Ninkuadalah sebuah clan ninja yang memakai tehnik yang kuat dan menawan, itulah alasan banyak kelompok lain yang berusaha mencuri ilmu mereka untuk menguasai negara. Pada waktu perang, sekelompok kesatria yang disebut Ninku bertarung melawan tentara kerajaan dan hampir membumi-hanguskan mereka. Tapi pada akhirnya, Ninku mengalami kekalahan dan tercerai berai. Setelah peperangan, tentara kerajaan menyebut diri mereka sebagai pelindung masyarakat dengan bantuan propaganda. Mereka juga berhasil membuat masyarakat berpikir kalau Ninku adalah penjahat dan yang memulai peperangan. Fusuke keliatan seperti seorang anak kecil tetapi ia sebenarnya adalah bekas kapten dari divisi Ninku pertama. Ibunya disekap saat peperangan dan setelah Ninku dikalahkan, ia berpetualang untuk mencarinya. Dalam perjalanannya ia bertemu dengan Aicho dan Touji, yang keduanya juga bekas kapten Ninku, dan mereka bersama-sama melawan tentara kerajaan yang berusaha menghabisi sisa-sisa Ninku.