Agama Manichaeisme memiliki 2 (dua) jenis kitab suci, yaitu Kitab Suci Kanonik (Utama) dan Kitab Suci Non-Kanonik (Tambahan). Kitab Suci Kanonik terdiri atas 7 (tujuh) kitab yang dikenal dalam istilah Yunani sebagai Heptateukh yang keseluruhannya secara orisinil ditulis dalam bahasa Syria. Sedangkan Kitab Suci Non-Kanonik hanya terdapat 1 (satu) kitab saja, yaitu Shahburagan yang secara orisinil ditulis dalam bahasa Persia dan dipersembahkan khusus kepada Maharaja Shapur I (lihat Bab Sejarah Masa Kenabian Mani).

Ketujuh Heptateukh tsb adalah:

1. Injil Mani.
Judul asli kitab ini adalah "Injil Yang Hidup" (Ingilayya d'Mhayya; ܥܝܢܓܝܠܠܐܝܐ ܕܡܗܐܝܐ). Dalam teks Yunani, Injil Mani cukup disebut sebagai Euangelion ("Injil"; Εὐαγγέλιον). Injil Mani terdiri atas 22 pasal, yang ditandai dengan alfabet Syria. Meskipun terdapat salinan yang lengkap, namun kita hanya menemukan salinan teks tertua dalam bentuk fragmentasi (kepingan), yaitu Codex Manichaius Coloniensis yang ditemukan di Turfan pada tahun 1969 oleh 2 (dua) orang orientalis, Albert Henrichs dan Ludwig Koenen. Fragmen Codex Manichaius Coloniensis ini terdiri atas 88 folio bolak-balik (recto dan verso) berbahasa Yunani Koine yang diperkirakan ditulis pada tahun 400an M. Fragmen Injil Mani tertua ini kini disimpan dalam repository Universitas Köln. Patut diduga bahwa Injil Mani berbahasa Syria dan Arab juga ada, meskipun kini telah punah. Setidaknya, Al-Biruni dan Ibnu Nadim mencatat keberadaannya, yang mereka tulis sebagai Qanunul-Injilu Li Mani ("Injil Kanon oleh Mani"; قنون الإنجيل لماني). Isi kandungan dalam Injil Mani di antaranya: (1) Kedudukan bumi dan alam semesta sebenarnya serta keadaannya "sekarang" (saat Injil Mani ditulis); (2) Keberadaan Alam Terang; (3) Keberadaan Alam Gelap; (4) Perjanjian permusuhan antara Alam Terang dengan Alam Gelap; (5) Perang antara Alam Terang dengan Alam Gelap; (6) Metamorfosis roh-roh gelap ke dalam dunia; (7) Janji Bapa Keagungan untuk mengajarkan manusia membebaskan roh terang dari kuasa roh gelap. Ritual dan syari'at tidak dijelaskan di Injil Mani.

2. Harta Kehidupan (Simmath Hayya; ܣܡܐܛ ܗܝܐ).
Sayangnya, kita tidak menemukan salinan lengkap kitab ini, alias sudah punah. Namun, keberadaannya tercatat oleh Agustinus dari Hippo dan Hegemonius, yang mereka tulis sebagai Thesauros (θησαυρός; "Harta-harta") sehingga patut diduga pula jika kitab ini memiliki terjemahan berbahasa Yunani Koine. Berdasarkan catatan dari Agustinus dan Hegemonius, kitab Thesauros ini mengandung deskripsi lengkap tentang Alam Terang, mulai dari karakter roh-roh yang ada di Alam Terang. Agustinus menganggap deskripsi ini tidak literal, hanya merupakan perumpamaan dan kiasan, meskipun sebenarnya isi di dalamnya cukup eksplisit tentang keberadaan sosok-sosok roh terang yang jelas bersifat literal. Banyak sejarahwan oriental menganggap penamaan kitab ini sebagai "Harta Kehidupan" sebagai usaha Mani menafsirkan ucapan Yesus yang terkenal, yaitu tentang "harta yang terpendam" (Matius 13:44). Anggapan Agustinus bahwa kitab ini berbentuk kiasan tampaknya menggambarkan bahwa kitab ini ditulis oleh Mani dalam bentuk retorika.

