Pergerakan berikutnya MacArthur adalah invasi ke Mindoro, dimana terdapat tempat pangkalan udara potensial yang lebih baik. Willoughby memperkirakan bahwa pulau tersebut hanya berisi sekitar 1,000 pasukan Jepang. Masalah pada kali ini adalah merebut kawasan tersebut. Kinkaid mengusulkan pengiriman kapal-kapal induk ke perairan sempit di Laut Sulu, dan Kenney tak memandu pelingkupan udara yang berbasis di darat. Operasi tersebut sepenuhnya berbahaya, dan staf MacArthur berkata kepadanya agar menyertai invasi di atas Nashville. Saat pasukan invasi memasuki Laut Sulu, sebuah serangan kamikaze terhadap Nashville, menewaskan 133 orang dan melukai 190 orang lainnya. Para teknisi Australia dan Amerika melakukan tiga serangan udara selama dua hari, namun konvoi-konvoi penyuplaian ulang berulang-ulang kali diserang oleh kamikaze. Pada masa ini, MacArthur berseteru dengan Sutherland, yang dikenal atas hubungan gelapnya dengan simpanannya, Kapten Elaine Clark. MacArthur memerintahkan agar Sutherland tak mengirim Clark ke Leyte, karena hubungan pribadi Curtin dengan wanita Australia dalam staf GHQ tak dapat dibawa ke Filipina, namun Sutherland membawanya bersama dimanapun.



Jalan menjadi jelas saat invasi Luzon. Pada masa ini, berdasarkan pada tafsiran berbeda dari data intelijensi yang sama, Willoughby memperkirakan kekuatan pasukan Jenderal Tomoyuki Yamashita di Luzon sejumlah 137,000, sementara Sixth Army memperkirakannya sejumlah 234,000. MacArthur membalasnya dengan berkata "Bodoh!". Ia merasa bahwa perkiraan Willoughby terlalu tinggi. "Telitilah, hitunglah yang benar, dan tujuan strategi yang jelas adalah atribut-atribut MacArthur", dan ia tak menghargai perkiraan tersebut. Pada kenyataannya, jumlah-jumlah tersebut terlalu rendah; Yamashita memiliki lebih dari 287,000 pasukan di Luzon. Pada masa itu, MacArthur melakukan perjalanan di atas kapal jelajah ringan USS Boise, menyaksikan saat kapal tersebut hampir diserang oleh sebuah bom dan torpedo-torpedo yang ditembakkan oleh kapal-kapal selam. Komunikenya menyatakan: "Pertempuran mutlak untuk pembebasan Filipina dan perebutan Pasifik Barat Daya sudah tertangani. Jenderal MacArthur berada dalam komando pribadi di garis depan dan mendarat dengan pasukan penyerangnya."

Perhatian utama MacArthur adalah merebut pelabuhan Manila dan pangkalan udara di Clark Field, yang dibutuhkan untuk mendukung operasi-operasi pada masa mendatang. Ini pun memerintahkannya kepada para komandannya. Pada 25 Januari 1945, ia memindahkan laju markas besarnya menuju ke Hacienda Luisita, yang berdekatan dengan garis depan ketimbang Krueger. Ia memerintahkan 1st Cavalry Division untuk melakukan laju cepat ke Manila. Pasukan tersebut mencapai garis utara Manila pada 3 Februari, namun, tanpa diketahui pihak Amerika, Laksamana Muda Sanji Iwabuchi telah memutuskan untuk mempertahankan Manila sampai titik darah penghabisan. Pertempuran Manila pun terjadi selama tiga bulan berikutnya. Dalam rangka melindungi penduduk sipil, MacArthur melarang pemakaian serangan udara, namun ribuan warga sipil tewas dalam baku tembak atau pembantaian Jepang. Ia juga menolak untuk membatasi lalu lintas warga sipil yang melewati jalan-jalan raya di dalam dan di luar Manila, menempatkan perhatian kemanusiaan di atas militer kecuali dalam keadaan darurat. Atas keberhasilannya dalam merebut Manila, MacArthur dianugerahi Distinguished Service Cross ketiganya.

