Pada 26 Juli 1941, Roosevelt memfederalisasikan Angkatan Darat Filipina, memanggil kembali MacArthur untuk aktif bertugas dalam Angkatan Darat AS sebagai mayjen, dan mengangkatnya menjadi komandan Pasukan Angkatan Darat AS di Timur Jauh (U.S. Army Forces in the Far East, USAFFE). MacArthur dipromosikan menjadi letjen pada keesokan harinya, dan kemudian menjadi jenderal pada 20 Desember. Pada 31 Juli 1941, Departemen Filipina memiliki 22,000 pasukan yang ditempatkan, 12,000 diantasranya berasal dari Kepanduan Filipina. Komponen utamanya adalah Divisi Filipina, di bawah komando Mayjen Jonathan M. Wainwright. Rencana awal Amerika untuk mempertahankan Filipina dikatakan untuk badan utama dari pasukan untuk beretret ke semenanjung Bataan di Teluk Manila untuk melawan Jepang sampai pasukan pemulihan datang. MacArthur mengubah rencananya menjadi upaya mempertahankan seluruh Luzon dan memakai B-17 Flying Fortresses untuk menenggelamkan kapal-kapal Jepang yang mengarah ke kepulauan tersebut. MacArthur mendorong para pembuat keputusan di Washington bahwa rencana-rencananya mewakili keputusan terbaik untuk menghindari Jepang dari pemilihan perang dan memenangkan sebuah perang jika dikhawatirkan semakin memburuk.

Antara Juli dan Desember 1941, garisun meraih 8,500 pasukan. Setelah bertahun-tahun, sebagian besar peralatan diangkut. Pada bulan November, 1,100,000 ton peralatan yang dibawa ke Filipina telah diakumulasikan di kapal-kapal yang menunggu di pelabuhan-pelabuhan dan depot-depot AS. Selain itu, Angkatan Laut menginterspeksi stasiun di kepulauan tersebut, yang dikenal sebagai Stasiun CAST, yang memiliki sebuah mesin sandi Purple, yang membongkar pesan-pesan diplomatik Jepang, dan sebagian buku kode untuk kode angkatan laut JN-25. Stasiun CAST mengirim seluruh pengeluarannya kepada MacArthur, melalui Sutherland, satu-satunya perwira pada stafnya yang berhak untuk melihatnya.

Pada pukul 03:30 waktu lokal pada 8 Desember 1941 (sekitar pukul 09:00 pada 7 Desember di Hawaii), Sutherland mengetahui serangan Pearl Harbor dan memberitahukan MacArthur. Pada pukul 05:30, Kepala Staf Angkatan Darat AS, Jenderal George Marshall, memerintahkan MacArthur untuk mengeksekusi rencana perang yang ada, Rainbow Five. MacArthur tak melakukannya. Pada tiga kesempatan, komandan Angkatan Udara Timur Jauh, Mayjen Lewis H. Brereton, meminta ujun untuk menyerang pangkalan-pangkalan Jepang di Formosa, sesuai dengan tujuan-tujuan sebelum perang, namun ditolak oleh Sutherland. Tak sampai pukul 11:00, Brereton berbicara dengan MacArthur tentang hal tersebut, dan meraih ijin. MacArthur kemudian menolak konversasi tersebut. Pada pukul 12:30, sembilan jam setelah serangan Pearl Harbor, pesawat dari Armada Udara ke-11 Jepang memberikan kejutan taktikal bulat saat mereka menyerang Pangkalan Clark dan pangkalan penyerang di dekat Pangkalan Iba, dan menghancurkan atau merusak 18 dari 35 B-17 milik Angkatan Udara Timur Jauh, 53 dari 107 P-40nya, tiga P-35, dan lebih dari 25 pesawat lainnya. Kebanyakan dihancurkan di atas tanah. Kerusakan berat terjadi di pangkalan-pangkalan tersebut, dan menyebabkan 80 orang tewas dan 150 orang luka-luka. Seluruh Angkatan Udara Timur Jauh masih bertahan secara keseluruhan meskipun dihancurkan pada beberapa hari berikutnya.



MacArthur berupaya untuk memperlambat laju Jepang dengan sebuah pertahanan awal melawan pendaratan-pendaratan Jepang. Rencana MacArthur untuk mempertahankan seluruh Luzon melawan Jepang kandas karena pasukan tersebut menyerang pasukan Amerika-Filipina terlalu dini. Namun, ia berpegang pada kepercayaan dirinya dalam kemampuan pasukan Filipinanya setelah pasukan Jepang yang mendarat membuat laju cepat setelah mendarat di Teluk Lingayen pada 21 Desember, dan memerintahkan sebuah retret ke Bataan. Dalam dua hari pendaratan Jepang di Teluk Lingayen, MacArthur mengeluarkan rencana pada masa sebelum Juli 1941 dalam rangka hanya berupaya untuk mempertahankan Bataan sesampil menunggu pasukan pemulihan datang. Kebanyakan pasukan Amerika dan beberapa pasukan Filipina dapat retret kembali ke Baatan, namun tanpa sebagian besar suplai mereka, yang lenyap pada serangan sebelumnya. Manila dideklarasikan menjadi kota terbuka pada tengah malam 24 Desember, tanpa konsultasi apapun dengan Laksamana Thomas C. Hart, yang mengkomandani Armada Asiatik, memaksa Angkatan Laut untuk menghancurkan sejumlah besar material berharga.