3. Syair Rasul (Dewan Ursula; ܕܘܐܢ ܥܘܪܣܘܠܐ).
Kitab ini juga sudah punah, tidak ditemukan salinan lengkap apapun yang tersisa. Namun, fragmen kitab ini dapat ditemukan di dalam koleksi Gereja Koptik (2 folio) yang diperkirakan disalin cukup jauh setelah kematian Mani, yaitu sekitar tahun 700-800an. Meskipun demikian, keberadaannya dicatat dengan baik oleh Agustinus dari Hippo dan Ibnu Nadim. Agustinus menulis nama kitab ini sebagai Epistolaue ("Risalah Para Rasul"; Ἐπιστολή), dan Ibnu Nadim menulis nama kitab ini sebagai Diwan ("Puisi"; دوان). Tampaknya selain kitab ini diterjemahkan ke dalam bahasa Yunani Koine, juga diterjemahkan ke dalam bahasa Arab, sebab Ibnu Nadim menjelaskan cukup rinci deskripsi tentang kitab ini. Ibnu Nadim menyebut bahwa kitab ini terdiri dari 76 surat yang ditulis oleh Mani kepada keduabelas muridnya. Dalam tradisi Manichaeisme, Mani memperoleh 12 murid pertamanya (yang bernama Sisin) sebelum dia menginjakkan kakinya kembali ke Tesifon, yang artinya mungkin dia memperoleh keduabelas muridnya ini saat perjalanan pulang dari India ke Tesifon. Namun bila diperhatikan bahwa setidaknya hanya 7 (tujuh) murid Mani yang tercatat, tampaknya kisah "dua belas murid" Mani ini merupakan pengembangan belakangan yang jelas sekali terinspirasi dari kisah Yesus dan keduabelas murid pertamanya yang kelak menjadi rasul. Ibnu Nadim juga mencatat bahwa surat-surat kepada murid-murid Mani ini ditulis dalam bentuk puisi. Gaya penulisannya pun lebih mirip seperti Surat Paulus kepada jemaat-jemaat yang terdapat di dalam Perjanjian Baru. Fragmen Koptik memuat halaman pembuka dari salah satu surat dalam kitab ini, yang tertulis: "Dari Mani sang rasul Kristus untuk seluruh saudara terkasih. Kepada [tulisan rusak] saudaraku yang terkasih, dan seluruh jemaat yang hidup bersaudara dalam namanya. Kusampaikan salamku melalui Tuhan Bapa, dan Baginda Yesus Kristus, semoga kalian dalam kasih-Nya....". Sekilas memang isi kitab ini tampak seperti kitab Kekristenan, dan itu pula sebabnya gereja menganggap kitab ini sebagai apocrypha bidat Kristen.

4. Mazmur dan Kidung (Aprin; ܐܦܪܝܢ).
Kitab ini juga sayangnya tidak ada lagi salinan utuh yang tersisa, hanya ada 2 (dua) fragmen salinan. Yang satu tersimpan di koleksi Gereja Koptik dalam bentuk terjemahan bahasa Yunani Koine dan disebut Psalmos ("Mazmur"; Ψαλμός). Yang satu lagi 3 (tiga) folio tidak utuh yang tersimpan di British Museum dalam bentuk terjemahan Pahlavi Pertengahan, dengan kode M40 (recto), M358 (recto dan verso), dan M75 (recto dan verso). Untuk fragmen M40 dinamai sebagai Vuzurgān Afrīwān ("Sutra Pujian Mayor"), dan untuk fragmen M358 dan M75 dinamai sebagai Qšūdagān Afrīwān ("Sutra Pujian Minor"). Keberadaan kitab ini dicatat oleh Ibnu Nadim, dimana dia menulisnya sebagai Afrin ("Afrin"; أفرين). Sedangkan pada Manuskrip Dunhuang, ditemukan sebuah naskah sutra Manichaean berbahasa Mandarin Pertengahan dan berasal dari abad ke-7 yang diduga merupakan saduran dari Aprin, dengan judul a-fu-in-pu (阿拂胤部; Pinyin: Afuyin Bu). Sutra ini terdapat 26 bait yang berisi mantra-mantra kepada Roh Hidup, Utusan Terang, Yesus, dan Sang Buddha. Namun sejarahwan meyakini bahwa teks Cina ini bukan salinan Aprin melainkan penyaduran. Meskipun judulnya terdapat kata afuyin (yang merupakan rendering dari kata Aprin), namun isi sutra ini terlalu banyak mengandung unsur sinkretisme antara Buddhisme Mahayana dengan Manichaeisme, sehingga patut diduga sutra ini bukan salinan Aprin melainkan pengembangan dari Aprin.

