Perusahaan Umum Perikanan Indonesia (Perum Perindo) yang sebelumnya bernama Perusahaan Umum Prasarana Perikanan Samudera (Perum PPS) didirikan berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 2 Tahun 1990 diatur kembali dengan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2000 sebagaimana diubah dengan Peraturan Pemerintah Nomor 9 Tahun 2013 merupakan Badan Usaha Milik Negara (BUMN) yang diberi tugas dan tanggung jawab dalam rangka mengelola aset negara guna menyelenggarakan pengusahaan dan pelayanan barang jasa dan pengembangan sistem bisnis perikanan kepada pengguna jasa pelabuhan perikanan yaitu nelayan pada khususnya dan masyarakat perikanan pada umumnya serta memupuk keuntungan. Pengusahaan dan pelayanan tersebut di laksanakan di 6 (enam) pelabuhan perikanan yaitu Pelabuhan Perikanan Samudera Nizam Zachman Jakarta di Jakarta, Pelabuhan Perikanan Samudera Belawan di Belawan; Pelabuhan Perikanan Nusantara Pekalongan di Pekalongan; Pelabuhan Perikanan Nusantara Brondong di Brondong; Pelabuhan Perikanan Nusantara Pemangkat di Pemangkat, danPelabuhan Perikanan Nusantara Prigi di Prigi.

Modal Perusahaan Umum Prasarana Perikanan Samudera (Perum PPS) berupa sarana prasarana yang dimiliki dan dikelola di 6 (enam) pelabuhan perikanan tersebut berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 759/KMK/ 0.13/1992 tanggal 13 Juli 1992 dengan nilai sebesar Rp. 24,50 Milyar dan uang tunai sebesar Rp. 4,40 Milyar sebagai Penyertaan Modal Negara (PMN) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 1 Tahun 1995 tanggal 21 Januari 1995 serta sarana prasarana dengan nilai sebesar Rp.12,53 Milyar yang berasal dari Bantuan Pemerintah Yang Belum Ditetapkan Statusnya (BPYBDS) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 66 Tahun 2012 tanggal 10 Agustus 2012, sehingga seluruh Modal Perusahaan pada saat ini sebesar Rp.41,43 Milyar.

Setelah beroperasi lebih dari 23 (dua puluh tiga) tahun, kondisi sebagian sarana dan prasarana telah melampaui usia teknis / ekonomis serta terbatasnya dana perusahaan untuk melakukan investasi dan rehabilitasi secara keseluruhan. Namun demikian upaya optimalisasi usaha terus dilakukan sehingga perusahaan masih dapat melaksanakan misi dan tugasnya dengan baik, bahkan telah mampu mengembangkan usahanya dan menguntungkan. Hal ini dapat di lihat dari capaian 4 (empat) tahun terakhir yaitu tahun 2009 memperoleh laba bersih sebesar Rp. 2.763 Milyar, tingkat kesehatan A, opini WTP ; tahun 2010 laba bersih Rp. 2.639 Milyar, tingkat kesehatan A, opini WTP dan tahun 2011 mengalami peningkatan dengan laba bersih Rp. 4,225 Milyar, tingkat kesehatan AA, opini WTP; selanjutnya tahun 2012, mencapai laba 2,995 Milyar tingkat kesehatan AA, opini WTP.