menceritakan tentang ditemukannya obat untuk menyembuhkan para mutan dan menimbulkan konflik di dalam komunitas mutan. Magneto menyatakan perang kepada Manusia dan mengambil senjatanya sendiri, Phoenix, Jean Grey. Setelah Jean membunuh Cyclops & Prof. X, terjadilah perang antara X-Men dan The Brotherhood. dan Wolverine sadar untuk menyelamatkan Jean adalah dengan membunuhnya

1. Charles & Erik Still Has Their Power


di akhir film dan di post credit scene terdapat dua adegan yang cukup mengagetkan dimana adegan pertama menunjukkan Magneto sedang bermain catur pasca kekuatannya dihilangkan namun tiba2 dia mampu menggerakkan bidak catur yg terbuat dari logam

dan adegan kedua memperlihatkan seorang pasien yang sudah koma sangat lama dan seorang dokter bernama Moira McTaggert (Moira juga muncul di First Class) lalu tiba2 Pasien itu bergerak dan menyapa Moira, "Halo Moira" lalu Moira kaget dan berkata "Charles.."

2. Bridge Scene


Adegan Magneto memindahkan Jembatan diambil dari Komik New X-Men #147

3. Sentinel First Appearance


saat Logan,Storm,dkk melakukan latihan, mereka menghadapi Robot yang bernama Sentinel. Sentinel merupakan robot pemusnah Mutan yang diciptakan oleh Bolivar Trask

4. Bolivar Trask First Appearance


Bolivar Trask muncul pertama kali dalam Film ini. Diperankan oleh Bill Duke

5. The Fastball Special


Adegan Colossus melempar Logan terjadi 2x di film ini. saat mereka berlatih melawan Sentinel dan Saat mereka ingin mengalahkan Magneto. di Komik nama Lemparan tersebut adalah The Fastball Special

6. Stan Lee Cameo


adegan ini diambil saat Xavier & Magneto menjemput Jean yang saat itu sudah lepas kendali hingga Jean mengendalikan semua benda termasuk air yg digunakan Stan Lee untuk menyiram tanaman

7. Mutant Appearance & Cameos

Arclight


Psylocke


Quill


Glob Hermann


Jubilee

*satu2 nya karakter yg selalu muncul di Trilogi ini namun hanya sebagai Cameo

Lizard Man


Phat


Siryn


Spike


The Stepford Cuckoos