5. Bukti Ajaran Terdahulu (Barhana Magda'ilayya; ܒܪܗܢܐ ܡܓܕܐܥܝܠܝܐ).
Kitab ini juga sayangnya tidak ada satupun salinan tersisa. Hanya ditemukan sepotong fragmen yang tergabung dalam Codex Manichaius Coloniensis. Agustinus dari Hippo menyebut kitab ini sebagai Pragmateia ("Bukti"; Πραγματεία). Sedangkan dalam catatan Dinasti Ming di Cina, kitab ini disebut cheng-ming-kuo-chu-tsiao-tsing (證明過去教經; Pinyin: Zhengming Guoqu Jiao Jing) yang artinya: "Bukti-Bukti Ajaran Terdahulu". Pada catatan Dinasti Ming, kitab ini disebut-sebut sebagai salah satu sutra yang dimiliki oleh komunitas sinkretis Teratai Putih (Pai-Lien-Chiao), sebuah komunitas agama yang memberontak melawan Dinasti Yuan pada peristiwa Pemberontakan Sorban Merah (1351-1358).

6. Raksasa (Kawan; ܟܐܘܐܢ).
Kitab ini juga mengalami nasib serupa, tidak ditemukan satupun salinan utuh yang tersisa. Hanya satu lembar sutra papirus dari Cina berbahasa Pahlavi Pertengahan yang diduga bagian dari kitab ini. Hieronymus dari Stridon, Hilarius dari Poitiers, dan Agustinus dari Hippo menyebut kitab ini sebagai Gigantes ("Raksasa-Raksasa"; Γίγαντες) dan menyatakan kitab ini bidat dan menyesatkan. Ibnu Nadim menyebut kitab ini sebagai 'Ifrit ("Monster/Ifrit"; عفريت). Saat ini, banyak sejarahwan sepakat bahwa kitab ini disadur ulang dari kitab apocrypha Raksasa-Raksasa yang ditemukan dalam Gulungan Laut Mati. Mungkin saja Mani memiliki kitab Raksasa-Raksasa dalam bahasa Syria, lalu menulis ulang dan disesuaikan dengan ajarannya menjadi kitab Kawan. Isi kandungan kitab ini di antaranya: (1) Asal-mula penciptaan alam semesta dan manusia; (2) Nama-nama dan deskripsi roh-roh gelap, dan roh-roh terang yang membunuh roh-roh gelap tsb; (3) dll. Adapun deskripsi roh-roh gelap tsb diasosiasikan dengan makhluk-makhluk astral raksasa dalam legenda alkitabiah yang disebut nephilim.

7. Rahasia (Arzhang; ܐܪܙܐ).
Agustinus dari Hippo menyebut kitab ini sebagai Ta ton Musterion (Τα του Μυστήριον; "Buku Misteri"), sedangkan Ibnu Nadim menyebut kitab ini sebagai Sifr Al-Asrar (سفر الأسرار; "Sefer/Gulungan Rahasia"; tampaknya Ibnu Nadim sempat melihat kitab ini dari komunitas Yahudi sehingga dia menyebutnya sifr/sefer). Meskipun salinan teksnya juga sudah tidak tersisa lagi alias sudah punah, namun setidaknya Ibnu Nadim sempat merangkum isi dari setiap pasal kitab ini. Kitab ini terdiri dari 18 pasal yang isinya mengandung polemik antara Mani dengan komunitas gnostik lainnya, Zoroastrianisme, dan sekte Bardaysanit, serta ramalan/nubuatan tentang tanda-tanda menjelang akhir zaman kelak dengan model penulisan seperti tafsir.

