Sebelum datangnya agama Kristen ke Borneo. Rakyat Borneo tidak mengenal pendidikan moden. Barat memberikan istilah “Mohammaden” untuk mereka yang sudah menganut Islam dan “Pagan” untuk yang belum menganut agama – atau masih menganut kepercayaan nenek moyang. Sebagian besar masih beragama tradisional. Di Sabah, suku-suku Dusunic, Murutic dan Paitanic ketika itu hampir semuanya masih “pagan”. Budaya lama seperti headhunting (mengayau) dan beberapa ritual mengorbankan manusia masih dijalankan. Sebelum tahun 1800an, tidak ada pendakwah agama baik Muslim maupun Kristian yang berani kepedalaman Sabah ataupun Borneo ketika itu untuk menyebarkan agama. Kedatangan orang Eropah ibarat rahmat untuk bangsa-bangsa di Timur yang ketika itu masih buta ilmu pengetahuan dan masih memegang“worldviews” tradisional

Pendakwah atau penginjil Kristian yang terawal yang merencanakan karya Misi penginjilan ke Borneo adalah dari Gereja aliran Katolik dan Anglican. Pada tahun 1846, “Borneo Church Mission Institution”yang dibentuk di-Inggris oleh Gereja Anglican untuk menyebarkan Kekristenan di Borneo. Kelompok mubaligh pertama yang datang ke Borneo ketika itu adalah Kelompok mubaligh pimpinan Fr. Francis McDougall pada tahun 1848 di Sarawak. Pada tahun 1854, Fr. Francis McDougall diangkat menjadi Bishop Diocese Labuan. Disocess Labuan yang berpusat di Labuan ini meliputi kawasan Misi yang sangat besar, yaitu terdiri dari Sabah, Sarawak, Brunei, Singapura dan Thailand. Fr. Francis McDougall dikatakan menggunakan Labuan sebagai dasar mencapai suku kaum Dusunic yang ada dipedalaman Sabah pada tahun 1866.

Bagi pihak Gereja Katolik pula, Borneo baru dijadikan“Tanah Misi” pada 4 September 1855, oleh“Congregation of the Propagation of the Faith”.Perfect Apostolic pertama yang diutus adalah Msgr Don Carlos Cuarteron, di Labuan, pada 1855. Msgr Don Carlos Cuarteron merupakan pastor dari Ordo“Third Order of the Trinitarians” Mission Fr. Don Carlos ketika itu adalah untuk meyebarkan agama Katolik serta membawa bangsa-bangsa di-Borneo dan pulau-pulau di sekitarnya keluar dari“keterbelakangan” dan “kegelapan”. Selain itu, missi Fr. Don Carlos juga adalah untuk menghentikan perbudakan yang meluas di ekitar Borneo dan Filipina ketika itu. Diantara keberhasilam beliau sepanjang berkarya di Borneo adalah, keberhasilannya membebaskan 50 orang budak dari kaum lanun. Namun karena masalah kesehatan, Fr. Don Carlos kembali ke Roma pada Desember 1879 dan meninggal pada 12 Maret 1880.