Inilah toeri yang menjadi perdebatan ilmuwan,tokoh agama maupun masyarakat luas lainya sepanjang sejarah.
Dalam Teori utama Darwin menyatakan bahwa spesies yang hidup sekarang berasal dari spesies lain yang hidup di masa lampau dan bila diurut lebih lanjut semua spesies makhluk hidup diturunkan dari nenek moyang umum yang sama. Seperti yang juga diperkirakan oleh Darwin. Teorinya akan ditentang banyak pihak. Para penentang teori ini dikategorikan dalam tiga kelompok utama:
Pertama, Kelompok yang berpendapat bahwa teori Darwin tersebut tidak cukup “ilmiah”.
Kedua, Kelompok “Creationist” yang berpendapat bahwa masing-masing spesies diciptakan khusus oleh yang Maha Kuasa untuk tujuan tertentu.
Ketiga, Kelompok penganut filsafat “idealist” yang berpendapat bahwa spesies tidak berubah. Variasi yang ada merupakan tiruan tidak sempurna dari pola umum “archetypes”. Goethe mengabstaksikan satu archetype atau Urbild untuk semua tanaman (Urplanze) dan beberapa Bauplane untuk hewan.
Untuk para penentangnya dari dua kelompok pertama di atas Darwin cukup menandaskan bahwa keajaiban-keajaiban atau intervensi dari kekauatan supranatural dalam pembentukan spesies adalah tidak ilmiah. Dalam menanggapi kelompok Idealist (seperti Owen dan Lois Agassiz) Darwin mampu menangkis dengan baik. Pada Origin edisi pertama, Darwin (1959) di halaman 435, menyimpulkan bahwa penjelasan Owen pada masalah archetype adalah “interesting” dan “unity of type”nya merupakan “hukum” biologi yang penting. Kemudian setelah Owen lebih keras lagi menentang teorinya. Darwin pada edisi berikutnya menambahkan “…tetapi itu bukan penjelasan ilmiah”. Menurut Darwin penjelasan tentang “homologi” dan “unity of types” terkait dengan nenek moyang adalah ilmiah, sementara penjelasan terkait dengan archetype tidak ilmiah. Oleh karena Darwin memandang masalah ini sebagai proses, sementara konsep archetype adalam timeless. Secara umum Darwin adalam penganut paham Materialisme.

Teori ini juga termasuk teori yang kontroversial dalam sejarah. Teori Ledakan Dahsyat adalah teori ilmiah, sehingganya ia tergantung pada kecocokan teori ini dengan pengamatan yang ada. Namun, sebagai suatu teori, ia mengalamatkan asal usul realitas dan alam semesta, yang pada akhirnya memiliki implikasi teologis dan filosofis akan konsep penciptaan ex nihilo.Pada tahun 1920-an dan 1930-an, hampir semua kosmologis cenderung mendukung model keadaan tetap alam semesta dan beberapa kosmologis mengeluh bahwa adanya permulaan waktu dalam Ledakan Dahsyat memasukkan konsep-konsep keagamaan ke dalam ilmu fisika; keberatan ini terus disuarakan oleh para pendukung teori keadaan tetap Kecurigaan ini lebih menjadi-jadi oleh karena pengusul teori Ledakan Dahsyat, Monsignor Georges Lemaître, adalah seorang biarawan Katolik Roma.Paus Pius XII pada pertemuan Pontificia Academia Scientiarum tanggal 22 November 1951 mendeklarasikan bahwa teori Ledakan Dahsyat sesuai dengan konsep penciptaan Katolik.
Sejak diterimanya teori Ledakan Dahsyat sebagai paradigma kosmologi fisika yang dominan, terdapat berbagai tanggapan yang berbeda dari kelompok-kelompok keagamaan yang berbeda akan implikasi teori ini terhadap doktrin penciptaan keagamaan mereka. Beberapa menerima bukti-bukti ilmiah teori Ledakan Dahsyat, yang lainnya berusaha merekonsiliasi teori ini dengan ajaran agama mereka, dan ada pula yang menolak maupun mengabaikan bukti teori ini.

Konsep partikel Tuhan pertama muncul ketika fisikawan merampungkan penyusunan teori yang menjelaskan tentang sifat seluruh materi di dunia. Jerih ribuan fisikawan yang bekerja selama puluhan tahun sampai pada sebuah teori yang disebut model partikel standar.
Model ini menyebutkan, jika benda dihancurkan hingga ukuran terkecil, akan terdapat 16 partikel elementer. Beberapa partikel mendasar ini–misalkan elektron, foton, dan quark–sudah cukup populer di telinga. Sedangkan partikel lain, meski kalah populer, tetap menjadi fondasi paling dasar sebagai penyusun seluruh materi. Eksperimen selama empat dekade setelahnya mengkonfirmasi keberadaan 16 partikel ini.
Meski mampu menerangi dunia fisika partikel, model standar menyisakan awan kelabu yang menggelayut di langit. Partikel proton dan neutron yang berada di inti atom ternyata tersusun oleh kombinasi varian partikel quark yang senantiasa bergerak. Berdasarkan persamaan E = Mc2, yang digagas Albert Einstein, energi ini setara dengan besar massa tertentu. Fisikawan berharap seluruh massa inti atom disumbangkan oleh energi quark tersebut.
Namun kenyataannya tidak demikian. Eksperimen menunjukkan bahwa energi quark masih terlalu kecil sehingga hanya menyumbang 5 persen dari massa atom. Sedangkan 95 persen sisa massa hilang tak tentu rimbanya. Bagaimana mungkin model partikel paling sakti gagal menjelaskan keberadaan massa di inti atom?

Sejarah mencatat, bahwa kemunculan teori relativitas sangat fenomenal dan kontroversial. Banyak ditentang bahkan dianggap meresahkan oleh para ilmuwan pada saat itu. Maklum, hal ini karena teori ini telah mematahkan teori-teori fisika sebelumnya yang sudah dicetuskan oleh ilmuwan sekaliber Galileo, Newton dll.
Teori ini memang rumit dan sulit dimengerti konsep dasarnya. Kebanyakan pelajar hanya bisa memahami efek teori relativitas, tanpa memahami makna dasarnya. Memang, teori relativitas sangat unik dan berbeda dengan teori-teori fisika lainnya.
Namun dibalik itu semua, ternyata teori ini mungkin adalah satu diantara beberapa teori fisika yang mampu memancing otak untuk berimajinasi dan berkhayal. Kisah-kisah yang bercerita tentang kembali ke masa lalu, mesin penghenti waktu, twins paradox, dll bersumber dari teori ini.
Bagi para sineas, teori ini mengilhami kisah-kisah yang disajikan dalam film produksi mereka. Sebagai contoh, film Back to the Future (1985), The Time Mecine (2002), The Terminator (1984) dll. Sejarah juga mencatat, ide bom atom pada Perang Dunia II yang meluluhlantakkan kota Hiroshima dan Nagasaki juga karena pengembangan dari teori ini.

Inilah teori yang sangat fenomenal dan kontrovesial yang belum bisa dibuktikan. Terlepas dari benar atau tidaknya, mesin waktu memang terus dipelajari dan dicari prototipe alat rancangannnya.