Soedirman terus berjuang melawan TBC dengan melakukan pemeriksaan di Panti Rapih.[144] Ia menginap di Panti Rapih menjelang akhir tahun, dan keluar pada bulan Oktober; ia lalu dipindahkan ke sebuah sanatorium di dekat Pakem.[146] Akibat penyakitnya ini, Soedirman jarang tampil di depan publik.[147][148][149] Ia dipindahkan ke sebuah rumah di Magelang pada bulan Desember.[150] Di saat yang bersamaan, pemerintah Indonesia dan Belanda mengadakan konferensi panjang selama beberapa bulan yang berakhir dengan pengakuan Belanda atas kedaulatan Indonesia pada 27 Desember 1949.[151] Meskipun sedang sakit, Soedirman saat itu juga diangkat sebagai panglima besar TNI di negara baru bernama Republik Indonesia Serikat. Pada 28 Desember, Jakarta kembali dijadikan sebagai ibu kota negara.[146]

Soedirman wafat di Magelang pada pukul 18.30 tanggal 29 Januari 1950; kabar duka ini dilaporkan dalam sebuah siaran khusus di RRI.[147] Setelah berita kematiannya disiarkan, rumah keluarga Soedirman dipadati oleh para pelayat, termasuk semua anggota Brigade IX yang bertugas di lingkungan tersebut. Keesokan harinya, jenazah Soedirman dibawa ke Yogyakarta, diiringi oleh konvoi pemakaman yang dipimpin oleh empat tank dan delapan puluh kendaraan bermotor,[149] dan ribuan warga yang berdiri di sisi jalan. Konvoi tersebut diselenggarakan oleh anggota Brigade IX.[150]

Original Posted By WAMIN►yang ini?

para prajurit sekalian...
kawan kawan sekalian...
terutama rekan rekan yang sekarang kami sedang lepaskan...

bissmillahirrahmanirrahiim...

hari ini hari angkatan bersenjata kita, hari yang selalu gemilang, tapi yang kali

ini, hari yang dihinakan, oleh fitnahan, dihinakan oleh penghianatan, dihinakan

oleh penganiayaan, tetapi hari angkatan bersenjata kita, kita setiap prajurit

tetap rayakan dalam hati sanubari kita, dengan tekad kita, dengan nama Allah

yang maha kuasa, bahwa kita akan tetap menegakkan kejujuran, kebenaran,

keadilan;
Jendral Suprapto
Jendral Hartono, Haryono
Jendral Parman
Jendral Panjaitan
Jendral Sutoyo
Letnan Tendean
Kamu semua mendahului kami, kami semua yang kamu tinggalkan punya

kewajiban meneruskan perjuangan kita, meneruskan tugas angkatan

bersenjata kita, meneruskan perjuangan TNI kita, meneruskan tugas yang

suci.
Kamu semua, tidak ada yang lebih tahu dari pada kami yang disini, daripada

saya sejak 20 tahun kita selalu bersama sama membela negara kita,

perjuangan kemerdekaan kita, membela pemimpin besar kita, membela cita

cita rakyat kita.
Saya tahu, kamu manusia, tentu ada kekurangan, kesalahan kita semua

demikian, tapi saya tahu kamu semua, lewat 20 tahun penuh memberikan

semua darma baktimu semua yang ada padamu untuk cita cita yang tinggi

itu, dan karena itu, kamu, biarpun, hendak dicemarkan, hendak difitnah,

bahwa kamu penghianat, justru disini kami semua, saksi yang hidup, kamu

adalah telah berjuang, sesuai dengan kewajiban kita semua, menegakan

keadilan, kebenaran, kemerdekaan.
tidak ada yang ragu ragu, kami semua sedia juga, mengikuti jalan kamu, jika

memang fitnah mereka itu benar, kami akan buktikan, rekan rekan, adik adik

saya sekalian, saya sekarang sebagai yang tertua, dalam tni yang tinggal

bersama lainnya, akan meneruskan perjuangan kamu, membela kehormatan

kamu,menghadaplah sebagai pahlawan, pahlawan dalam hati kami seluruh

TNI, sebagai pahlawan menghadaplah, kepada asal mula kita, yang

menciptakan kita, ALLAH SWT. karena akhirnya Dialah Panglima Kita Yang

Paling Tertinggi. Dialah yang menentukan segala sesuatu, juga atas diri kita

semua, tetapi dengan keimanan ini juga, kami semua yakin, bahwa yang

benar akan tetap menang, dan yang tidak benar akan tetap hancur.
Fitnah, fitnah berkali kali, fitnah lebih jahat dari pembunuhan, lebih jahat dari

pembunuhan, kita semua difitnah, dan saudara saudara telah dibunuh, kita

diperlakukan demikian, tapi jangan kita, jangan kita dendam hati, iman

kepada Allah SWT, iman kepada Nya, mengukuhkan kita, karena Dia

perintahkan, kita semua berkewajiban, untuk menegakan keadilan dan

kebenaran.