Dari ketujuh kitab di atas, mungkin hanya kitab Misteri saja yang menarik bagi sejarahwan. Karena kitab ini diduga kuat merupakan aktifitas yang dilakukan Mani selama di tanah India, lebih tepatnya di Sakha (Pakistan/India barat) di masa ketika gnostisisme menyebar hingga sejauh India. Di masa pengembaraannya ke India ini, dia bertemu dengan jemaat Bardaysanit awal. Saat itu, Bar Dayshan (w. 222) sang pendiri sekte Bardaysanit belum lama wafat. Menurut Ibnu Nadim, ada 18 pasal kitab Misteri yang mengandung judul/isi sbb:

1. "Penjelasan Tentang Ajaran-ajaran Bardaysanit", dimana Ibnu Nadim menyebut tentang keberadaan komunitas Bardaysanit di Pakistan. Namun mayoritas sejarahwan menganggap yang dimaksud Ibnu Nadim adalah gnostisisme secara general di Pakistan. Pasal 1 ini pada intinya adalah gambaran umum tentang ajaran gnostisisme di Sakha yang ditemui oleh Mani. Pada pasal ini, Mani belum menuliskan bantahan terhadap Bardaysanit.
   
2. "Kesaksian Vishtaspa/Hystaspes Tentang Cinta Kasih". Pada pasal 2 ini, Mani menjelaskan nubuatnya tentang kedatangan akhir zaman dengan mengutip sabda-sabda Vishtaspa, sehingga ayat-ayat pada pasal ini tampak seperti tafsir terhadap sabda-sabda Vishtaspa tentang cinta kasih. FYI, Vishtaspa adalah seorang tokoh semi-legenda yang menjadi Imam Zoroastrianisme pertama penerus Zarathustra.
   
3. "SabdaYakub Tentang Jiwa". Pada pasal 3 ini, Mani menafsirkan sebuah kitab gnostik pseudepigrapha Doa Yusuf tentang harapan Yusuf kepada malaikat-malaikat Tuhan yang akan turun ke bumi di hari kiamat. FYI, Yakub dan Yusuf adalah tokoh legenda alkitabiah yang dipercaya sebagai induk-semang bangsa Israel, dan dihormati dalam agama Yudaisme, Kekristenan, dan Islam.
   
4. "Anak Janda". Tidak jelas isi kandungan pasal 4 ini. Ibnu Nadim hanya menulisnya Ibnal-Armalah (ابن الأرملة; "Putra/Anak Janda"). Namun, ada sebuah pendapat sejarahwan bahwa kata armalah di situ tampaknya bukan merujuk kata "janda" dalam bahasa Arab, melainkan kata rendering dari nama Armilus. FYI, Armilus adalah tokoh antagonis legenda Yahudi non-alkitabiah yang akan datang di akhir zaman dan memusnahkan bangsa-bangsa dunia serta menyebarkan kenajisan dan kemaksiatan serta menjauhkan orang-orang Israel dari Tuhan, bisa dikatakan semacam Antikristus/Dajjal. Tokoh ini terdapat dalam Sefer Zeruvabel ("Gulungan Zerubbabel" atau kitab apocrypha Zerubabel). Sehingga, kata Ibnal-Armalah dapat diterjemahkan menjadi "Putra Sang Armilus".
   
5. "Sabda Yesus Tentang Jiwa, Yang Dikhotbahkan oleh Yudas". Pada pasal 5 ini, Mani mengutip khotbah Yudas Taddeus, salah seorang dari keduabelas murid Yesus, yang terdapat dalam apocrypha Injil Tomas untuk disesuaikan dengan ajarannya, sehingga pasal ini tampak seperti penafsiran Mani atas khotbah Yudas di Injil Tomas.
   
