Sumber: pasberita.com
Berikut beberapa daftar Pondok Pesantren terbaik di Indonesia. Tapi jangan salah faham dulu, maksud terbaik di sini adalah berdasarkan popularitas. Sebab, semua pesantren rata-rata sama terbaiknya, hanya saja sebagian pesantren memang kurang populer.
1. Pondok Pesantren Modern GONTOR

Podok Pesantren Gontor berdiri pada 10 April 1926 di Ponorogo, Jawa Timur. Podok ini didirikan oleh tiga bersaudara putra Kiai Santoso Anom Besari, yaitu KH Ahmad Sahal, KH Zainudin Fananie dan KH Imam Imam Zarkasy yang kemudian dikenal dengan istilah Trimurti.

Pondok Pesantren Gontor merupakan pelopor dan inovator pesantren modern, yang dulunya bernama Ponpes Darussalam Gontor. Pesantren modern ini yang terinspirasi dari Sir Syed Ahmad Khan founder Aligarh Muslim University, India yang melakukan modernisasi pendidikan Islam.
Sistem yang dipakai di Pondok Modern Gontor berjalan dengan baik dan sangat sukses. Karena hal itu, saat ini banyak pesantren-pesantren di Indonesia menerapkan sistem yang sama dengan yang di pakai Pondok Gontor.
Pondok ini memiliki ciri khas yaitu menerapkan kedisiplinan yang tinggi dan pembiasaan dalam mengucap bahasa Arab dan Inggris untuk digunakan dalam bahasa sehari-hari. Selain itu kerapihan mengenakan pakaian dan selalu memakai dasi saat bersekolah juga merupakan ciri khasnya.
Pada awalnya Pondok Pesantren ini hanya memiliki satu wadah pendidikan yaitu Tarbiyatul Athfal (setingkat dengan taman kanak-kanak). Beberapa tahun kemudian Pondok ini mendirikan Kulliyatul Mu’alimin Al-Islamiah (KMI) yang setara dengan Sekolah Menengah, disusul dengan  Institut Studi Islam Darussalam (ISID).
2. Pondok Pesantren Sidogiri, Pasuruan



Salah satu pesantren terbaik di Indonesia adalah pondok pesantren Sidogori di Pasuruan. Pondok pesantren ini didirikan oleh Sayyid Sulaiman yang berasal dari Cirebon. Beliau mendirikan pesantren ini bersama dengan Kyai Aminullah.
Ada beberapa versi mengenai tahun pendiriannya, ada pendapat yang mengatakan pada tahun 1745. Dan versi inilah yang dijadikan patokan untuk merayakan hari jadi mereka. Pesantren ini merupakan salah satu pesantren tertua di Indonesa yang masih eksis dan terus berkembang.
Di zaman modern ini, pesantren ini tetap mempertahankan sistem pendidikan salaf murni yang mengkaji ilmu agama. Pesantren ini juga terkenal sebagai pesantren yang berhasil mandiri secara finansial berkat berbagai bisnis yang dibangun oleh yayasan pesantren seperti waralaba minimarket (Mart) yang bernama Koperasi Sidogiri, lembaga keuangan yang bernama BMT (baitul Mal Wat Tamwil), serta masih banyak usaha lainnya.
Para pengurus pesantren ini berkomitmen mempertahankan sistem pendidikan Madrasah Diniyah (MD) sampai tingkat Ma’had Ali (Universitas) yang bernama Tarbiyatul Mu’alimin.
Baca Juga:

• 10 Alasan Santri Putra Adalah Calon Imam yang Baik dan Tepat Untuk Dunia dan Akhiratmu
  
• Santri Putri Adalah Calon Istri Idaman, Inilah 10 Alasannya!
  
• 
  

3. Pondok Pesantren Langitan, Tuban

Pesantren ini termasuk salah satu lembaga islam tertua di Indonesia, yang berdiri pada tahun 1852. Pesantren  ini terletak di Dusun Mandungan, Desa Widang, Kecamatan Widang, Tuban, Jawa Timur. Luas komplek wilayah Pesantren ini sekitar 7 hektare.

