Didirikan pada Desember 1968 dengan nama PT Sempati Air Transport, Sempati memulai penerbangan perdananya pada Maret 1969 menggunakan pesawat DC-3. Sempati awalnya hanya menawarkan jasa transportasi bagi karyawan perusahaan minyak, namun setelah DC-3 tambahan serta Fokker F27 dibeli, Sempati memulai penerbangan berjadwal ke Singapura, Kuala Lumpur dan Manila.
Nama perusahaan berubah menjadi Sempati Air pada tahun 1996. Ketika krisis moneter 1998 menghantam Indonesia, Sempati Air terpaksa menjual atau mengembalikan pesawatnya. Sempati Air berhenti beroperasi sejak 5 Juni 1998. Kode IATAnya, SG, kini kode itu digunakan oleh maskapai penerbangan dari India SpiceJet.

PT. Adam SkyConnection Airlines didirikan oleh Sandra Ang dan Agung Laksono, yang juga menjabat sebagai Ketua DPR saat itu. Maskapai ini mulai beroperasi pada 19 Desember 2003 dengan penerbangan perdana ke Balikpapan.
Pada awal beroperasi Adam Air menggunakan dua Boeing 737 sewaan. Setelah berbagai insiden dan kecelakaan yang menimpa industri penerbangan Indonesia, pemerintah membuat pemeringkatan atas maskapai-maskapai tersebut.
Dari hasil pemeringkatan yang diumumkan pada 22 Maret 2007, Adam Air berada di peringkat III yang berarti hanya memenuhi syarat minimal keselamatan dan masih ada beberapa persyaratan yang belum dilaksanakan dan berpotensi mengurangi tingkat keselamatan penerbangan.
Akibatnya Adam Air mendapat sanksi administratif yang ditinjau ulang kembali setiap 3 bulan. Setelah tidak ada perbaikan kinerja dalam waktu 3 bulan, Air Operator Certificate Adam Air kemudian dibekukan.
Pada April 2007, PT Bhakti Investama Tbk (BHIT) melalui anak perusahaannya Global Air Transport membeli 50% saham Adam Air dari keluarga Sandra Ang dan Adam Suherman, namun setahun kemudian pada 14 Maret 2008 menarik seluruh sahamnya karena merasa Adam Air tidak melakukan perbaikan tingkat keselamatan serta tiadanya transparansi.
Kegiatan operasional Adam Air kemudian dihentikan sejak 17 Maret 2008 dan baru akan dilanjutkan jika ada investor baru yang bersedia menalangi 50% saham yang ditarik Bhakti Investama tersebut.
Pada 18 Maret 2008, izin terbang atau Operation Specification Adam Air dicabut Kementerian Perhubungan melalui surat bernomor AU/1724/DSKU/0862/2008. Isinya menyatakan bahwa Adam Air tidak diizinkan lagi menerbangkan pesawatnya berlaku efektif mulai pukul 00.00 tanggal 19 Maret 2008.
Sedangkan AOC (Aircraft Operator Certificate)nya juga ikut dicabut pada 19 Juni 2008, mengakhiri semua operasi penerbangan Adam Air.

Buraq dalam agama Islam adalah nama seekor kuda bersayap. Maskapai ini didirikan oleh J.A. Sumendap, putra asli Manado, demi membuka prasarana perhubungan dan transportasi dari dan ke Kalimantan pada akhir 1960-an.
Selama tiga dekade beroperasi, banyak suka duka yang telah dialami Bouraq berbanding lurus dengan pertumbuhan ekonomi Indonesia. Pada dekade 80-an, Bouraq makin melaju. Saat itu Bouraq memiliki 4 (empat) pesawat Vicker Viscount (VC-843), 3 (tiga) buah Casa NC-212 dan 16 (enambelas) BAE-748 seri 2A dan 2B.
Sampai pada tahun 1997 Bouraq bahkan memiliki 10 (sepuluh) buah Hawker Siddeley 748 dan 8 (delapan) B-737-200. Sayangnya, krisis ekonomi menerpa Indonesia.
Bouraq akhirnya mengambil bermacam langkah strategis agar mempu tetap bertahan, seperti penciutan armada, menutup beberapa operasi jalur penerbangan yang dinilai kurang menguntungkan.
Krisis ekonomi tidak berarti seluruh kegiatan operasional Bouraq terhenti sama sekali. Segala upaya terus dilakukan manajemen Bouraq di bawah kepemimpinan Danny Sumendap, putra dari J.A. Sumendap agar bisa bertahan hidup.
Pada penghujung 2004 Bouraq Airlines telah berhenti beroperasi karena kalah bersaing dengan operator penerbangan yang baru yang bermunculan di awal masa reformasi.

