Pearl Jam berdiri di atas fondasi sejarah panjang kultur Seattle Sounds yang populer di akhir 80-an. Pemain gitar Stone Gossard dan pembetot bass Jeff Ament lebih dahulu populer di ruang kultur tersebut melalui band bernama Green River, bersama dengan dua pentolan grup Mudhoney, Mark Arm dan Steve Turner. Gossard dan Ament lantas mendirikan Mother Love Bone, selepas pecahnya Green River, bersama vokalis flamboyan bernama Andrew Wood. Jelang rilis album mainstream perdana bersama major label, Andrew Wood meninggal dunia lantaran overdosis heroin. Untuk meneruskan karier bermusiknya, Gossard dan Ament lantas menggaet gitaris Mike McCready yang notabene merupakan teman se-almamater ketika sekolah menengah tingkat atas dengan Stone Gossard.
Ketiganya kemudian membuat beberapa demo lagu dengan bantuan penabuh drum dari band Soundgarden, Matt Cameron (saat ini menjadi drummer Pearl Jam). Untuk audisi vokalis, rekaman demo tersebut dikirimkan kepada remaja San Diego bernama Eddie Vedder melalui mantan drummer band Red Hot Chili Peppers, Jack Irons, yang nantinya juga sempat menjadi anggota Pearl Jam. Vedder kemudian mengisi tiga buah lagu, sebuah mini-opera dikenal dengan "Mamasan Trilogy" (di masa depan menjadi lagu Alive, Once dan Footsteps). Ketiga lagu tersebut akhirnya mengantarkan Vedder terbang ke Seattle, untuk menjalani sejumlah rehearsal bersama calon rekan band-nya. Salah satu di antara rehearsal tersebut adalah pada proyek vokalis Soundgarden, Chris Cornell untuk mengenang Andrew Wood, berupa album Temple of the Dog. Cornell mengajak Gossard dan Ament, sebagai rekan band Wood, beserta Mike McCready dan Matt Cameron. Eddie Vedder turut menyumbangkan vokal, salah satunya di hits Temple of the Dog berjudul Hungerstrike.
Selepas proyek tersebut, Eddie Vedder resmi menjadi vokalis dari band baru yang diberi nama Mookie Blaylock (merujuk pada nama bintang basket NBA pada saat itu). Karena permasalahan legalitas, tepat sebelum menandatangani kontrak dengan Epic Records, band berganti nama menjadi Pearl Jam.

Pearl Jam pertama kali mengeluarkan album pada tahun 1991, berjudul Ten, dan langsung melejit sebagai ikon musik rock alternatif di Amerika. Pada tahun 1993, Pearl Jam kembali merilis album kedua yang berjudul Vs yang memopulerkan sejumlah lagu macam Daughter, Go atau Rearviewmirror. Setahun kemudian, album ketiga, Vitalogy dirilis, sekaligus menjadi album terakhir bersama drummer Dave Abruzzese. Dave digantikan oleh mantan drummer Red Hot Chilli Pepper, Jack Irons. Tahun 1994 juga menjadi tahun yang dikenang dalam sejarah musik rock ketika Pearl Jam mengeluarkan antitrust terhadap dugaan monopoli yang dilakukan promotor konser, Ticketmaster. Perkara ini dimenangkan Ticketmaster dan membuat Pearl Jam tidak bisa tampil di venue besar di seluruh Amerika.
Pada tahun 1996, Pearl Jam kembali merilis album berjudul No Code. Secara penjualan, album ini mengalami penurunan yang signifikan dibandingkan dengan album pertama. Hal ini juga disebabkan oleh surutnya pamor musik grunge pada saat itu. Dua tahun kemudian, Yield menyusul sebagai album kelima mereka sekaligus menjadi album terakhir dari Jack Irons yang keluar karena permasalahan kesehatan. Jack digantikan mantan drummer Soundgarden, Matt Cameron yang sampai sekarang menjadi penabuh drum untuk band yang sempat meraih Grammy Awards pada 1996. Bersama Matt Cameron, Pearl Jam merilis 3 buah album, yaitu Binaural pada tahun 2000, Riot Act pada 2003 dan album terakhir mereka yang diterbitkan pada 2006 berjudul Pearl Jam.


Salah satu sampul rilisan bootleg 2003
Selain delapan buah album, Pearl Jam juga merilis beberapa rekaman konser dan kompilasi. Pada tahun 2000, Pearl Jam merilis lebih dari 70 buah rekaman konser mereka di Amerika dan Eropa. Masing-masing rekaman konser dari setiap kota dirilis dalam format Audio CD. Hal itu diulangi pada tahun 2003 ketika mereka kembali merilis sejumlah album konser mereka dari Amerika, Asia dan Australia. Sebelumnya, pada tahun 1999 Pearl Jam mengeluarkan album Live on Two Legs yang berisi kompilasi tur tahun sebelumnya. Untuk tahun 2005 dan 2006, Pearl Jam merilis album konsernya dalam format digital yang bisa dibeli dan diunduh dari situs resmi mereka PearlJam.com. Tahun 2003, band kembali merilis satu album akustik dari penampilan mereka yang diberi judul Live at Benaroya Hall. Pada tahun 2006, sebuah CD khusus dirilis Pearl Jam yang berisi rekaman konser mereka di sebuah toko CD legendaris kota Seattle bernama Easy Street. Rilisan Live at Easy Street dibuat dan didistribusikan secara independen oleh Easy Street. Pertengahan tahun 2007, Pearl Jam kembali merilis album kompilasi konser yang berisi performance mereka di Gorge pada tahun 2005 dan 2006 dalam rilisan yang bertajuk Live at the Gorge. Album tersebut dirilis dalam format audio CD, dalam satu paket berisi 7 buah keping cakram padat.
Untuk rilisan kompilasi, pada tahun 2004 Pearl Jam mengeluarkan Lost Dogs yang berisi kumpulan lagu-lagu dari B-Sides, bonus natal, dan lagu-lagu yang sebelumnya tidak pernah dirilis. Kerjasama terakhir Pearl Jam dengan Epic Records ditandai dengan rilisnya kompilasi A-Sides mereka bertajuk Rearviewmirror yang konsepnya mirip dengan kompilasi lagu terbaik Pearl Jam. Selepas album tersebut, Pearl Jam berpindah ke J Records untuk merilis album selanjutnya.