Sejarah Yamaha Mio sendiri tercetak dari dapur Research & Development (R&D) Yamaha. Mulanya, ia adalah project lanjutan dari Yamaha Nouvo yang sempat dilansir sebelumnya. Meski di Indonesia tak dapat disebut berhasil, namun dalam penjualan regional, Yamaha menilai Nouvo cukup berhasil. Ditambah dengan keyakinan atas masa depan sepeda motor matic, maka atas dasar pengembangan Nouvo, lahirlah Yamaha Mio.

Seperti mengkoreksi beberapa keluhan terhadap Nouvo, antara lain bentuknya yang bongsor, Yamaha Mio tampil lebih elegan. Dari sisi ukuran jauh lebih ramping, sesuatu yang banyak menjadi pertimbangan konsumen Asia. Setelah jadi, tahun 2003, Yamaha Mio mulai diluncurkan di Asia Tenggara. Khusus untuk pasar Malaysia, Yamaha memilih memasarkannya dengan nama Yamaha Ego.
Di Indonesia, Mio juga muncul tahun 2003