Clannad menceritakan kisah seorang murid SMA kelas 3 bernama Tomoya Okazaki yang dianggap orang-orang sekitarnya berandalan hanya karena Tomoya sering membolos sekolah. Bagi Tomoya, kehidupannya terasa cukup membosankan. Sampai akhirnya, pada suatu hari dia bertemu seorang yang kurang percaya diri karena dia harus mengulang kelas karena sakit, Nagisa Furukawa. Sejak saat inilah, kehidupan Tomoya mulai mengalami perubahan drastis. Tomoya mulai melihat mimpi aneh di mana di dunia (Illusionary World) itu hanya ada seorang gadis yang selalu sendirian. Lalu gadis itu mulai mencoba untuk membuat suatu boneka yang terbuat dari sampah dan barang bekas yang dia kumpulkan.

Inti ceritanya mengisahkan tentang 5 orang anak yang sewaktu kecilnya bersahabat, namun hubungan mereka merenggang sejak kematian salah seorang teman mereka, Meiko Honma (menma). Kelima orang itu menjalani kehidupannya masing-masing hingga suatu hari, Jinta Yadomi (yang dulunya adalah group leader kelompok mereka) bertemu dengan hantu Menma. Arwah Menma kembali karena ada keinginannya yang belum tercapai semasa hidup, namun ia lupa apa keinginannya sendiri. Arwah Menma pun meminta Jinta untuk membantu mencari tahu apa keinginan yang terlupakan itu dan mengabulkannya. Untuk itu, sekali lagi Jinta harus ‘mengumpulkan’ teman-temannya semasa kecil, yang mungkin bisa menjadi kunci dari keinginan Menma. Namun itu bukanlah hal yang mudah, karena baik Jinta maupun keempat sahabat masa kecilnya itu memiliki lembaran masa lalu yang tidak ingin mereka ungkit lagi. Terlebih mengenai Menma. Salah satu alasan yang membuat hubungan mereka berlima merenggang

Angel Beats! berlangsung di sebuah SMA yang bertindak sebagai Api Penyucian, di mana para siswanya belajar untuk menghilangkan beban sisa-sisa atau penyesalan dari kehidupan sebelumnya, sebelum melanjutkan ke kehidupan setelah kematian atau reinkarnasi. Luka dan kematian tidak ada di tempat ini, walaupun orang-orang di sekolah afterlife ini masih bisa merasakan sakit atau hal lain seperti yang mereka lakukan ketika mereka masih hidup, mereka juga dapat mati lagi, hanya kemudian akan tersadar kembali beberapa saat kemudian tanpa luka. Cerita ini mengikuti seorang protagonis yakni Otonashi, seorang anak yang mengalami amnesia mengenai hidupnya dulu setelah mati. Setelah kebangkitan di akhirat ini, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Yuri yang mengajaknya untuk bergabung dengan Shinda Sekai Sensen (SSS) (死んだ世界戦線?, sing. Afterlife Battlefront). Sebuah organisasi yang ia dirikan dan ia pimpin yang berperang melawan Tuhan sebagai protes atas kejamnya nasib para anggota SSS dalam hidup mereka sebelumnya. Musuh mereka satu-satunya di dunia ini adalah ketua OSIS,Angel (天使 Tenshi?), siswa dengan kekuatan supranatural yang bertempur melawan SSS. Yuri berpendapat bahwa orang yang mengikuti perintah dari Angel dan berperilaku seperti siswa normal di sekolah ini pada akhirnya akan menghilang dan pergi bereinkarnasi. Namun, mereka yang memenuhi impian mereka di Api penyucian akan pergi bereinkarnasi juga.

Edward Elric dan Alphonse Elric awalnya hidup bahagia dengan orang tua mereka. Tetapi karena pekerjaan ayahnya adalah alkemist (ahli kimia), ayahnya yang bernama Van Hohenheim sering bepergian keluar rumah, sehingga Ed dan Al hanya tinggal bersama ibunya, Trisha Elric. Karena terlalu lelah mengurus rumah sendirian, Trisha jatuh sakit dan akhirnya meninggal. Ed dan Al yang saat itu masih kecil, namun sudah mewarisi bakat ayahnya sebagai alkemist mencoba menghidupkan kembali sang ibu. Namun, usaha mereka gagal. Tubuh Al dan kaki kiri Ed diambil sebagai "biaya masuk" karena transmutasi manusia adalah hal tabu dalam alkimia. Ed yang panik akhirnya memindahkan roh Al ke dalam baju zirah dengan bayaran tangan kanannya.

Di tengah keputusasaannya, Ed mendapat tawaran untuk menjadi seorang alchemist kenegaraan (State Alchemist). setelah mempertimbangkan keuntungan memperoleh berbagai hak istimewa sehingga ia bisa menyelidiki dan mencari cara untuk mengembalikan tubuh mereka, Ed menerima tawaran itu. Tangan dan kaki Ed pun diganti dengan automail. Setelah itu, Ed mengikuti tes ujian alchemist kenegaraan dan lulus sebagai alchemist kenegaraan termuda dalam sejarah dan mendapat julukan Fullmetal Alchemist. Bersama dengan Al, dimulailah petualangan Ed guna mencari cara untuk mengembalikan tubuh mereka.

Dalam petualangan mereka, mereka menemukan bahwa militer bekerja sama dengan Homunculus untuk menghancurkan Amestris. Homunculus-homunculus tersebut diperintahkan secara khusus oleh orang yang disebut dengan julukan "Ayah." Ayah ini adalah Homunculus pertama yang ada di dunia. Dalam versi manga, homunculus ini pertama tertangkap dalam sebuah botol kecil. Homunculus dapat hidup karena darah Van Hohenheim diberikan sedikit kepada Homunculus. Van Hohenheim berteman akrab dengan Homunculus ini sampai suatu hari raja di Cselk Cess meminta kepada Homunculus untuk mendapatkan hidup abadi. Setelah Homunculus memberi tahu caranya, dimulailah pembuatan lingkaran transmutasi oleh raja Cselk Cess. Ternyata Homunculus menipu raja dan semua orang di Cselk Cess menjadi kurban dalam pembuatan batu filsuf (philosopher's stone). Karena dulu Van Hohenheim menolong Homunculus, maka Homunculus memberikan hidup abadi kepada Van Hohenheim sebagai imbalan dengan menggunakan setengah batu bijak. Setengahnya lagi dipakai oleh Homunculus untuk mengubah dirinya menjadi mirip seperti Van Hohenheim. Oleh sebab itu, Ed, Al, dan teman-temannya berusaha keras untuk mencegah "Ayah" dalam menghancurkan Amestris.