Lentera Merah adalah sebuah majalah kampus UNI (Universitas Negeri Indonesia) yang sudah ada sejak dulu dengan tulisan-tulisannya yang kritis dan berani. Setelah pembrendelan anggota PKI pada tahun 60an, hingga kini Lentera Merah masih tetap eksis dengan model tulisannya yang menantang.

Kelima tim inti Angkatan 49; Iqbal (Dimas Beck), Arif (Teuku Wisnu), Wulan (Firrina Sinatrya)dan Dinda (Kartika Indah Pelapory) beserta Bayu (Saputra) dan Rio (Fikri Ramadhan) kini tengah mempersiapkan penerimaan baru anggota LM. Sebelumnya, mereka melewati masa trauma masing-masing karena orangtua mereka yang dulu anggota LM, kini meninggal satu-persatu. Tinggal ayah Iqbal yang masih ada, namun ia telah pergi ke luar negeri meninggalkannya dan sang ibu.

Dipilihlah lima terbaik berdasarkan tugas-tugas yang ada termasuk seorang gadis misterius bernama Risa Apriliyanti (Laudya Cynthia Bella) yang berhasil merebut simpati para senior cowok kendati Risa tidak menggubrisnya. Pada sebuah tugas sebelum Malam Inisiasi (sebuah malam dimana para calon anggota LM harus mencari lentera kebenaran yang tersimpan di bagian-bagian kampus) Risa memberikan pernyataan bahwa artikel yang ditulis Wulan nyaris sama dengan artikel yang ditulis 20 tahun yang lalu. Pada malamnya ketika Wulan mengecek artikel itu di perpustakaan(dan tidak ada) ia diserang oleh hantu dan berakhir tergantung di langit perpustakaan pada paginya. Ada sebuah pesan berbunyi "65" yang juga ditinggalkan Bayu dan Wulan. Dua kematian cukup membuat dekan memutuskan meniadakan malam inisiasi. Namun tanpa sepengetahuan dekan, para tim angkatan 49 mengadakannya.

Di malam itu. Mereka perlahan mulai terbiasa untuk mencari lentera berdasarkan kemampuan analisis tebakan Risa yang selalu benar. Sampai Risa menghilang karena ia dikejar oleh hantu. Sementara itu satu-persatu anggota 49 sendiri meninggal seperti Rio dan Dinda. Iqbal merasakan ada yang tidak beres dan mengajak Arif untuk pergi ke perpustakaan demi mencari maksud "65" yang juga ada disamping mayat Rio dan Dinda. Arif terluka diperut berkat tusukan hantu Dinda. Lalu Iqbal bertemu Risa dan bersama mereka berusaha meninggalkan kampus itu. Di lokasi lain, ayah Iqbal telah kembali. Ibu Iqbal dititipkan surat olehnya sementara ayah Iqbal berjalan ke kampus sendirian.

Untuk para peserta insiasi, mereka mulai merasakan teror sendiri dan berakhir terkunci di perpustakaan. Disana mereka menemukan arsip LM 1965 yang menyertakan biodata orangtua peserta insiasi itu. Rupanya para peserta itu juga bernasib seperti angkatan sebelum mereka, yakni sama-sama mempunyai hubungan darah dengan anggota LM sebelumnya. Dan mereka terkejut kala menemukan arsip Risa ada disitu. Merekapun sadar bahwa sebenarnya Risa adalah seorang hantu. Mereka melihat video lama tentang malam inisiasi dimana Risa berada. Mereka sadar bahwa Risa telah dibunuh karena idealismenya dan berakhir dibunuh para senior. Risa berencana untuk membalas dendam semua orang yang telah menjadi anggota Lentera Merah. Ditinggalkan Iqbal yang mencari peserta, Arif dibunuh Risa.

Diceritakan oleh ayah Iqbal saat ia bertemu Iqbal yang telah bertemu dengan para peserta, bahwa Risa difitnah telah menjadi bagian dari penentang pemerintahan dan berakhir dikurung di bagian kampus yang belum jadi. Mayatnya dikubur di lantai setelah ia kehabisan napas. Para peserta mencari kuburan Risa yang disembunyikan dan segera dikubur dengan layak sementara Risa mencekik ayah Iqbal. Tepat saat ayah Iqbal meninggal, arwah Risa tenang dan lenyap.

Film berakhir dengan Iqbal yang pergi ke Semeru untuk melepaskan diri dari stress sementara gedung Lentera Merah ditutup.

Dan berikut ini daftar OST film Lentera merah