6. "Permulaan Saksi Setelah Kebenaran Dimenangkan". Pada pasal 6 ini, Mani menafsirkan nubuatan Henokh dalam apocrypha Kitab Henokh yang diarahkan kepada konsep dualisme Alam Terang dan Alam Gelap.
   
7. "Tujuh Roh". Pada pasal 7 ini, Mani menjelaskan tentang asal-usul 7 (tujuh) bintang dari 7 (tujuh) jasad roh gelap yang telah dimakan oleh anak-anak Roh Terang (roh terang).
   
8. "Empat Roh". Pada pasal 8 ini, Mani menjelaskan asal-usul 4 (empat) musim dari 4 (empat) jasad roh gelap yang telah dimakan oleh Pencipta Agung (roh terang).
   
9. "Ejekan". Pada pasal 9 ini, Mani menunjukkan berbagai kesesatan dan kekonyolan ritual-ritual gnostik, yang menurutnya semakin menjauhkan roh terang dari kesadaran akan hakikatnya sendiri.
   
10. "Kesaksian Adam Tentang Yesus". Pada pasal 10 ini, Mani menafsirkan kesaksian Adam manusia pertama tentang Yesus, yang terdapat dalam kitab gnostik Apokaliptika Adam. Pada pasal ini pula, Mani bernubuat tentang kehancuran seluruh agama (Zoroastrianisme, Yudaisme, Kekristenan, dan termasuk seluruh sekte).
    
11. "Perlawanan Dari Kejatuhan Agama-Agama". Pada pasal 11 ini, Mani bernubuat tentang perlawanan kaum agamis, yang diasosiasikannya sebagai pasukan-pasukan roh gelap yang telah menguasai orang-orang beragama tsb untuk memberontak melawan Alam Terang. Orang-orang beragama ini dikatakan telah dikuasai oleh roh gelap sepenuhnya, dan mereka akan membawa manusia kepada perang akhir zaman pertama.
    
12. "Ajaran Bar Dayshan Tentang Roh dan Jiwa". Pada pasal 12 ini, Mani mulai mengkritik ajaran Bar Dayshan dan Bardaysanit yang dinilainya telah menyimpang terlalu jauh tentang makna dualisme alam yang sesungguhnya.
    
13. "Tiga Jalan". Pada pasal 13 ini, Mani menjelaskan tentang 3 (tiga) hal yang menghambat kuasa roh gelap, sekaligus menjelaskan 3 (tiga) cara yang harus dilakukan manusia agar kuasa roh gelap terhambat dalam hidupnya. Para sejarahwan sepakat jika pasal ini menjelaskan berbagai perintah, larangan/pantangan, dan ritual agama Manichaeisme.
    
14. "Tanda-Tanda Alam". Pada pasal 14 ini, Mani menubuatkan berbagai peristiwa alam yang akan terjadi sebagai tanda hari kiamat sudah sangat dekat, salah satu di antaranya bahwa akan tiba dunia menjadi gelap selama 3 (tiga) hari berturut-turut.
    
15. "Tiga Hari". Pada pasal 15 ini, Mani menubuatkan peristiwa buruk yang terjadi selama 3 (tiga) hari gelap tsb sehubungan dengan konsolidasi kekuatan antara orang-orang beragama dengan orang-orang lainnya yang telah dikuasai oleh roh gelap.
    
16. "Nabi-Nabi". Pada pasal 17 ini, Mani menubuatkan akan kedatangan nabi-nabi palsu dari yang menyatukan orang-orang beragama tsb dengan segudang mukjizat dan ramalan bintang, dan memimpin orang-orang beragama ini dalam perang akhir zaman kedua.
    
17. "Puncak Hari Kiamat". Pada pasal 18 ini, Mani menubuatkan akan punahnya seluruh manusia dan hancurnya alam semesta. Roh-roh terang yang tadinya terperangkap dalam diri orang-orang benar dapat kembali ke Alam Terang. Sementara roh-roh terang yang terperangkap dalam diri orang-orang yang telah dikuasai roh gelap akan binasa bersama-sama matinya tubuh fisik orang-orang tsb.