Setelah situs Gunung Padang, pada tahun 2012 silam masyarakat kembali dihebohkan dengan berita keberadaan piramida besar di Gunung Sadahurip, Garut, Jawa Barat. Oleh masyarakat sekitar Piramida ini disebut dengan Gunung Sadahurip karena pada permukaanya banyak ditumbuhi tanaman. Jika dilihat dengan teliti, gunung Sadahurip memiliki bentuk yang sangat identik dengan sebuah piramida. Sampai saat ini banyak teori yang berkembang seputar Piramida Sadahurip, peradaban apa yang membangunnya? Apa tujuan dan fungsinya masih menjadi misteri sampai saat ini.

Pada tahun 2003 lalu peneliti Indonesia dan Australia dikejutkan dengan penemuan tengkorak kecil saat melakukan evakuasi di gua batu kapur Liang Bua. Penemuan tengkorak mungil ini cukup mengejutkan karena meskipun berukuran kecil, tengkorak tadi memiliki susuan gigi orang dewasa. Sejak penemuan tersebut, para peneliti berusaha menguak misteri asal usulnya.

Suku Lingon adalah salah satu suku terisolir yang dipercaya hidup atau pernah hidup di pedalaman hutan Halmahera. Saat ini keberadaan suku Lingon sangat sulit dijumpai. Suku Lingon memiliki ciri fisik yang berbeda dari kebanyakan suku Indonesia lainnya. Mereka dikisahkan memiliki tubuh besar, berkulit putih dan memiliki mata biru layaknya ras kaukasoid. Apakah mereka sudah punah ataupun sudah berbaur dengan suku lain saat ini masih menjadi misteri.

Carl Alfred Bock seorang berkebangsaan Norwegia sempat menjelajahi Kalimantan pada tahun 1879. Dalam penjelajahannya itu ia sempat mendengar kabar mengenai keberadaan manusia berekor atau “Orang Boentoet” dari masyarakat lokal. Demi menggenapi teori Charles Darwin mengenai “tautan kerabat yang hilang” ia pun menyewa jasa pemandu untuk menyelidiki Oerang Bobaik di Kalimantan, Sayang, usahanya sia-sia dan Carl pun nggak pernah menemukan “Orang Bobaik” yang ia cari. Menurut penduduk lokal,mereka tinggal jauh di dalam hutan dan keluar hanya pada saat tertentu. Sampai sekarang kisah manusia berekor di Kalimantan pun masih menjadi misteri.

Di bulan Juni 1947, 2 kapal Amerika yang sedang berada di Selat Malaka-City of Baltimore dan Silver Star menerima pesan darurat dari kapal dagang milik Belanda, SS Ourang Medan. Atau 'Orang Medan'. Dalam pesan radio tersebut dikatakan semua kru kapal beserta kapten terbaring sekarat di anjungan dan ruang peta. Nah, yang lebih ngerinya kalimat terakhir yang diterima adalah “Aku (akan) mati..” Menerima pesan tersebut para operator radio dari kapal sekitar dan pos pemantauan milik Belanda dan Inggris di Selat Malaka segera melacak sumber sinyal yang kemudian diketahui datang dari SS Ourang Medan yang ada di Selat Malaka. Kapal Silver Star adalah yang terdekat. Mereka menemukan kapal itu terapung-apung di lautan. Yang mengerikan, jasad-jasad para krunya bertebaran di dek. Semuanya dalam kondisi mengerikan: mata terbelalak. Begitu juga dengan anjing kapal yang ditemukan mati. Awak kapal AS, Silver Star yang melakukan pengecekan tak menemukan tanda-tanda kekerasan, tak ada darah yang merembes, tiada tanda-tanda perlawanan. Kapten Silver Star memerintahkan agar tali pengeret dipasangkan ke Ourang Medan, agar kapal tersebut bisa ditarik ke pelabuhan terdekat. Namun, sebelum niatan itu terlaksana, asap tebal mengepul dari bagian kapal kemudian ledakan terjadi. Ourang Medan pun tenggelam. Semua bukti-bukti karam ke dasar laut.

Sebelum “Om Telolet Om” mendunia. Pantai-pantai Eropa pernah dikejutkan dengan penemuan-penemuan lempengan persegi hitam bertuliskan “Tjipetir” di permukaannya. Salah satu orang yang menemukannya, Tracey Williams, warga Newquay, Cornwall, Inggris berusaha memecahkan misterinya. Ia melacaknya dari kata 'Tjipetir'. Hasil risetnya menemukan kata tersebut bersesuaian dengan nama sebuah kebun karet di Sukabumi, Jawa Barat, Indonesia, yang beroperasi sejak akhir Abad ke-19 dan awal Abad ke-20. Ketika Nusantara masih bernama Hindia Belanda. Ternyata benda persegi itu ditemukan tak hanya di Inggris dan Wales, tapi sampai di Shetland, Channel Islands, Spanyol, Prancis, Belanda, Jerman, Norwegia, Swedia, dan Denmark. Sejumlah orang juga melaporkan temuan karung dan gulungan karet. Diduga balok Tjipetir itu adalah tumpahan kargo kapal Jepang Miyazaki Maru yang tenggelam pada Mei 1917, saat Perang Dunia I.

Penelitian genetika yang dipimpin Murray Cox dari Massey University Selandia Baru mengungkap hal mengejutkan: bahwa nenek moyang penduduk Madagaskar adalah 30 perempuan. 28 di antaranya yang berasal dari Indonesia. Kok bisa? Para perempuan Nusantara itu diyakini datang ke pulau di pesisir Benua Afrika itu pada tahun 1200. Diduga, kapal mereka tenggelam kala itu. Simulasi komputer juga menunjukkan, pemukiman pertama di Madagaskar ada pada tahun 830 Masehi, saat yang bersamaan dengan berkembangnya perdagangan nusantara di bawah kekuasaan Kerajaan Sriwijaya.