Kyai Abdullah Faqih yang sempat memimpin pesantren ini adalah seorang ulama kharismatik, bahkan hingga pejabat-pejabat tinggi di negeri ini pun segan kepada beliau.
4. Pondok Pesantren Lirboyo, Kediri

Pesantren Lirboyo berdiri pada tahun 1910, tepatnya di Kec. Mojoroto, Kota Kediri, Jawa timur. Kata “Lirboyo” diambil dari nama sebuah desa, di desa inilah berdiri pondok pesantren yang banyak dikenal dengan sebutan Pondok Pesantren Lirboyo.
Kyai Sholeh yang berasal dari desa Banjarmelati, memprakarsai berdirinya pesantren ini, yang kemudian di lanjutkan oleh salah satu menantunya KH. Abdul karim yang berasal dari Magelang, jawa tengah.
Pondok Pesantren Lirboyo berkembang menjadi pusat studi Islam sejak puluhan tahun sebelum kemerdekaan Republik Indonesia. Bahkan dalam peristiwa-peristiwa kemerdekaan, Pondok Pesantren Lirboyo ikut berperan dalam pergerakan perjuangan dengan mengirimkan santri-santrinya ke medan perang seperti peristiwa 10 November 1945 di Surabaya.
Sebagai Pusat pendidikan Islam, Pondok Pesantren Lirboyo memadukan antara tradisi yang mampu mengisi kemodernitasan dan terbukti telah melahirkan banyak tokoh-tokoh yang saleh dalam bidang agama, maupun saleh sosial.
5. Pondok Pesantren Tebuireng, Jombang

Pesantren Tebuireng merupakan salah satu pesantren terbesar di Kab. Jombang. Pesantren ini didirikan pada tahun 1899 oleh salah satu ulama besar yaitu KH. Hasyim Asy’arie. Kyai Hasyim Asy’ari dikenal sebagai sosok ulama kharismatik sekaligus pendiri organisasi Ulama (NU).
Disamping pelajaran ilmu syari’at, bahasa Arab dan Agama islam, pondok pesantren ini juga memasukan pelajaran umum kedalam struktur pembelajarannya. Pesantren Tebuireng sudah sangat banyak memberikan kontribusi terhadap masyarakat indonesia. Terutama di dalam dunia pendidikan indonesia.
KH Abdurrahman alias Gusdur menjadi presiden RI ke empat dan yang pertama berasal dari kalangan santri. Beliau adalah cucu dari Kyai Hasyim Asy’ari.
6. Pondok Pesantren Al-Anwar, Sarang

Pesantren Al-Anwar didirikan pada tahun 1967 oleh KH. Maimun Zubair. Pesantren ini terletak di desa Karangmangu, Sarang Rembang Jawa Tengah. Pondok ini pada mulanya adalah sebuah kelompok pengajian yang dirintis oleh KH. Ahmad Syuaib dan KH. Zubair Dahlan.
Kelompok pengajian tersebut pada awalnya dilaksanakan di mushalla. Pada perkembangan selanjutnya kedua perintis tersebut mendirikan tiga komplek bangunan, yaitu komplek A, B dan C.
Komplek A dikembangkan menjadi PP Al-Anwar oleh KH. Maimun Zubair, putra KH. Zubair Dahlan. Sedangkan komplek B dikembangkan oleh KH. Abdul Rochim Ahmad menjadi PP Ma’hadul Ulumis Syar’iyah.
Latar belakang pendirian pondok tersebut adalah untuk melanjutkan kegiatan pengajian dan juga keinginan untuk meningkatkan taraf hidup masyarakat sekitar yang umumnya berpenghasilan rendah sebagai nelayan.
Perkembangan jumlah santri Pondok Pesantren Al-Anwar yang cukup pesat. Sistem pendidikan yang diterapkan adalah sistem salafiyah di mana para santri diwajibkan mengikuti pengajian Masyayeh atau ustadz, baik dengan pendekatan sistem bandongan (bersama-sama) maupun sorogan (individual).
Santri juga harus mengikuti pendidikan Muhadloroh atau Madrasah Ghozaliyyah, sampai tingkat aliyah, dan melanjutkan pada PPTM (Ma’had ‘Aly) yang mana jenjang pendidikannya adalah dua tahun.
7. Pondok Pesantren Nur El Falah Banten

