Dalam dinamika kontestasi politik Indonesia belakangan ini, ada kesan seolah sebagian umat Islam anti-keanekaragaman. Kesan itu kian menguat seiring munculnya gerakan-gerakan radikal yang membawa nama agama. Hal ini bisa berkonsekuensi pada generalisasi pendapat bahwa umat Islam di Indonesia telah tergerus komitmennya pada kebinekaan sehingga dapat dianggap sebagai kelompok yang intoleran, jauh dari sikap menghormati dan menghargai pihak lain yang berbeda. Ditinjau dari perspektif historis, hal itu jauh dari kenyataan, mengingat umat Islam di Indonesia memiliki kontribusi besar dalam pembentukan dan perjalanan kehidupan bangsa. Rekam jejak kontribusi dalam perjuangan mencapai kemerdekaan Indonesia sangat nyata dan jelas. Demikian pula partisipasinya dalam merumuskan nilai-nilai dasar Indonesia yang merdeka. Lahirnya Pancasila sebagaimana kita kenal selama ini tak lain gagasan dan pandangan dari The Founding Fathers yang di dalamnya terdapat tokoh-tokoh yang mewakili berbagai umat beragama, khususnya Islam. Mereka menyusun sila-sila dalam Pancasila dengan penuh kearifan dan semangat persatuan, termasuk ketika pada akhirnya disepakati sila pertama, "Ketuhanan Yang Maha Esa", pagi hari menjelang Sidang Pertama Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI), 18 Agustus 1945, yang agenda utamanya adalah pengesahan UUD Negara Republik Indonesia dan pemilihan presiden-wakil presiden pertama, yakni Soekarno-Hatta.

Dengan demikian, Indonesia merupakan negara yang ber-Ketuhanan Yang Maha Esa. Nuansa keagamaan atau religiositas kebangsaan kita juga ditegaskan dalam alinea ketiga Pembukaan UUD 1945, "Atas berkat rahmat Allah Yang Maha Kuasa dan dengan didorongkan oleh keinginan luhur, supaya berkehidupan kebangsaan yang bebas, maka rakyat Indonesia menyatakan dengan ini kemerdekaannya". Bahkan, secara khusus, dalam batang tubuh UUD 1945 Bab IX tentang agama disebutkan dalam Pasal 29, "Negara berdasar atas Ketuhanan Yang Maha Esa" (Ayat 1), dan "Negara menjamin kemerdekaan tiap-tiap penduduk untuk memeluk agamanya masing-masing dan untuk beribadat menurut agamanya dan kepercayaannya itu" (Ayat 2). Hal itu tak berarti Indonesia negara agama dalam pengertian sistem politik dan ketatanegaraannya merupakan derivasi formalisasi syariat keagamaan. Indonesia juga bukan negara sekuler, mengingat nilai-nilai substansial dan universal dari agama-agama yang ada punya peranan penting membentuk dan memperkuat keindonesiaan.

Islam, kebinekaan, dan keindonesiaan
Karakter Islam di Indonesia pada hakikatnya menggambarkan Islam yang rahmatan lil alamin,rahmat bagi semesta alam. Karena itu, apabila ada peristiwa-peristwa yang bisa dikategorikan sebagai bentuk dari radikalisasi keagamaan, maka itu pasti bukan mencerminkan sejatinya karakter Islam. Dalam konteks inilah, cendekiawan Islam, Nurcholish Madjid, menyebutkan, Islam yang rahmatan lil alamin bercirikan menghormati keberagaman, inklusif, toleran, dialogis, mengedepankan nilai-nilai keadilan dan kemanusiaan, tak ekstrem (ummatan wasathan), dan sejalan nilai-nilai kemodernan dan demokrasi. Pemikiran-pemikiran tersebut sudah melekat dalam sistem perkaderan HMI dengan platform Nilai-nilai Dasar Perjuangan (NDP) yang dikembangkan terutama oleh Nurcholish Madjid, bahkan disahkan dalam Kongres IX HMI di Malang pada 1969.

Demikian pula, organisasi-organisasi keagamaan Islam arus utama, terutama Nahdlatul Ulama dan Muhammadiyah, menggambarkan wajah Islam Indonesia sebagaimana ciri-ciri di atas. Mereka mengetengahkan Islam secara substansial dan tak menghendaki formalisasi agama dalam produk-produk kenegaraan. Dalam semangat memperkokoh keindonesiaan perlu terus dibangun komunikasi dan dialog antar-berbagai komunitas keagamaan. Khususnya umat Islam diharapkan agar tak terpengaruh ide-ide dan gerakan-gerakan radikal yang kini banyak berkembang di beberapa negara di dunia, khususnya Timur Tengah. Selain itu, juga sangat dibutuhkan pendidikan tentang pemahaman dan penghormatan terhadap keberagaman sejak dini bagi anak-anak didik, baik di lingkungan sekolah maupun keluarga