukan pula di Cina, sehingga kemungkinan besar nama Adda jauh lebih legendaris ketimbang Ammo dan Sisin. Pada catatan Syria, namanya ditulis sebagai Mar Adda / Morada ("Bapa Adda").

6. Pattig.
Dia adalah salah satu rasul Mani yang turut mendampingi Adda selama pengembaraan ke barat. Tidak jelas mengenai historisitasnya. Namanya hanya ditemukan pada Manuskrip Dunhuang.

7. Gabryab.
Dia juga salah satu rasul Mani yang turut mendampingi Adda selama pengembaraan ke barat. Tidak jelas mengenai historisitasnya. Namanya hanya ditemukan pada Manuskrip Dunhuang.

Selain 12 murid, ditemukan pula 6 papirus yang ditulis oleh Mani (atau oleh salah seorang muridnya) kepada 6 (enam) orang yang merupakan jemaat Manichaean mula-mula, dimana keenam surat tsb tampaknya ditulis ketika Mani telah berada di istana. Patut diduga pula, Mani juga menulis surat-surat lainnya ke banyak orang. Keenam orang tsb di antaranya adalah:

1. Papias dari Sis (w. ?). Surat yang diterimanya tidak lengkap/rusak. Surat tsb berbahasa Yunani.

2. Amhasam dari Kish (w. ?), dia pernah mengunjungi Mani di Tesifon. Surat yang diterimanya juga tidak lengkap/rusak. Surat tsb berbahasa Syria.

3. Isho'yahb (w. ?). Tidak ada informasi lengkap tentang dia, namun dipastikan dia orang Syria. Nama Isho'yahb secara harfiah artinya "Hamba Yesus". Surat yang diterimanya juga tidak lengkap/rusak. Surat tsb juga berbahasa Syria.

4. Bakhrana (w. ?), orang Syria. Dia dikirimi surat khotbah (homili) berbahasa Syria oleh Mani tentang "Hubungan Kemasyarakatan".

5. Abba Rakhya / Petrachios (w. ?), juga orang Syria. Dia dikirimi surat khotbah (homili) berbahasa Syria oleh Mani tentang "Kebijaksanaan Terang".

6. Simeon dan Zemion (w. ?), entah keduanya orang Yunani asli atau orang Syria, diduga mereka kembar. Mereka juga dikirimi surat khotbah (homili) berbahasa Yunani oleh Mani tentang "Tata-cara Berpakaian".

Pada tahun 276, Sisin ditahbiskan oleh jemaat Manichaean sebagai Archegos di Gereja Manichaean pertama, yang disebut Gereja Manichaean Babylonia. Dalam tradisi Manichaeisme, Sisin ditahbiskan menjadi Risgola (sebutan Archegos dalam bahasa Syria) setelah 5 (lima) tahun Mani wafat, dimana sepanjang waktu itu jemaat Manichaean sedang menghadapi persekusi oleh pemerintah Sassan. Namun, pada catatan Sassan, Mani masih hidup di tahun 276 tsb. Sisin menjadi Archegos selama 10 tahun hingga tahun 280. Pada tahun terakhir itu, Maharaja Bahram I menghancurkan Gereja Manichaean Babylonia dan berhasil membunuh Sisin. Pada Manuskrip Dunhuang, terdapat sebuah kidung ratapan atas kemartiran/kesyahidan Sisin dalam mempertahankan "ajaran terang" ini. Kemudian, rasul Mani lainnya yang bernama Hinna, diangkat menjadi Archegos kedua dan berhasil mendirikan Gereja Manichaean Babylonia kembali ketika persekusi telah berakhir. Persekusi terhadap Manichaeisme sepeninggal Mani memang pernah ada, namun cukup debatable terkait berapa lamanya. Pada sebuah prasasti di kompleks Ka'baye Zartosht, terdapat sebuah pujian terhadap Maharaja Bahram II (penerus Bahram I) yang telah berhasil menangkal "ajaran sesat" Yudaisme, Kekristenan, Manichaeisme, dan Buddhisme di tanah Persia. Namun, beberapa sejarahwan meragukan atestasi prasasti ini, sebab tidak ada catatan apapun dari tradisi Yudaisme maupun Kekristenan mengenai persekusi terhadap agama-agama non-Zoroastrianisme ini oleh Bahram II. Yang jelas, sepeninggal Bahram I, Manichaeisme dapat tumbuh jauh lebih baik meskipun di luar Persia.