Dalam hal ritual/peribadatan, Manichaeisme membedakan kewajiban melaksanakan peribadatan berdasarkan status pemeluknya (The Elects atau The Hearers). The Elects dituntut untuk melaksanakan seluruh kewajiban peribadatan. Kewajiban bagi The Hearers tidak sebanyak The Elects. Sekalipun satu jenis ibadah, namun ketentuan The Hearers lebih ringan daripada The Elects. The Elects dikenakan ketentuan yang utuh dan ketat, sedangkan The Elects hanya sebagian kecil dan tidak mengikat. Tentu saja konsekuensinya berbeda. The Hearers tidak akan mencapai pembebasan roh terang kembali ke Alam Terang, melainkan akan kembali hidup (reinkarnasi) dalam figur pribadi yang lain. Sedangkan The Elects yang secara konsisten menjalankan semua perintah dan menjauhi seluruh larangan pada agama Manichaeisme serta melaksanakan kewajiban peribadatannya, maka dia akan meraih pembebasan roh terang kembali ke Alam Terang. Namun, The Elects memiliki risiko jatuh pada kebinasaan setelah mati nanti (roh terangnya akan ikut mati bersama matinya tubuh fisik) jika mereka mangkir dari kewajiban peribadatan.

Untuk The Hearers, ada 3 (tiga) jenis peribadatan yang wajib dilaksanakan:
1. Sembahyang harian.
2. Puasa.
3. Sedekah.

Sembahyang Harian

Berdasarkan Kanon Tujuh Manichaeisme (Heptateukh), Manichaeisme mewajibkan umatnya untuk melaksanakan sembahyang/shalat harian (seperti shalat dalam Islam). Sembahyang ini disebut sebagai aqapta(ܐܩܦܬܐ). Aqapta dilaksanakan sebanyak 4 kali sehari bagi The Hearers, dan 7 kali sehari bagi The Elects. Namun, karena teks-teks Heptateukh banyak yang hilang atau telah punah, kita tidak dapat mengetahui secara langsung bagaimana ketentuan pelaksanaan ritual agapta. Kita dapat menemukan catatan non-Manichaean yang memberikan petunjuk tentang agapta secara lebih rinci. Ibnu Nadim dalam kitabnya, Fihristul-'Ulum, mencatat bahwa Manichaean mendirikan "shalat" (agapta) di siang menjelang sore hari, sore hari, petang (setelah matahari terbenam), dan malam hari. Sedangkan Al-Biruni mencatat waktu shalat mereka adalah fajar, pagi hari, tengah siang, dan malam hari. Meskipun keduanya berbeda tentang kapan waktu agapta didirikan, namun perbedaan keduanya menunjukkan bahwa sebenarnya The Hearers diperbolehkan memilih 4 dari 7 waktu aqapta yang wajib dilaksanakan oleh The Elects secara bebas. Apabila catatan Al-Biruni dan Ibnu Nadim digabung, kita memperoleh petunjuk bahwa ketujuh aqapta itu adalah:
1. Fajar;
2. Pagi hari;
3. Tengah siang;
4. Siang menjelang sore;
5. Sore hari;
6. Petang (setelah matahari terbenam);
7. Malam hari.

Setiap aqapta akan diawali dengan ritual pembasuhan, sama seperti wudhu sebelum shalat. Manichaean juga mengadakan aqapta secara berjama'ah, namun tidak diketahui apa yang akan menjadi penanda telah masuk waktu aqapta. Sedangkan yang menjadi kiblat bagi aqapta adalah matahari (apabila waktu aqapta pagi hari sampai sore hari) dan bulan (apabila waktu aqapta fajar, petang, dan malam hari. Apabila bulan sedang tidak terlihat, mereka akan menghadap ke arah utara sebagai kiblat di fajar, petang, dan malam hari. Prosesi wudhu diawali dengan sejumlah doa pemberkatan kepada 10 langit. Lalu pembasuhan dimulai dari sebelah kanan terlebih dahulu, yaitu ubun-ubun, rambut, wajah, leher, tangan, dan kaki. Air yang ditumpahkan juga tidak banyak, melainkan hanya seperlunya saja kira-kira seluas wilayah yang akan dibasuh. Bejana yang digunakan harus dari kaca bening, sehingga air dapat nampak secara kasat mata. Pembasuhan diakhiri dengan doa pemberkatan kepada Nabi Mani, para nabi, dan para Rasul.

Seluruh agapta terdiri atas 12 raka'at. Tidak peduli mau itu agapta pagi maupun agapta malam. Rukun agapta cukup mudah. Dalam catatan Santo Agustinus, dijelaskan cukup gamblang mengenai tata-cara pelaksanaan agapta. Ritual agapta dimulai dengan cara berdiri tegak menghadap kiblat. Doa dipanjatkan dengan suara lantang. Sebelum berdoa, kedua tangan diangkat tinggi-tinggi menengadah ke atas bersama dengan wajah yang menghadap ke atas. Setelah doa dipanjatkan, lalu gerakan berikutnya adalah bersujud. Saat bersujud, doa dipanjatkan lagi tanpa suara (di dalam hati). Doa yang dipanjatkan saat berdiri di setiap raka'at adalah:
1. Doa pujian kepada Bapa Keagungan;
2. Doa pujian kepada Ibu Kehidupan;
3. Doa pujian kepada Manusia Asli;
4. Doa pujian kepada Roh Kudus;
5. Doa pujian kepada Pencipta Agung;
6. Doa pujian kepada Roh Hidup;
7. Doa pujian kepada Sang Utusan Terang;
8. Doa pujian kepada Yesus Yang Mewah;
9. Doa pujian kepada Dua Belas Perawan Terang;
10. Doa pujian kepada Sang Jalan Kemenangan;
11. Doa yang bebas untuk keinginan diri sendiri;
12. Doa pemberkatan (mendoakan The Elects).

