Ada beberapa hikayat populer yang menceritakan asal usul kota ini yang berada di pesisir timur Kalimantan ini, yaitu:

Adanya 10 keping papan yang kembali ke Jenebora dari 1.000 keping yang diminta oleh Sultan Kutai sebagai sumbangan bahan bangunan untuk pembangunan Istana Baru Kutai Lama. Kesepuluh papan yang balik tersebut disebut oleh orang Kutai Balikpapan Tu. Sehingga wilayah sepanjang Teluk Balikpapan tersebut, tepatnya di Jenebora disebut Balikpapan.

Suku Pasir Balik (suku asli Balikpapan) adalah keturunan kakek dan nenek bernama Kayun Kuleng dan Papan Ayun. Sehingga daerah sepanjang teluk Balikpapan oleh keturunannya disebut Kuleng - Papan atau artinya Balikpapan (dalam bahasa Paser, Kuleng artinya Balik).

Dalam legenda lain juga disebutkan asal usul Balikpapan, yaitu dari seorang putri yang dilepas oleh ayahnya seorang raja yang tidak ingin putrinya tersebut jatuh ke tangan musuh. Sang putri yang masih balita diikat di atas beberapa keping papan dalam keadaan terbaring. Karena terbawa arus dan diterpa gelombang, papan tersebut terbalik. Ketika papan tersebut terdampar di tepi pantai ditemukan oleh seorang nelayan dan begitu dibalik ternyata terdapat seorang putri yang masih dalam keadaan terikat. Konon putri tersebut bernama Putri Petung yang berasal dari Kerajaan Pasir. Sehingga daerah tempat ditemukannya putri tersebut dinamakan Balikpapan.

Hari jadi kota Balikpapan adalah tanggal 10 Februari 1897. Penetapan tanggal ini merupakan hasil Seminar Sejarah kota Balikpapan pada tanggal 1 Desember 1984. Tanggal 10 Februari 1897 ini adalah tanggal pengeboran minyak pertama di Balikpapan yang dilakukan oleh perusahaan Mathilda sebagai realisasi dari pasal-pasal kerjasama antara J.H. Menten dengan Mr. Adams dari Firma Samuel dan Co.Jepang

Pada masa Perang Dunia II, Jepang mengincar wilayah ini sebagai batu loncatan pimpinan Shizuo Sakaguchi merebut Balikpapan dari tangan pasukan Sekutu dan Hindia Belanda. Wilayah Balikpapan saat itu meliputi Balikpapan Seberang (Penajam). Nilai strategis kota Balikpapan juga diperhitungkan tentara Sekutu, pada tahun 1945 tentara sekutu dibawah komando Australia merebut kota ini dari tangan Jepang pada pertempuran 26 Juni-15 Juli 1945 dalam usaha merebut kembali wilayah yang jatuh ke tangan Jepang.
Indonesia

Berita tentang Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia agak terlambat sampai di kota ini, sekitar 1945-1946 melalui pekerja BPM yang datang dari Jawa dalam rangka rehabilitasi kilang minyak yang hancur akibat perang yang dilanjutkan dengan pernyataan rakyat di Lapangan FONI. Namun karena Belanda berniat menguasai kembali kota ini maka terjadi peperangan yang berlanjut sampai pada pertempuran Sangatta. Pada masa pengakuan kedaulatan tahun 1949, wilayah ini diserahkan kepada Pemerintah Republik Indonesia Serikat yang berlanjut kepada Republik Indonesia.

masih terus memegang teguh logo kubangun kujaga dan kubela