KOMPAS.com - Sekitar setahun yang lalu, urutan genetik dari lebih dari 200 sampel virus dari kasus awal Covid-19 di Wuhan menghilang dari database ilmiah online. Sekarang, dengan me-rooting melalui file yang disimpan di Google Cloud, seorang peneliti di Seattle melaporkan bahwa ia telah memulihkan 13 dari urutan asli tersebut. 

Informasi baru yang dipulihkan itu menarik untuk membedakan kapan dan bagaimana virus dapat menyebar dari kelelawar atau hewan lain ke manusia. 

Dilansir New York Times, Rabu (23/6/2021), analisis baru yang dirilis pada hari Selasa, 22 Juni 2021, mendukung saran sebelumnya bahwa berbagai virus corona mungkin telah beredar di Wuhan sebelum wabah awal terkait dengan pasar hewan pada Desember 2019. Penelitian ini tidak memperkuat atau mengabaikan hipotesis bahwa patogen bocor keluar dari laboratorium Wuhan. Namun, temuan ini memicu pertanyaan baru, mengapa urutan asli virus corona dihapus.

“Ini adalah pekerjaan detektif yang hebat, dan ini secara signifikan memajukan upaya untuk memahami asal usul SARS-CoV-2,” kata Michael Worobey, ahli biologi evolusi di University of Arizona yang tidak terlibat dalam penelitian ini. Jesse Bloom, seorang ahli virologi di Pusat Penelitian Kanker Fred Hutchinson yang menulis laporan baru itu menyebut penghapusan urutan ini mencurigakan. “Sepertinya urutannya dihapus untuk mengaburkan keberadaannya,” tulis Bloom di makalah, yang belum ditinjau sejawat atau diterbitkan dalam jurnal ilmiah.

Dr. Bloom dan Dr. Worobey termasuk dalam kelompok ilmuwan vokal yang menyerukan penelitian lebih lanjut tentang bagaimana pandemi dimulai. Dalam sebuah surat yang diterbitkan pada bulan Mei, mereka mengeluh bahwa tidak ada informasi yang cukup untuk menentukan apakah kemungkinan kebocoran laboratorium menyebarkan virus corona, atau virus itu menular ke manusia dari kontak dengan hewan yang terinfeksi di luar laboratorium. Urutan genetik sampel virus memiliki petunjuk penting tentang bagaimana SARS-CoV-2 berpindah ke manusia dari hewan yang kemungkinan besar adalah kelelawar. Hal yang paling berharga dari semuanya adalah urutan dari awal pandemi, karena mereka membawa para ilmuwan lebih dekat ke peristiwa penyebaran awal.

Pemulihan data yang hilang Saat Dr. Bloom meninjau data genetik yang telah diterbitkan oleh berbagai kelompok penelitian, ia menemukan sebuah studi Maret 2020 dengan spreadsheet yang mencakup informasi tentang 241 urutan genetik yang dikumpulkan oleh para ilmuwan di Universitas Wuhan. Spreadsheet menunjukkan bahwa para ilmuwan telah mengunggah urutan ke database online yang disebut Arsip Baca Urutan (Sequence Read Archive), yang dikelola oleh Perpustakaan Kedokteran Nasional pemerintah AS. 

Tetapi ketika Dr. Bloom mencari urutan Wuhan di database awal bulan ini, satu-satunya hasilnya adalah "tidak ada item yang ditemukan." Bingung, dia kembali ke spreadsheet untuk petunjuk lebih lanjut. Ini menunjukkan bahwa 241 sekuens telah dikumpulkan oleh seorang ilmuwan bernama Aisi Fu di Rumah Sakit Renmin di Wuhan. 

Mencari literatur medis, Dr. Bloom akhirnya menemukan penelitian lain yang diposting online pada Maret 2020 oleh Dr. Fu dan rekan-rekannya, yang menjelaskan tes eksperimental baru untuk SARS-CoV-2. Para ilmuwan China menerbitkannya dalam jurnal ilmiah tiga bulan kemudian.

Dalam penelitian itu, para ilmuwan menulis bahwa mereka telah melihat 45 sampel dari usap hidung yang diambil dari pasien rawat jalan dengan dugaan Covid-19 di awal epidemi. Mereka kemudian mencari sebagian materi genetik SARS-CoV-2 di swab. Para peneliti tidak mempublikasikan urutan sebenarnya dari gen yang mereka ambil dari sampel. Sebaliknya, mereka hanya menerbitkan beberapa mutasi pada virus. 

Tetapi sejumlah petunjuk menunjukkan kepada Dr. Bloom bahwa sampel-sampel itu adalah sumber dari 241 urutan yang hilang. Laporan-laporan itu tidak menyertakan penjelasan mengapa urutan-urutan itu diunggah ke Arsip Baca Urutan tapi kemudian menghilang secara misterius. Dengan meneliti arsip, Dr. Bloom menemukan bahwa banyak dari urutan tersebut disimpan sebagai file di Google Cloud. 

Setiap urutan terkandung dalam file di cloud, dan semua nama file memiliki format dasar yang sama. Dr. Bloom menukar kode dengan urutan yang hilang dari Wuhan. Tiba-tiba, dia memiliki urutannya. 

Dia berhasil memulihkan 13 urutan dari cloud dengan cara ini. Dengan data baru ini, Dr. Bloom melihat kembali tahap awal pandemi. Arti data yang dipulihkan Dia menggabungkan 13 urutan dengan urutan lain yang diterbitkan dari virus corona, berharap untuk membuat kemajuan dalam membangun silsilah keluarga SARS-CoV-2. Mengerjakan semua langkah di mana SARS-CoV-2 berevolusi dari virus kelelawar menjadi tantangan karena para ilmuwan masih memiliki jumlah sampel yang terbatas untuk dipelajari. Beberapa sampel paling awal berasal dari Pasar Grosir Makanan Laut Huanan di Wuhan, tempat wabah terjadi pada Desember 2019. Tetapi virus pasar itu sebenarnya memiliki tiga mutasi tambahan yang hilang dari sampel SARS-CoV-2 yang dikumpulkan beberapa minggu kemudian. Dengan kata lain, virus-virus belakangan itu lebih mirip virus corona yang ditemukan pada kelelawar, mendukung gagasan bahwa ada beberapa garis keturunan awal virus yang tidak melewati pasar Wuhan. Dr. Bloom menemukan bahwa urutan yang dihapus yang dia pulihkan dari cloud juga tidak memiliki mutasi tambahan tersebut. 

“Mereka tiga langkah lebih mirip dengan virus corona kelelawar daripada virus dari pasar ikan Huanan di Wuhan,” kata Dr. Bloom. Ini menunjukkan, kata Bloom, pada saat SARS-CoV-2 mencapai pasar, sebelumnya itu telah beredar untuk sementara waktu di Wuhan atau sekitarnya. Virus corona yang ada di pasar Wuhan, menurutnya, tidak mewakili keragaman penuh virus corona yang sudah lepas pada akhir 2019. 



Dalam laporannya, Dr. Bloom mengakui bahwa kesimpulan ini harus dikonfirmasi dengan analisis yang lebih dalam dari urutan virus. Dr. Worobey mengatakan bahwa dia dan rekan-rekannya sedang mengerjakan studi skala besar gen SARS-CoV-2 untuk lebih memahami asal-usulnya dan mereka sekarang akan menambahkan 13 sekuens yang dipulihkan Dr. Bloom.




https://www.kompas.com/sains/read/20...china?page=all


Bangkai yg ditutupi rapat2 akan tercium juga....