Empat ratus tahun yang lalu, ada seorang anak yang menyaksikan sendiri kematian Ayahnya di tangan seorang bajak laut, Kabai Sengh, dalam suatu penyerangan di atas sebuah kapal yang dilakukan oleh Sengh Brotherhood. Anak itu terdampar di sebuah pulau yang bernama Bengalla dan ia ditemukan di sebuah pantai oleh sekelompok suku, dan mereka membawa anak itu ke desa mereka. Disana ia diberikan sebuah Cincin berbentuk tengkorak dan bersumpah untuk mengabdikan dirinya untuk menghancurkan pembajakan, keserakahan, kekejaman, dan ketidakadilan. Pada saat dewasa, ia mengadopsi identitas sebagai "The Phantom", seorang pembalas bertopeng. Peran The Phantom diturunkan dari ayah ke anak selama berabad-abad. Dia juga dijuluki sebagai "Hantu Yang Berjalan" dan "Pria yang tidak pernah mati."

Pada tahun 1938, Kit Walker, Phantom ke-21, bertemu dengan seorang tentara bayaran bernama Quill yang sedang mencari salah satu benda yang disebut "Tengkorak Touganda", benda ini bisa memberikan kekuatan gaib kepada orang yang memilikinya. Phantom menyelamatkan seorang bocah lokal yang diculik dan dijadikan pemandu oleh Quill, lalu ia menangkap anak buah Quill, dan ia mengantarkan mereka kepada Polisi Hutan. Namun, Quill terungkap sebagai anggota dari Sengh Brotherhood, dan orang yang membunuh ayah Kit, ia berhasil melarikan diri dengan Tengkorak Touganda dan kembali ke Amerika Serikat.

Di New York, mantan pacar Kit saat kuliah, Diana Palmer, dikirim oleh Pamannya, Dave, seorang pemilik perusahaan koran "The Tribune", ke Bengalla untuk menyelidiki seorang Pembisnis yang haus akan kekuasaan yang bernama Xander Drax, ia juga adalah Bosnya Quill. Saat perjalanan, Diana dipaksa turun oleh sekelompok wanita yang bernama "Air Pirates" yang disuruh oleh Drax, kelompok ini dipimpin oleh seorang wanita kejam, Sala. Diana diculik dan dibawa ke markas mereka di Bengalla. Kapten Phillip Horton mengetahui tentang penculikan ini dan melaporkannya kepada Phantom, lalu Phantom menyelamatkan Diana dengan bantuan Kuda putih miliknya, dan seekor serigala peliharaannya, dan melarikan diri dari Quill dan anak buahnya. Kemudian Phantom membawa Diana ke markas miliknya yang bernama "Gua Tengkorak". Disana, Diana bertemu dengan Horton yang memberitahukannya bahwa ia sedang berurusan dengan Sengh Brotherhood. Phantom meminta Horton untuk menggunakan polisi hutan untuk mengurus Diana dan memulangkannya ke New York. Tetapi Diana menolak untuk dipulangkan, lalu Phantom menghiraukannya dan pergi masuk ke dalam Gua.

Kembali ke New York, Kit bertemu dengan Dave Palmer dan bereuni dengan Diana. Kit diberitahu informasi tentang keberadaan Tengkorak kedua oleh Diana, Tengkorak itu berada di sebuah museum. Mereka lalu pergi ke museum itu, tetapi mereka malah ditangkap oleh Drax dan anak buahnya. Drax mencuri Tengkorak kedua dan menyatukannya dengan Tengkorak pertama, lalu secara ajaib kedua Tengkorak ini menunjukkan lokasi Tengkorak ketiga yang ternyata berada di sebuah pulau yang belum dipetakan yang diketahui sebagai "Devil's Vortex." Kit berhasil melarikan diri dari Drax, lalu ia menyamar menjadi Phantom. Phantom dikejar-kejar oleh polisi suruhan Drax, tetapi ia bisa mengatasinya. Sementara itu, Sala mengantar Drax, Quill, dan Diana menuju Devil's Vortex, tetapi mereka tidak tahu bahwa ternyata Phantom ikut bersama mereka.

Di pulai itu, Drax bertemu dengan seorang pemimpin bajak laut yang bernama Kabai Sengh, seorang keturunan dari pemimpin Sengh Brotherhood, ia juga memiliki Tengkorak Ketiga. Sengh memberitahukan Drax tentang keberadaan Tengkorak keempat. Tiba-tiba Phantom muncul dan menyerang anak buah Sengh, dan ia berhasil membunuh Sengh dengan cara menjatuhkannya ke dalam kolam hiu miliknya, lalu Sala dan Diana bekerja sama untuk mengalahkan anak buah Sengh. Drax menyatukan ketiga Tengkorak tersebut dan menyerang Phantom, tetapi ia tidak sengaja membunuh Quill. Phantom melawan Drax dengan Cincinnya yang ternyata adalah Tengkorak keempat, dan Phantom berhasil membunuh Drax. Kemudian Phantom melarikan diri bersama Diana, dan Sala dari pulau itu.

Ketika Phantom ingin berpisah dengan Diana, Phantom mengungkapkan rahasianya dan identitas gandanya kepadanya, lalu ia mengajak Diana untuk menikah. Tetapi Diana malah meninggalkannya dan kembali ke New York. Diana akan kembali untuk menemui Phantom, pada suatu hari nanti.