Sebelum menjadi organisasi intelijen modern, MSS bernama Central Departemen of Social Affairs (CDSA/Departemen Sosial), yang merupakan bagian penting dari Communist Party of China (CPC/Partai Komunis Cina). Markas CDSA beroperasi di daerah basis komunis Yan’an, tepatnya di Provinsi Shaanxi, Cina Utara, selama periode tahun 1937-1945. Dalam perang Jepang-Sino kedua, CDSA melaporkan kepada CPC tentang situasi dunia, berdasarkan laporan berita yang dilengkapi dengan data intelijen penting. CDSA mengalami reorganisasi ketika memasuki musim panas pada tahun 1949. Perubahan tersebut mengakibatkan pergantian nama dan beberapa perwira intelijen yang menonjol dipindahkan ke posisi jabatan senior di kementerian baru Ministry of Public Security/Kementerian Keamanan Publik dari CCP Central Revolutionary Military Affair Commision/Komisi Militer Pusat Partai Komunis Cina Komite Sentral (pasca berdirinya Republik Rakyat Cina lembaga ini berubah nama menjadi Ministry of Public Security of Central People’s Government/Kementerian Keamanan Publik Pemerintahan Rakyat Pusat). Setelah perpanjangan masa transisi, mantan anggota CDSA menjadi anggota People’s Liberation Army, yang sepenuhnya dihidupkan kembali di bawah Komite Sentral Partai Komunis (Communist Party Central Commite) pada tahun 1955, yang sekarang menjadi Central Investigation Departement (CID /Departemen Pusat Investigasi).
Perkembangan selanjutnya, pada tahun 1983, terjadi merger/peleburan antara CID dan bagian kontra intelijen MPS. Kedua departemen tersebut bergabung menjadi satu dalam wadah MSS. Di tahun yang sama, diangkat kepala MSS yang pertama bernama Ling Yun, mantan pendiri PRC dan pernah menjabat sebagai wakil menteri MPS. Usia jabatan Ling Yun terbilang cukup singkat, sampai dengan tahun 1985. Berikutnya, digantikan oleh Jia Chunwang, mantan anggota Central Committee CPC, dikenal sebagai kepala MSS terlama, dari tahun 1985-1998. MSS mengalami restrukturisasi sekitar tahun 2003, saat itu dibawah kepimpinan Xu Yongyue, menduduki kursi orang nomor satu di MSS sejak tahun 1998. Selama menjabat sebagai kepala, MSS diarahkan pada usaha penindakan terhadap kegiatan Falun Gong.
Sampai saat ini, MSS masih dikenal tertutup dan publik tidak bisa mengakses informasi yang dibutuhkan seputar kegiatan MSS yang bersifat terbuka, karena tidak mempunyai website resmi dan juru bicara organisasi.

Misi MSS adalah menegakkan kemananan negara melalui penindakan efektif melawan agen musuh, mata-mata dan kegiatan kontra revolusioner, yang dirancang untuk sabotase atau menggulingkan pemerintahan sistem sosialis Cina.
Salah satu misi utamanya adalah melaporkan hasil pengumpulan intelijen luar negeri dari target di berbagai negara. Beberapa agen MSS menjalankan tugas di wilayah Greater China, seperti Hongkong, Macau, dan Taiwan. Agen-agen Cina telah terintegrasi ke banyak komunitas Cina dunia.
MSS bertanggung jawab kepada menteri dan Dewan Negara (state council) serta Partai Komunis Cina Komisi Hukum dan Politik (Chinese Communist Party Political Science and Law Commission).
Salah satu karateristik dari organisasi intelijen Cina adalah kewenangan penuh, seperti yang dimiliki MSS, terpisah dengan beberapa departemen keamanan lainnya, tetapi peranan strategisnya mengawasi program administrasi dan fungsi operasi domestik yang berhubungan dengan masalah luar negeri. Melihat perkembangan orang asing berkunjung ke Cina, membuat kekhawatiran Cina terutama terhadap kebijakan luar negeri, sehingga meningkatkan operasi domestik surveillance dan peningkatan rekruitmen. Rekruitmen penduduk Cina di luar negeri cenderung dapat mengamankan dan merupakan metode yang efektif dalam melakukan counter spionase terhadap negara lain

Organisasi MSS Saat ini dikepalai oleh Chen Wenqing dan didukung oleh beberapa biro yang menjadi mesin penggerak organisasi. Adapun beberapa biro, antara lain:
a. Biro Pertama (Domestic Bureau)
Biro ini hampir sama dengan Biro Umum Pertama KBG Rusia, yang bertanggung jawab mengurusi masalah dalam negeri, antara lain mencakup perekrutan orang yang mempunyai koneksi di luar negeri dan orang-orang yang akan berpergian ke luar negeri, baik untuk belajar, usaha, berwisata atau tujuan lainnya. Biro ini berfungsi mempercepat pengajuan dokumen ke luar (exit document), jika terjadi masalah atau kesulitan dengan agensi lain. Fungsi biro ini juga memberikan kompensasi atas pengumpulan informasi dan bertanggung jawab menerima agen rahasia Cina dari luar negeri yang kembali ke Cina setiap beberapa tahun sekali, guna menemui atasan-atasan mereka.
