Penduduk Madagaskar diyakini merupakan pendatang. Beberapa ahli meyakini bahwa orang Indonesia yang pertama kali mendiami pulau tersebut sekitar 2000 tahun yang lalu. Beberapa ahli lainnya meyakini bahwa penduduk Madagaskar adalah campuran antara orang Indonesia dan Afrika yang tiba pada masa lebih modern. Pada tanggal 21 Maret 2012, jurnal Proceedings of the Royal Society B menyimpulkan bahwa nenek moyang penduduk Madagaskar adalah orang Indonesia
Murray Cox, seorang ilmuwan asal Massey University di Selandia Baru, melakukan analisis DNA 2.745 orang Indonesia yang berasal dari 12 kepulauan serta 266 etnis Malagasi (penduduk Madagaskar), terdiri dari Mikea, Vezo, dan Andriana Merina. Hasilnya 22% sampel punya pola DNA Polinesia yang jarang ditemukan di Indonesia bagian barat, dan di salah satu suku Malagasi karakter ini ditemukan pada 1 dari 2 orang. Para peneliti juga menemukan bahwa pada awalnya, sekitar 1200 tahun yang lalu, Madagaskar didiami sekitar 30 orang perempuan yang 93%-nya adalah orang Indonesia dan 7%-nya adalah orang Afrika.
Jumlah pria belum dapat dipastikan, tapi mereka meyakini hanya sedikit sekali. Yang masih menjadi pertanyaan adalah bagaimana caranya orang Indonesia saat itu bermigrasi ke Madagaskar, yang jika dihitung jaraknya sekitar 8000 km jauhnya? Dan apakah yang menyebabkan mereka bermigrasi ke Madagaskar? Masih menjadi misteri.