Daftar ikan dilindungi di Indonesia ini memuat spesies-spesies ikan yang dulu klasifikasikan sebagai Pisces. Sehingga dalam daftar ini tidak memuat jenis-jenis ikan yang dilindungi dari kelas mammalia seperti ikan duyung, paus sperma, paus biru, dan lumba. Daftar ini juga dilengkapi dengan gambar masing-masing jenis ikan yang dilindungi.

Daftar ikan yang dilindungi di Indonesia ini diatur dan ditetapkan berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 7 Tahun 1999 tentang Pengawetan Jenis Tumbuhan dan Satwa. Daftar tersebut ditambah dengan 5 spesies ikan yang dilindungi berdasarkan 4 Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Indonesia.

Dalam PP No. 7 Tahun 1999 memuat 7 jenis ikan yang dilindungi di Indonesia. Dua diantaranya hanya dituliskan nama genusnya saja dengan penambaha keterangan perlindungan terhadap semua spesies anggota genus yang dimaksud.



























Daftar ikan yang dilindungi tersebut belum termasuk hewan-hewan dari kelas mammalia (mammalia air) seperti paus biru, pesut mahakam, berbagai jenis paus dan lumba-lumba.

Pun belum mencakup aneka spesies reptil yang banyak menghabiskan waktu di air seperti penyu, kura-kura leher panjang, buaya, dan lainnya. Juga belum memuat berbagai spesies anthozoa dan bivalvia.