Dalam suatu adegan pada film tersebut, digambarkan sosok pemimpin CC PKI (Comite Central Partai Komunis Indonesia), sebagai seorang perokok. Padahal kenyataannya Aidit bukan bukan seorang pecandu tembakau

Alih-alih menggilai rokok, Aidit justru menganjurkan kawan-kawannya untuk meminimalisir rokok demi kesehatan finansial partainya. Dalam isi "Resolusi Dewan Harian Politbiro CC PKI" tertanggal 5 Januari 1959, Aidit menyerukan teman-temannya untuk menghentikan kebiasaan merokok atau setidaknya mengurangi ketergantungan pada rokok. Aidit mengatakan akan lebih bermanfaat jika uang untuk membeli rokok, dialihkan untuk dana Kongres ke-6 PKI.

Secara gamblang, film Pengkhianatan G30S/PKI melukiskan bagaimana para perwira tinggi Angkatan Darat (AD) yang diculik ke Lubang Buaya, digambarkan mengalami penyiksaan hebat. Tubuh mereka disayat-sayat dan diperlakukan secara biadab, sebagaimana dideskripsikan diorama yang terpampang di kompleks Monumen Pancasila Sakti, Jakarta.

Bisa jadi, gambaran itu terinspirasi dari laporan-laporan berita yang dimuat Berita Yudha pada 9 Oktober 1965. Koran milik tentara itu bahkan menyebut tentang para jenderal yang dicukil matanya serta alat-alat kelamin mereka dipotong oleh para aktivis Gerakan Wanita Indonesia (Gerwani), sebuah organ perempuan yang menjadi bagian dari PKI.

Kenyataanya tidak seperti itu. Dalam laporan visum et repertum yang didapat sejarawan Ben Anderson dan diungkapkan dalam "How did the General Dies?" jurnal Indonesia, April 1987, disebutkan bahwa keadaan jenazah hanya dipenuhi luka tembak.
Dari hasil visum yang dilakukan tim yang terdiri dari dr. Lim Joe Thay, dr. Brigjen Rubiono Kertopati, dr. Kolonel Frans Pattiasina, dr. Sutomo Tjokronegoro dan dr. Liau Yan Siang itu dijelaskan tidak ada bekas penyiksaan seperti penyiletan, pemotongan alat kelamin atau pencungkilan mata. Semua organ tubuh para perwira tinggi AD itu utuh sama sekali.

Di film itu Presiden Sukarno dikisahkan tengah sakit keras. Bung Karno (yang diperankan oleh Umar Khayam) juga digambarkan selalu berjalan bolak-balik layaknya orang yang tengah kebingungan. Fakta sejarah yang sebenarnya Bung Karno kala itu sehat-sehat saja. Memang sempat ada isu beredar bahwa Bung Karno sedang sakit keras, namun kehadiran Si Bung dalam sejumlah kegiatan seremonial (seperti pembukaan Musyawarah Nasional Teknik di Istora Senayan Jakarta pada 30 September 1965) menafikan isu itu lebih jauh beredar.

Bung Karno baru benar-benar sakit setelah dijadikan tahanan rumah di Wisma Yaso, Jakarta. Perawatan yang tidak intensif membuatnya tutup usia pada Juni 1970.

Salah satu adegan yang paling banyak diingat khalayak dari film itu adalah adanya "pesta besar" di Lubang Buaya lengkap dengan tarian-tarian erotis para aktivis Gerwani. Menurut penelitian Saskia Elionora Wieringa, sejatinya penggambaran itu merupakan sebentuk propaganda yang dilakukan oleh media-media cetak milik tentara yakni Berita Yudha dan Harian Angkatan Bersenjata.
Dalam penelitian yang kemudian dibukukan berjudul Penghancuran Gerakan Perempuan di Indonesia, Saskia mengungkapkan bahwa Gerwani sendiri, walau punya kaitan yang sangat dekat dengan PKI, tidak terlibat langsung dalam tragedi tersebut.

Dalam kesaksian Suharti, salah satu eks Gerwani yang dituliskan Saskia, Gerwani sejak awal 1965 memang sering berada di Lubang Buaya bersama sejumlah organisasi pemuda lain. Termasuk pemuda Nahdlatul Ulama (NU), Perwari, Wanita Marhaen, Wanita Islam dan Muslimat, untuk pelatihan dalam rangka persiapan konfrontasi dengan Malaysia.Pun begitu dengan kesaksian Serma Bungkus, eks anggota Resimen Tjakrabirawa yang penculik para jenderal. Dalam buku Gerakan 30 September, Antara Fakta dan Rekayasa: Berdasarkan Kesaksian Para Pelaku Sejarah, Bungkus menyatakan bahwa tidak ada tarian atau pesta yang diiringi nyanyian-nyanyian di Lubang Buaya.

Ada pemandangan "unik" dan membingungkan dalam adegan yang menggambarkan Letnan Jenderal TNI Soeharto tengah memimpin operasi pemulihan keamanan pasca-terjadinya G30S di ruangan Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat (Kostrad).

Adalah peta Indonesia di ruangan tersebut jadi penyebabnya karena sudah memasukkan Timor Timur sebagai wilayah Indonesia. Sejarawan Asvi Warman Adam dalam Membongkar Manipulasi Sejarah: Kontroversi Pelaku dan Peristiwa menuliskan bahwa tahun 1965/1966 Timor Timur belum terintegrasi ke dalam NKRI. “Jadi peta yang ada di sana bersifat anakronis,” ujar Asvi.