Kepercayaan masyarakat dan pemerintah terhadap STMIK Amikom Yogyakarta begitu besar. Guna memenuhi kebutuhan tenaga kerja profesional di bidang Teknologi Informasi maka didirikanlah Yayasan IMKI Purwokerto Jl. HR Bunyamin P2 No. 4 Limas Agung Estate Purwokerto dengan nama pendirinya adalah Drs. Muhammad Suyanto, MM yang sekaligus menjabat sebagai Ketua Dewan Pembina Yayasan IMKI Purwokerto. Pendirian yayasan tersebut disahkan di depan notaris pembuat Akte Pendirian yaitu Henny Susilaningtyas, SH pada tanggal 21 November 2002 dengan nomor 4 tahun 2002. Atas saran dan masukan dari Dirjen DIKTI maka nama Yayasan IMKI Purwokerto diganti dengan nama Yayasan AMIKOM Purwokerto. Perubahan nama ini juga diaktekan pendiriannya di kantor notaris Henny Susilaningtyas, SH pada tanggal 18 Februari 2003 dengan nomor 5 tahun 2003.
Setelah semua proses keadministrasian dan syarat - syarat yang diajukan oleh Yayasan Amikom Purwokerto dinyatakan baik dan lengkap, maka pada tanggal 16 mei 2005 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 64/D/O/2005 secara resmi berdirilah SEKOLAH TINGGI MANAJEMEN INFORMATIKA DAN KOMPUTER (STMIK) AMIKOM PURWOKERTO di Purwokerto dengan dua jurusan masing - masing jenjang pendidikan Strata-1 sebagai berikut:
1. Program Jurusan Sistem Informasi (E-commerce/Sist. Informasi Berbasis Multimedia/Komputerisasi Akuntansi)
2. Teknik Informatika (Multimedia/Pemrograman Internet)