Ternyata sebelum Otimus menjadi pemimpin Autobot ada juga pemimpin-pemimpin sebelumnya yang disebut sebagai para Prime. Prime adalah julukan bagi robot yang dipilih untuk memegang Matrix of Leadership. Prime dipilih oleh Primus, dewa dari para robot dan diutus untuk menghancurcan Unicron, yaitu dewa pembawa kekacauan yang berniat untuk menguasai seluruh alam semesta.

1. Prima

Prima adalah utusan pertama dari Primus, dan juga salah satu dari 13 robot pertama yang diciptakan oleh Primus sendiri. Ciptaan pertama ini belum bisa dijuluki sebagai 'Transformers' karena belum memiliki kemampuan untuk berubah wujud, dan mereka dijuluki 'The Thirteen'. Meski begitu, Prima diangkat sebagai Ksatria Cahaya dan memiliki Pedang Bintang dengan Matrix di pangkal gagangnya. Sudah jelas bahwa kemunculannya untuk melawan Unicron. Dia dan The Thirteen yang tersisa (mungkin udah ga pantes dibilang tiga belas lagi) dibuatkan sebuah planet, yakni Cybertron. Ternyata, mesin pengatur Cyberton membawa planet tersebut melintasi 'kandang' Unicron, maka terjadi lagi perang. Namun, The Thirteen dikhianati oleh anggotanya sendiri yang sekarang dikenal dengan sebutan The Fallen. Meskipun The Thirteen kalah, Unicron dan The Fallen berhasil digugurkan dan tersedot lubang hitam.

2. Prime Nova

Prime Nova adalah pemegang Matrix setelah Prima, namun keberadaannya kurang jelas dikarenakan kemunculannya yang terlalu singkat. Peristiwa yang paling penting tentang Nova yang diceritakan oleh Omega Supreme adalah saat dia ingin memperluas ras Cybertronian dan mempengaruhi peristiwa kosmik. Dia percaya bahwa bangsa robot berada di atas bentuk kehidupan lain dan menginginkan alam semesta dituangkan oleh citraannya. Supreme menduga kalau Ark pertama Cybertronian akan menjadi 'alat' perluasannya dan merasa kalau hal tersebut akan berakibat buruk. Ternyata benar, Nova dan pasukan perluasannya termasuk Jhiaxus dan robot penggabung Monstructor menghilang ke Dead Universe. Anehnya, Nova masih sempat mewariskan Matrixnya.

3. Guardian Prime

Guardian Prime mewarisi Matrix dari Prime Nova dan menjadi pemimpin robot-robot baik yang kemudian disebut sebagai Autobot yang memaksa Quintessons pergi dari Cybertron. Mereka menamai kelompoknya dan bermisi untuk membuat perdamaian. Namun para robot militer menolak dan membuat kelompok sendiri bernama Desepticon dan menyatakan perang pada Guardian Prime. Di dalam perang, Guardian gugur dan memberikan Matrix pada Zeta Prime.

4. Zeta Prime

Zeta Prime adalah (The Narrator) menggantikan kedudukan Guardian Prime sebagai seorang pemimpin Autobot. Masa kepemimpinannya sangatlah singkat, karena dia terbunuh sebelum perang antar kelompok selesai. Di versi cerita yang lain, dia menjadi pemimpin yang korup. Namun, dia dilatih untuk menjadi pemimpin yang benar dan terlibat pada perang sipil. Jelang akhir perang, dia malah menjadi magnet kegiatan teror Decepticon. Di versi Transformers manapun Zeta adalah robot yang dinilai negatif

5. Sentinel Prime

Sentinel Prime (Sentinel Major) awalnya adalah budak dari Quintessons. Dia dilengkapi dengan peralatan tempur untuk berpartisipasi dalam permainan gladiator sebagai acara hiburan. Dia pernah dikalahkan oleh Prima, yang menyerang majikannya saat pertandingan usai. Sampai pada akhirnya robot-robot budak tergerak untuk melakukan pemberontakan kepada Quintessons dan mengusirnya dari Cybertron. Sentinel dan para Autobot yang selamat, merampas kesempatan dari para Desepticon, yang ingin membuat perubahan demi kepentingan mereka sendiri. Terjadilah perang yang mebuat pemimpin Autobot gugur dan pada akhirnya Matrix diwariskan kepada Sentinel. Pada saat itulah para Autobot memiliki kemampuan untuk merubah bentuk tubuh mereka. Dangan kemampuan itulah mereka berhasil mengalahkan pemimpin Desepticon.