PT Indonesian Airlines Aviapatria didirikan tahun 1999 dan mulai beroperasi Maret 2001. Pada September 1999, ia memperoleh izin dari pemerintah Indonesia untuk melakukan penerbangan berjadwal di 46 rute.
Perusahaan ini dimiliki oleh investor perorangan (75%) dan Rudy Setyopurnomo (25%), Presiden Direktur maskapai ini. Indonesian Airlines menghentikan operasinya pada tahun 2003. Setelah itu kantor pusatnya juga ditutup.
Rudy Setyopurnomo kemudian bekerja pada Grup RGM Group yang mengoperasikan 4 pesawat kecil sebelum akhirnya dipilih Menteri BUMN Dahlan Iskan untuk memimpin maskapai pelat merah, PT Merpati Nusantara Airlines (MNA)
Maskapai ini pernah mengoperasikan 1 Boeing 727-200, 2 Boeing 737-300 dan 2 Boeing 747.

Linus Airways adalah salah satu maskapai penerbangan regional Indonesia. Maskapai ini pernah melayani beberapa kota di Indonesia antar lain Pekanbaru, Medan, Semarang, Palembang, Batam dan Bandung.
LINUS sendiri merupakan kependekan dari 'Lintasan Nusantara'. Linus Airways yang berbadan hukum perseroan PT Linus Airways sejak 1 Juni 2004 ini, baru mengantongi ijin terbang (Air Operator Certificate/AOC) no 121-029 dari Kementerian Perhubungan 13 Februari 2008.
Dikarenakan alasan kesulitan likuiditas maka terpaksa pemerintah secara resmi telah mencabut izin rute Linus Air, sehingga menghentikan layanannya sejak 27 April 2009.

Batavia Air (nama resmi: PT. Metro Batavia) adalah sebuah maskapai penerbangan di Indonesia. Batavia Air mulai beroperasi pada tanggal 5 Januari 2002, memulai dengan satu buah pesawat Fokker F28 dan dua buah Boeing 737-200.
Setelah berbagai insiden dan kecelakaan menimpa maskapai-maskapai penerbangan di Indonesia, pemerintah Indonesia membuat pemeringkatan atas maskapai-maskapai tersebut. Dari hasil pemeringkatan yang diumumkan pada 22 Maret 2007, Batavia Air berada di peringkat III yang berarti hanya memenuhi syarat minimal keselamatan dan masih ada beberapa persyaratan yang belum dilaksanakan dan berpotensi mengurangi tingkat keselamatan penerbangan. Akibatnya Batavia Air mendapat sanksi administratif yang akan di-review kembali setiap 3 bulan. Bila tidak ada perbaikan kinerja, maka Izin Operasi Penerbangan (Air Operator Certificate) dapat dibekukan sewaktu-waktu.[1] Namun, Batavia dengan cepat memperbaiki diri dan akhirnya mendapat penilaian kategori 1 dari Kementerian Perhubungan terhitung tahun 2009 lalu[2]. Maskapai ini pun termasuk di antara 4 maskapai Indonesia yang diperbolehkan terbang ke Uni Eropa sejak Juni 2010.
Pada tanggal 31 Januari 2013, Batavia Air berhenti beroperasi karena dinyatakan pailit oleh Pengadilan Niaga Jakarta Pusat.

Jatayu Airlines atau Jatayu Gelang Sejahtera awalnya sebuah maskapai penerbangan charter yang didirikan pada 2000 dan pernah mengoperasikan penerbangan domestik dan internasional.
Maskapai ini sempat berhenti beroperasi pada tahun 2007. Setelah kembali mendapat lisensi pemerintah, maskapai ini beroperasi sebagai maskapai charter, terutama untuk mengisi rute yang ditinggalkan Adam Air, yang telah dicabut lisensinya saat itu.
Pada April 2008, Departemen Perhubungan Republik Indonesia membekukan izin penerbangan Jatayu Airlines karena tidak memenuhi kelaikan jumlah armada minimal lima buah pesawat.