Setelah merebut Manila, MacArthur menempatkan salah satu teman Filipina-nya, Manuel Roxas – yang juga menjadi salah satu dari sedikit orang yang mengetahui tentang pemberian uang oleh Quezon kepada MacArthur pada 1942 – ke sebuah jabatan kekuasaan yang membuat Roxas menjadi presiden Filipina berikutnya. Roxas telah menjadi kolaborator Jepang utama dalam pemerintahan boneka Jose Laurel, namun MacArthur mengklaim bahwa Roxas selama ini diam-diam telah menjadi agen Amerika. Tentang klaim MacArthur bahwa Roxas benar-benar menjadi bagian dari pemberontakan, sejarawan Amerika Gerhard Weinberg menyatakan bahwa "...bukti dari dampak ini telah berada di permukaan," dan bahwa dengan mendukung kolaborator Jepang Roxas, MacArthur menyatakan bahwa tak ada upaya serius untuk mengalamatkan masalah kolaborasi Filipina dengan Jepang setelah perang.

Setelah Pertempuran Manila, MacArthur mengalihkan perhatiannya ke Yamashita, yang telah menarik diri ke pegunungan tengah dan utara Luzon. Yamashita memilih untuk melakukan kampanye defensif, dipukul mundur perlahan oleh Krueger, dan masih bertahan pada saat perang berakhir, sebagian besar orang dekat MacArthur menyatakan bahwa ia berharap untuk membebaskan seluruh Filipina sebelum perang berakhir. Pada 2 September 1945, Yamashita (yang pada waktu sulit meyakini bahwa Kaisar telah memerintahkan Jepang untuk menandatangani gencatan senjata) turun dari pegunungan dan menyerah bersama dengan sekitar 100,000 pasukannya.





Meskipun MacArthur tak memiliki pengarahan spesifik untuk melakukannya, pertikaian di Luzon jauh dari kata selesai, ia memerintahkan agar pasukannya membebaskan sisa-sisa Filipina. Dalam komunike GHQ pada 5 Juli, ia mengumumkan bahwa Filipina telah dibebaskan dan seluruh operasi berakhir, meskipun Yamashita masih bertahan di utara Luzon. Dimulai pada Mei 1945, MacArthur memakai pasukan Australianya dalam invasi Borneo. Ia menyertai serangan di Labuan, dan mengunjungi pasukan di pesisir. Saat kembali ke GHQ di Manila, ia mengunjungi Davao, dimana ia berkata kepada Eichelberger bahwa tak lebih dari 4,000 pasukan Jepang yang masih berada di Mindanao. Beberapa bulan kemudian, enam kali dari jumlah tersebut menyerah. Pada Juli 1945, ia dianugerahi Distinguished Service Medal keempatnya.

Sebagai bagian dari persiapan untuk Operasi Downfall, sebuah invasi ke Jepang, MacArthur menjadi kepala komandan U.S. Army Forces Pacific (AFPAC) pada April 1945, memegang komando seluruh unit Angkatan Darat dan Pasukan Udara Angkatan Darat di Pasifik kecuali Twentieth Air Force. Pada saat yang sama, Nimitz menjadi komandan seluruh pasukan angkatan udara. Komando di Pasifik setelah itu masih terbagi. Saat ia merencanakan invasi ke Jepang, MacArthur menekankan kepada para pembuat keputusan di Washington bahwa merupakan hal khas bagi Uni Soviet untuk memasuki perang tersebut karena ia berpendapat bahwa Tentara Merah memiliki hubungan menonjol dengan tentara Kwantung di Manchuria. Invasi tersebut didahului oleh menyerahnya Jepang pada Agustus 1945. Pada 2 September, MacArthur menerima kapitulasi Jepang resmi di atas kapal tempur USS Missouri, yang mengakhiri pertikaian-pertikaian dalam Perang Dunia II. Dalam menghargai perannya sebagai pembuat strategi maritim, Angkatan Laut AS menganugerahinya Navy Distinguished Service Medal.