Bulu babibanyak terdapat di perairan Pulau Cilik dan juga dapat ditemukan di perairan Karimunjawa lainnya. Hewan ini pada dasarnya bersifat pasif dan tidak akan menyerang manusia. Namun bila tidak sengaja terinjak, durinya bisa menimbulkan rasa sakit dan pegal. Bila terkena, cobalah untuk menghancurkan bulu babi yang sudah terlanjur masuk ke dalam kulit dengan cara memukul-mukul pelan bagian di dekatnya. Bulu babi yang telah hancur akan keluar bersama darah atau terbawa oleh air pada saat mandi. Jangan lupa untuk membubuhkan antiseptik. Nelayan lokal sering menggunakan cara tradisional yaitu menyiram bagian yang terkena bulu babi dengan air seni yang mengandung amonia.

Ubur-uburadalah hewan lain yang juga perlu diwaspadai ketika snorkeling di Karimunjawa. Pada musim panas, jumlah populasinya meningkat sehingga cukup sering terlihat di perairan Laut Jawa. Meski bentuk dan warnanya sangat cantik, sengatan ubur-ubur cukup berbahaya. Bahkan jika spesies tertentu menyengat perut atau dada bisa mengakibatkan luka yang fatal. Untuk pertolongan pertama, luka sengatan bisa dicuci dengan asam cuka 5%, alkohol 40-70%, baking soda, air jeruk lemon/nipis, atau amonia. Usahakan untuk tidak menyiramnya dengan air tawar dan menggosok bagian yang luka karena akan mempercepat masuknya racun ke dalam tubuh. Setelah itu korban harus dibawa ke dokter / puskesmas / rumah sakit secepatnya.

Berhati-hatilah ketika menginjakkan kaki di terumbu karang. Selain dapat menyebabkan patahnya terumbu karang, bisa-bisa Anda justru menginjak Ikan Lepu Batu(synanceia) . Ikan yang pandai menyamarkan diri sebagai batu ini disinyalir sebagai ikan paling berbisa di dunia. Duri di punggungnya mengandung neurotoxins yang menyerang jaringan saraf dan bisa mengakibatkan kelumpuhan atau bahkan akibat yang lebih fatal jika korban tidak segera ditolong. Untuk pertolongan pertama, korban harus segera dikeluarkan dari air, kemudian luka dicuci dan dikompres dengan air panas dengan suhu minimal 45 derajat Celcius. Racun ikan lepu batu terbentuk dari protein yang akan terurai pada suhu tinggi. Namun, pemakaian air mendidih untuk mengompres luka justru akan semakin memperparahnya. Snorkeling dan diving juga sebaiknya tidak dilakukan sendirian, sehingga pertolongan bisa langsung diberikan jika terjadi sesuatu

Masih ingat dengan Steve Irwin yang meninggal karena sengatan ikan pari ketika sedang membuat video dokumentasi tentang Great Barrier Reef? Ya, ikan pari memang bisa menjadi bahaya tersendiri di lautan. Meskipun bukan dari jenis yang paling berbahaya, di beberapa wilayah Karimunjawa banyak terdapat ikan pari, seperti misalnya di Pulau Sintok. Ikan ini kebanyakan tinggal di dasar lautan yang berpasir. Oleh karena itu Anda harus ekstra hati-hati ketika berjalan di laut dangkal. Memakai alas kaki adalah cara pencegahan yang terbaik. Selain itu perhatikan langkah Anda dan melangkahlah dengan langkah yang agak diseret. Anda juga bisa mencoba melemparkan batu terlebih dahulu agar ikan pari takut dan menghindar. Hanya jenis-jenis seperti Mantaray yang bisa berakibat fatal bila ekornya menyengat manusia. Bila Anda terkena bisanya, rendamlah luka atau kompres dengan menggunakan air panas minimal 45 derajat Celcius untuk menguraikan bisanya.Have a nice snorkel