Pada sore 24 Desember, MacArthur memindahkan markas besarnya ke benteng pulau Corregidor di Teluk Manila saat datang kesana pada pukul 21:30, dengan markas besarnya melapor kepada Washington pada tanggal 25. Serangkaian penyerbuan udara oleh Jepang menghancurkan seluruh struktur meledak di pulau tersebut dan markas besar USAFFE dipindahkan ke Terowongan Malinta. Kemudian, sebagian besar markas besar dipindahkan ke Bataan, hanya meninggalkan kelompok kecil dengan MacArthur. Pasukan di Bataan mengetahui bahwa mereka telah menulis lepas namun melanjutkan pertarungan. Beberapa orang mencemooh Roosevelt dan MacArthur atas kelalaian mereka. Sebuah ballad yang dinyanyikan dengan nada "The Battle Hymn of the Republic" menyebutnya "Dugout Doug". Namun, kebanyakan orang memegang keyakinan bahwa suatu saat MacArthur "akan bangkit dan membuat beberapa orang mengangkat topinya."

Pada 1 Januari 1942, MacArthur menerima $500,000 dari Presiden Quezon dari Filipina sebagai bayaran atas jasa pada masa sebelum perangnya. Para anggota staf MacArthur juga meraih bayaran: $75,000 untuk Sutherland, $45,000 untuk Richard Marshall, dan $20,000 untuk Huff. Setelah diangkat menjadi Komandan Tertinggi Pasukan Ekspedisioner Sekutu (Allied Expeditionary Force, AEF), Eisenhower juga ditawarkan uang oleh Quezon, namun menolak. Byaaran-bayaran tersebut hanya diketahui oleh beberapa orang di Manila dan Washington, termasuk Presiden Roosevelt dan Menteri Perang Henry L. Stimson, sampai kabar tersebut dinyatakan ke umum oleh sejarawan Carol Petillo pada 1979. Meskipun bayaran-bayaran tersebut sepenuhnya legal, pembongkaran tersebut mempengaruhi reputasi MacArthur.





Pada Februari 1942, karena pasukan Jepang telah menguasai Filipina, MacArthur diperintahkan oleh Presiden Roosevelt untuk pindah ke Australia. Pada malam 12 Maret 1942, MacArthur dan kelompok terpilih yang meliputi istrinya Jean, putranya Arthur, dan amah Kanton Arthur, Ah Cheu, kabur ke Corregidor. MacArthur dan rombongannya mencapai Pangkalan Udara Del Monte di Mindanao, dimana B-17 disiapkan untuk mereka, dan menerbangkan mereka ke Australia. Pidato terkenalnya, dimana ia berkata, "Aku datang dan aku akan kembali," pertama kali dibuat di stasiun kereta api Terowie di Australia Selatan pada 20 Maret. Washington membujuk MacArthur untuk segera mewujudkan janjinya untuk "Kami akan kembali". Ia menghiraukan permintaan tersebut.

Bataan menyerah pada 9 April, dan Corregidor pada 6 Mei. George Marshall memutuskan agar MacArthur dianugerahi Medal of Honor, sebuah penghargaan yang sebelumnya ia dua kali dinominasikan, "atas pelucutan propaganda apapun dari yang musuh diarahkan saat ia meninggalkan komandonya". Eisenhower menyatakan bahwa MacArthur sebenarnya tak melakukan tindakan wajib apapun sesuai dengan yang dipersyaratkan oleh hukum, namun Marshall mengutip penghargaan medali tahun 1927 kepada Charles Lindbergh sebagai sebuah preseden. Legislasi khusus telah disahkan untuk mengotorisasikan medali Lindbergh, namun meskipun legislasi serupa yang diperkenalkan mengotoritasikan medali untuk MacArthur oleh anggota Kongres J. Parnell Thomas dan James E. Van Zandt, Marshall sangat merasa bahwa seorang jenderal yang menjabat seharusnya meraih medali tersebut dari Presiden dan Departemen Perang. MacArthur memilih untuk menerimanya atas dasar bahwa "penghargaan tersebut tak ditujukan untuk aku sendiri karena itu adalah sebuah pengakuan terhadap jasa-jasa pasukan yang menjadi kehormatanku untuk dikomandoi." Arthur dan Douglas MacArthur kemudian menjadi ayah dan putra pertama yang dianugerahi Medal of Honor. Mereka masih menjadi satu-satunya pasangan sampai 2001, dimana Theodore Roosevelt dianugerahi secara anumerta atas jasanya pada Perang Spanyol-Amerika, Theodore Roosevelt, Jr. meraih penghargaan tersebut secara anumerta atas jasanya pada Perang Dunia II. Kutipan MacArthur, yang ditulis oleh George Marshall, terbaca:



Sebagai simbol dari pasukan yang melawan Jepang, MacArthur meraih beberapa penghargaan lainnya. Suku-suku Amerika Asli dari Southwest memilihnya menjadi "Kepala dari Segala Kepala", yang ia anggap sebagai "para teman lamaku, para pengikut kehidupan masa kecilku di frontier Barat".