Setelah sujud pada raka'at terakhir, agapta diakhiri dengan menolehkan wajah ke kanan lalu ke kiri dengan posisi masih bersujud. Ibnu Nadim mencatat bahwa shalatnya orang Manichaean sederhana namun rapi, dan tidak pernah lama-lama.

Pada catatan Santo Agustinus, Faustus dari Mileve menjelaskan bahwa kiblat hanyalah penanda arah, bukan obyek yang disembah. Jadi, bukan matahari yang disembah, ataupun bulan yang disembah. Agapta yang didirikan oleh seorang Manichaean lebih "afdhal"/utama apabila ybs fokus kepada terang cahaya matahari dan bulan. Karena dipercaya bahwa partikel cahaya pada matahari dan bulan adalah bentuk dari emanasi roh terang yang terjebak di dalamnya, sehingga agapta dipandang seperti ritus "sinkronisasi" antara terang matahari/bulan dengan terang diri kita. Tentu saja Santo Agustinus mengkritisi praktik agapta ini, yang menurutnya hanya takhayul yang berkarakteristik pagan. Namun mungkin saja pandangan tentang "sinkronisasi" ini hanya pandangan kelompok Manichaean di Numidia. Tapi perihal tentang emanasi, seluruh komunitas Manichaean dapat dipastikan meyakini tentang emanasi.

Puasa

Puasa (sawmo) juga merupakan ibadah Manichaeisme. Manichaeisme mengenal 2 (dua) jenis puasa, yang tampaknya keduanya wajib. Puasa yang pertama adalah "Puasa Wahyu". Puasa ini dilaksanakan setiap orang yang berulang 12 tahun. Jadi, jika ada seorang Manichaean sejak lahir dan pada saat dia menginjak usia 12 tahun, maka dia wajib berpuasa selama 40 hari dalam setahun di usia 12 tahun tsb. Demikian juga ketika dia menginjak usia 24, maka dia wajib berpuasa lagi selama 40 hari dalam setahun di usia 24 tahun tsb. Dia tetap wajib melaksanakan puasa seterusnya untuk kelipatan 12 tahun (36, 48, 60, 72, dstnya). Kewajiban puasa juga diterapkan bagi konverter/mu'allaf (pemeluk Manichaeisme yang pindah dari agama sebelumnya). Hanya saja, perhitungannya dimulai dari nol. Jadi, jika ada seorang konverter memeluk Manichaeisme di usia 20 tahun, maka dia baru mulai berpuasa 12 tahun kemudian, yaitu pada saat dia menginjak usia 32 tahun. Begitu seterusnya.

Puasa dilakukan selama 14 jam, dimulai ketika fajar sampai malam hari (sekitar pukul 5 pagi sampai pukul 7 sore). Puasa dilakukan dengan tidak memasukkan apapun ke dalam mulut (makan dan minum). Puasa dikatakan batal apabila ada benda apapun masuk ke mulut. Tidak cukup jelas ketentuannya, apakah benda tsb harus bercampur air liur kah, atau harus melewati kerongkongan kah, namun apapun yang dianggap makan dan minum dapat dianggap batal. Dan apabila puasanya batal, maka ketentuannya adalah memulai lagi dari nol. Jadi, jika orang tsb batal pada puasa ke-40, maka dia harus memulai lagi puasa ke-1 di esok harinya dan menjalani puasa selama 40 hari lagi. Begitu pula ketentuan waktu 40 hari puasa adalah harus berturut-turut sepanjang 40 hari (tidak dilongkap). Apabila ada hari yang terputus sebelum 40 hari, maka dia wajib mengulangi lagi berpuasa dari hari ke-1. Sedangkan untuk bulannya tidak ditentukan alias bebas memilih kapan waktu memulai puasanya, sepanjang itu dilakukan pada usia tsb (12, 24, 36, 48, dstnya). Tidak diketahui bagaimana jika belum sampai 40 hari dia sudah tambah usia (misalnya besok usiamu 13 tahun, namun kamu belum menyelesaikan puasa 40 harimu di usia 12 tahunmu hari ini), karena sumber dari kitab-kitab Manichaean yang existing hanya sedikit. Begitu pula soal pantangan selama puasa juga tidak diketahui.

Puasa yang kedua adalah "Puasa Hari Ganda". Puasa ini dilaksanakan setiap tahun selama 5 (lima) kali pada tanggal-tanggal tertentu. Tidak diketahui tanggal berapa, namun ada 2 (dua) hari puasa yang dilaksanakan berkelanjutan secara penuh selama 48 jam penuh pada tanggal yang dipercaya sebagai hari martir/syahid-nya Sisin, salah seorang rasul Mani yang paling utama sekaligus Archegos/Risgola pertama Gereja Manichaean. Sisin tewas terbunuh pada saat Maharaja Bahram I menyerbu dan menghancurkan Gereja Manichaean Babylonia di Mahoze (Al-Mada'in, Iraq). Kematiannya diperingati sebagai kemartiran terbesar pada persekusi Manichaean awal yang bertepatan saat "Puasa Hari Ganda".

Sedekah

Sedekah (miqdala) adalah ibadah yang wajib bagi seluruh Manichaean, baik The Elects maupun The Hearers. Tidak diketahui bagaimana ketentuannya, karena sumber dari kitab-kitab Manichaean yang existing tidak ditemukan penjelasan rinci mengenai syarat, jumlah, maupun waktu, sehingga tidak diketahui apakah ada jumlah yang ditentukan, atau bebas seikhlasnya. Kemungkinan sedekah juga dilakukan dalam bentuk perpuluhan kepada Gereja Manichaean.