b. Biro Kedua (Foreign Bureau)
Biro ini bertanggung jawab atas kegiatan dan operasi di luar negeri, termasuk pengiriman agen rahasia ke luar negeri dengan menggunakan penyamaran.
c. Biro Ketiga (Hongkong, Macau dan Taiwan)
Biro ini cakupan wilayah tugasnya meliputi wilayah Hongkong, Macau, dan Taiwan. Aktifitas utamanya mencakup perekrutan orang-orang yang mempunyai koneksi dengan wilayah seputar Hongkong, Macau dan Taiwan, mengurus kegiatan/operasi para agen dan ketika mereka kembali pulang ke Cina daratan untuk kepentingan pelaporan, penugasan dan liburan.Biro ini menerima, menganalisis dan melaporkan informasi intelijen tingkat tinggi yang dikumpulkan di wilayah-wilayah tanggung jawabnya dan memberi mereka pengarahan perihal jenis informasi intelijen yang dibutuhkan.
d. Biro Keempat (Bidang Teknologi)
Biro ini berfungsi mengkaji dan mengembangkan kegiatan maupun operasi penggalangan informasi intelijen dan teknik-teknik mencounter kegiatan intelijen musuh. Kegiatan biro ini antara lain melakukan penyadapan telepon, kegiatan pengambilan foto, perekaman, melakukan komunikasi dan mengirimkan informasi intelijen.
e. Biro Kelima (Local Intelligence Bureau)
Biro ini bertanggung jawab memberikan pengarahan dan mengkoordinasikan pekerjaan departemen-departemen dan biro-biro dalam negeri Kementerian Keamanan Negara pada tingkat provinsi dan kotamadya.
f. Biro Keenam (Counter Intelligence Bureau)
Tugas utama counter intelligence Cina adalah memberantas organisasi pro demokrasi Cina di luar negeri. Prioritas penyelidikan termasuk konsorsium barat yang berinvestasi di Cina yang dicurigai terlibat dalam upaya revolusi damai di Cina. Titik berat pekerjaan biro ini lebih melakukan kegiatan pendidikan dasar tentang keamanan dan pengintaian, melakukan pelaporan atas orang-orang serta kegiatan-kegiatan yang dianggap mencurigakan.
g. Biro Ketujuh (Counter Intelligence Bureau)
Tanggung jawab dari biro ini adalah memeriksa, memverifikasi, mempersiapkan dan menulis laporan informasi intelijen serta beberapa laporan rahasia khusus (special classified reports) berdasarkan informasi intelijen dari tangan pertama baik dari sumber terbuka maupun sumber rahasia. Dibutuhkan sense of art yang tinggi terutama dalam menentukan berita mana yang harus diedarkan dan tidak.
h. Biro Kedelapan (lembaga hubungan internasional kontemporer)
Biro ini dibagi menjadi 10 instansi penelitian yang mengkhususkan penelitian hubungan internasional secara umum dan perekonomian global. Biro ini merupakan salah satu lembaga penelitian hubungan internasional yang memiliki lebih dari 500 peneliti. Adapun fokus negara yang diteliti antara lain Amerika Serikat, Rusia, Eropa Timur, Eropa Barat, Timur Tengah, Jepang, Asia, Afrika dan Amerika Latin. Salah satu dari tugas pokoknya adalah mengumpulkan informasi dari sumber terbuka. Misi lainnya dari lembaga ini adalah melakukan kompilasi dari penerbitan-penerbitan yang dikirimkan ke unit-unit di tingkat provinsi, angkatan darat dan tingkat menteri.
i. Biro Kesembilan (Anti Defection and Counter Surveilance Bureau)
Biro yang memiliki kewenangan dan bertugas mengcounter upaya badan intelijen asing untuk merekrut personel dari Kementerian Keamanan Negara dan para kader dari institusi Cina di luar negeri.Biro ini juga mengcounter upaya mata-mata, penyadapan telepon dan infiltrasi badan intelijen asing terhadap kedutaan dan konsulat Cina.
j. Biro Kesepuluh (Scientific and technological Information Bureau)
Biro kesepuluh yaitu biro bidang ilmu pengetahuan dan informasi teknologi, memfokuskan diri pada pengumpulan informasi rahasia yang berkaitan dengan ekonomi, ilmu pengetahuan dan teknologi.
k. Biro Kesebelas (Electronic Computers Bureau)
Biro ini disebut Biro Bidang Komputer Elektronik yang tugasnya menganalisis informasi intelijen yang dikumpulkan secara elektronik berbasis komputer dan bertugas mengoperasikan jaringan komputer dari Kementerian Keamanan Negara. Biro ini juga bertugas menghimpun informasi tentang sistem elektronik dari barat, melindungi sistem informasi dinas rahasia Cina dan serangan badan-badan intelijen negara lain.