Beranjak dari kebijakan Pemerintah Kota Bekasi di dalam bidang Pendidikan dan Kebudayaan yang didasari oleh semangat Undang-Undang No. 22 Tahun 1999 dan Undang-Undang No.25 tahun 1999 yang diberlakukan sejak bulan Januari 2000. Pemerintah Kota Bekasi melalui Dinas Pendidikan untuk melakukan Perencanaan, Pemerintah, Pengawasan, Pengendalian dan Evaluasi Pendidikan.

Perkembangan penduduk dan angka partisipasi pendidikan selalu meningkat setiap tahunnya, maka dipandang perlu untuk mengembangkan pembangunan sistem pendidikan melalui perluasan sarana dan prasarana dengan mambangun Unit Sekolah Baru (USB) di lingkungan wilayah atau kecamatan yang belum memiliki Unit Sekolah Menengah Atas.

Dinas Pendidikan melalui keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kota Bekasi Nomor : 421/1142 – Dik.2 tanggal 5 Juni 2005 menetapkan Unit Sekolah Baru USB SMA Negeri 13 Bekasi yang berada di Kecamatan Mustika Jaya.

Pengelolaan USB SMA Negeri 13 di rujuk dan dibina oleh SMAN 9 Bekasi dengan Kepala Sekolah Drs. H. Rochmat, MM. dan Pengelola sekolah di tunjuk berdasarkan surat tugas dari Dinas Kota Bekasi Nomor : 421/1207 – Disdik tanggal 21 November 2005 dan Rekomendasi dari Kabid Dikmen Nomor : 421/2060 – Dik.2 tanggal 16 November 2005 yaitu Lukman Hakim, S.Pd, MM.

Pada tahun pelajaran 2005/2006, USB SMAN 13 Bekasi membuka pendaftaran siswa baru sebanyak 3 (tiga) kelas dengan jumlah siswa 117 siswa baru. Pada awalnyan, USB SMAN 13 Bekasi tempat belajarnya menumpang di SMP Negeri 16 Bekasi, sedangkan pada tahun kedua (2006/2007) pindah menempati SD Bojong Rawalumbu V lingkungan Asrama 202/Tajimalela,Rawalumbu Bekasi.

Setelah gedung baru SMAN 13 Bekasi, yang berlokasi di Jalan Raya Pariwisata Perum Bumi Bekasi Baru Utara Rawalumbu rampung pembangunannya, maka pada bulan Februarai 2007 mulai ditempati oleh para Siswa dan Guru dengan gedung baru dan semangat baru.