6. Optimus Prime

Optimus Prime (Orion Pax) awalnya adalah seorang robot buruh pabrik energi di masa kekuasaan Decepticon di bawah pimpinan Megatron. Suatu hari, Megatron dan pasukannya datang ke pabrik tempat Orion berkerja. Dia ditipu dan energi-energi disana dicuri. Megatron membuat Orion terluka parah. Nah, kebetulan robot penggabung Aerialbots lagi nyasar ke jaman tersebut saat melakukan percobaan mesin waktu. Melihat kejadian itu, para Aerialbots membawa Orion ke hadapan Alpha Trion. Kebetulan Trion sedang mencari cara melawan Decepticon, dan kedatangan Orion jadi kesempatan baginya untuk membuat seorang prajurit. Akhirnya Trion membetulkan kembali Orion. Dan karena Orion adalah robot yang berjiwa besar, dia juga meletakkan Matrix di dadanya. Maka jadilah dia seorang Optimus Prime. Setelah pulih, Optimus langsung melawan Megatron yang kaget dengan kedatangannya. Saat Megatron menanyakan siapa dirinya, Optimus menjawab 'Aku adalah mimpi terburukmu' dan megalahkan Megatron di pertempuran pertamanya.

7. Rodimus Prime

Rodimus Prime (Hot Rod) adalah Prime setelah Optimus. Dia adalah robot yang kurang ajar, keras kepala, dan sombong. Dia selalu diberi nasihat oleh Kup meskipun sifatnya tetap menjengkelkan. Sebaliknya setelah dia menjadi seorang Prime, walau tetap keras kepala, dia menjadi kurang percaya diri, sering meragukan keputusan sendiri dengan statusnya sebagai pemimpin Autobot jika dia membandingkan diri dengan Optimus. Biar begitu, baik Hot Rod atau Rodimus adalah orang yang tidak sabaran. Waktunya untuk menunggu digunakan untuk melakukan hal lain. Dia juga tipe robot yang mandiri. Dalam pertarungan, Rodimus memiliki rekan dari kelompok Targetmaster yaitu Firebolt. Kedudukannya sebagai pemimpin adalah sebuah titik balik dalam hidupnya, karena Matrix memilihnya sebagai Prime setelah kematian Optimus. Buah dari kepemimpinannya adalah kekalahan Unicron dan kembalinya Cybertron dalam kekuasaan Autobot.

8. Ultra Magnus

Ultra Magnus memiliki keberanian yang luar biasa, dan kemampuan improvisasi di medan tempur yang tak tertandingi. Namun, dia lebih nyaman mejadi seorang bawahan daripada menjadi seorang pemimpin. Apabila dia diperintahkan untuk menjadi pemimpin, dia hanya mengkhianati bakatnya sendiri. Dia kuat, tegas, bisa diandalkan, tidak egois, dan berani. Sayangnya, dia tidak pernah mengakui hal tersebut. Mengetahui kekuatannya yang lebih besar dari Autobot rata-rata, dia rela berkorban demi melindungi teman-temannya. Dia adalah pemegang sementara Matrix, sampai selanjutnya diberikan kembali kepada Optimus yang telah bangkit dari kematiannya. Wujud aslinya sangat mirip dengan Optimus Prime, hanya saja keseluruhan warnanya adalah putih.

9. Nemesis Prime

Nemesis Prime adalah klon Optimus Prime bersifat jahat yang dikendalikan oleh Sideways untuk memusnahkan Autobot dan Decepticon. Dia memindai pikiran dari kedua belah pihak, dengan kata lain memata-matai rencana, dan menyergap mereka lalu mengambil bentuk dari Optimus yang paling kuat dan dihormati pada saat itu. Sebagai tiruan dari Optimus, Nemesis memiliki kekuatan dan kemampuan seorang Prime, disamping kemampuannya untuk merekonstruksi diri sendiri. Dia dihancurkan oleh kedua belah pihak sehingga mengalami kerusakan yang sangat parah. Dia dibangkitkan dan ditingkatkan kemampuannya oleh para Mini-Con. Dia benar-benar dimusnahkan oleh Optimus yang menggabungkan kekuatan dengan Overlad dan Galvatron, bentuk baru dari Megatron.