Pondok pesantren Nur El Falah didirikan pada tahun 1943 oleh Almarhum KH.Abdul Kabier (tokoh pendidikan Banten) murid dari Hadrotusyaikh KH.Hasyim Asyari (Pendiri Nahdlatul Ulama) yang beralamat di kp. Kubang Ds.Kubang Jaya Kec.Petir Kab. Serang Banten.
Pondok Pesantren Nur El Falah saat ini konsisten mencetak kader ulama yang intelek sesuai visi misi dari didirikannya pesantren ini dan tahun ini pesantren serius membangun pesantren berbasis teknologi sehingga orang tua santri dapat melakukan pemantauan kegiatan santri dengan cara online baik kehadiran, kesehatan, kegiatan, nilai, prestasi, tabungan dan pelanggaran.
Kegiatan pendidikan di Pondok pesantren ini terbagi menjadi empat tahapan, yaitu:
1. Al-Mubtadi yaitu santri dibimbing menguasai 140 masalah agama dasar baik dari segi aqidah, fiqih ibadah, muamalah dan amaliyah harian sehingga para santri dapat beribadah dengan baik dan juga mampu memimpin Doa, tahlil dan fase ini di tempuh dalam waktu paling lama 5 bulan.
2. Tsanawi yaitu para santri di bina untuk mampu berkomunikasi menggunakan 2 bahasa Internasional Bahasa Arab dan Inggris dan fase ini di selesaikan santri dalam waktu 6 bulan.
3. Aliyah yaitu fase dimana santri mempelajari kaidah Ilmu Nahwu dan Sharaf serta dibimbing untuk dapat menerapkan kaidah yang di kuasai untuk membaca Kitab Kuning dengan baik dan fase ini diselesaikan dengan waktu 6 bulan.
4. Ulya merupakan fase dimana para santri mendapatkan bimbingan ilmu ilmu keagamaan baik dalam Aqidah, Al-Quran, Hadits, Akhlaq, Fiqh, Usul Fiqih Tajwid, Tafsir, Balaghah, Mantiq dan lain-lain.
Program Unggulan Pesantren Nur El Falah antara lain:
1. Para santri dites potensi menggunakan sidik jari dan akan diketahui dari hasil tes berupa potensi, cara belajar, keahlian bakat dan lain lain.
2. Para santri juga dibina untuk dapat menguasai komputer dan Teknologi
3. Pesantren memiliki kegiatan Tahunan mendatangkan Syekh dari Al-Azhar Mesir untuk membimbing para santri agar dapat membaca Al-Quran dengan Baik dan pelatihan Hafal alQuran tanpa menghafal.
Pesantren memiliki jenjang pendidikan formal yang lengkap sehingga santri dapat memilih sesui dengan keinginannya. Pesantren memiliki jenjang pendidikan formal seperti Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (Mts), Sekolah Menengah Pertama (SMP), Madrasah Aliyah (MA), Sekolah Menengah Atas ( SMA), Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) dan Perguruan tinggi STAIKHA (Sekolah Tinggi Agama Islam KH.Abdul Kabier).
8. Pondok Pesantren La Tansa, Banten

Pesantren La Tansa terletak di daerah Parakansantri, Cipanas, Lebak, Banten. Pendiri Pesantren ini adalah Drs. K.H. Ahmad Rifa’i Arief (Almarhum) yang bertindak sebagai pemimpin pesantren Daar el-Qolam (Pasir Gintung, Jayanti, Tangerang) saat itu.
Setelah Drs. K.H. Ahmad Rifa’i Arief wafat, kepemimpinan Pesantren La Tansa  diambil alih oleh K.H. Sholeh, S.Ag, MM dan K.H. Adrian Mafatihullah Karim, MA. Pesantren ini berada dibawah naungan lembaga Yayasan La Tansa Mashiro.
9. Pondok Pesantren Daar El-Qolam, Banten

Pesantren Daar El-Qolam didirikan pada 20 Januari tahun 1968 oleh H. Qasad Mansyur dan Drs. K.H. Ahmad Rifai Arief. Pesantren ini terletak di Desa Pasir Gintung, Kecamatan Jayanti, Kabupaten Tangerang Banten.
Pada tanggal  15 Juni tahun 1997 Drs. K.H. Ahmad Rifai Arief sebagai pendiri sekaligus figur pesantren ini meninggal dunia. Kemudian pesantren ini diamanatkan kepada  K.H. Adrian Mafatihullah Karim, Hj. Enah Huwaenah dan K.H. Drs. Ahmad Syahiduddin.

10. Pondok Pesantren Al Ihya Ulumuddin, Cilacap

Pesantren Al Ihya Ulumuddin didirikan pada tanggal 24 Nopember 1925 oleh KH. Badawi Hanafi. Pesantren ini terletak di Desa Kesugihan Kecamatan Kesugihan, Kabupaten Cilacap. Pesantren ini juga sering disebut dengan Pesantren kesugihan.
Setelah KH. Badawi Hanafi, Pesantren ini diamanatkan kepada putranya yaitu KH Chasbulloh Badawi dan KH Ahmad Mustholih.