Para Pencari Tuhan bercerita tentang kehidupan seorang merbot (penjaga mushala) bernama Bang Jack (Deddy Mizwar) dan ketiga muridnya yang mantan narapidana, yaitu Chelsea (Melky Bajaj), Barong (Aden Bajaj), dan Juki (Isa Bajaj). Setelah keluar dari penjara, Barong diusir dari komplotan curanmor lantaran sering menyanyi di pengadilan. Setali tiga uang, Juki yang mantan copet, ditolak mentah-mentah saat kembali ke rumah ibunya. Nasib Chelsea agak berbeda. Ketika akan mengajak rujuk kembali dengan mantan istrinya, Marni (Anggia Jelita). Ternyata sang istri sudah menikah dengan Sumarno, polisi yang menjebloskannya ke penjara.

Akhirnya mereka bertiga secara tak sengaja bertemu dan luntang-lantung menyusuri Jakarta yang tak lagi ramah. Seharian mereka menjumpai warung tutup. Hati mereka makin sakit, merasa dunia sudah benar-benar menutup diri bagi mereka. Mereka baru tersadar saat ada yang memberitahu bahwa hari ini adalah hari pertama bulan puasa, sehingga tak ada orang makan di warung.

Ketiganya kemudian terdampar di sebuah mushala bernama At-Taufiq. Di sana ada Bang Jack, penjaga mushala yang fanatik dengan bedug. Dia tak mau adzan jika belum menabuh bedug. Mantan tukang jagal ini akhirnya tak hanya menerima ketiga narapidana tersebut tapi sekaligus sudi membimbing mereka ke jalan yang benar. Sebenarnya ilmu agama Bang Jack sendiri pas-pasan sehingga dalam penerapan agama sering keliru. Untunglah ada Aya (Zaskia Adya Mecca) yang membantunya. Gadis cantik penjual kolak dan pengelola perpustakaan gratis ini paham soal agama. Aya adalah adik ipar Ustad Ferry (Akri Patrio), sang ketua pengurus mushala, yang pamornya tengah menanjak setelah menjadi komentator di sebuah televisi. Belakangan pupolaritasnya tersaingi oleh istrinya sendiri, Haifa (Annisa Suci Wulandari).

Dalam sinetron ini juga ditampilkan hubungan yang unik antara Bang Udin (Udin Nganga), seorang hansip, dan sahabatnya Asrul (Asrul Dahlan), seorang pria beristri satu beranak empat, dengan Pak Jalal (Jarwo Kuat). Bang Udin dan Asrul sering merasa kesal dengan Pak Jalal yang merupakan orang paling kaya di kampungnya. Sekesal apapun mereka tetap mendatangi Pak Jalal untuk diberikan pekerjaan pada saat mereka kekurangan uang untuk biaya hidup. Selain itu, sinetron ini juga diwarnai dengan kisah cinta Aya dengan Azzam (Agus Kuncoro), teman masa kecil Aya, yang berliku-liku. Walau lamarannya sudah tiga kali ditolak, Azzam tetap pantang menyerah mengejar cinta Aya.

Sinetron bergenre komedi religi ini--cerita dan skenarionya ditulis oleh Wahyu HS--penuh dengan pesan agama yang disampaikan secara ringan sehingga tidak terkesan menggurui. Data AGB Nielsen menyebutkan bahwa tayangan ini meraih share di atas rata-rata 32 persen, dan disaksikan oleh penonton pria/wanita dari hampir semua kelompok umur, 10-24 tahun, 30-39 tahun, hingga 40-49 tahun.

Setelah sukses dengan penayangan musim pertamanya (2007), pada Bulan Ramadan 2008 (1-30 September 2008) ditayangkan musim kedua yang diberi judul "Para Pencari Tuhan Jilid Dua". Seluruh tokoh yang ada pada musim pertama tetap dipertahankan pada musim kedua, bahkan bertambah dengan tokoh Baha (Tora Sudiro) yang merupakan teman masa kecil Asrul yang menjadi pelaut. Baha muncul menemui Asrul saat kapalnya mendarat di pelabuhan. Baha yang bertato dan pemabuk memberikan warna berbeda pada sinetron ini. Selain itu, plot percintaan Aya dan Azzam (Zaskia dan Agus Kuncoro) mulai "memanas" dengan terlibatnya orang ketiga yang selama ini menjadi sahabat mereka, yaitu Kalila. Sudah dua musim sinetron religi ini--cerita dan skenario tetap ditulis oleh Wahyu HS--tetap favorit dan mengungguli program-program sahur lainnya.

Jilid ketiga ditayangkan di stasiun TV SCTV selama Ramadan 2009 pukul 02:30-05:00.

Pada jilid ketiganya, sinetron religi besutan aktor senior, Deddy Mizwar dan Kiki Zakaria menjanjikan bakal lebih mengigit dengan alur cerita yang dibumbui drama cinta segitiga antara Aya (Zaskia Adya Mecca), Azzam (Agus Kuncoro), dan Kalila (Artta Ivano).

Tak itu saja, konflik pun akan kembali ditebar lewat karakter yang diperankan personel grup lawak Trio Bajaj, Isa, Melky dan Aden, yang menjadi murid Bang Jack (Deddy Mizwar), yang dikisahkan baru kembali dari Tanah Suci Mekkah. Kepulangan trio dan bang Jack membuat Udin dan Azrul ingin naik haji walaupun menggunakan cara yang salah.

Dan tentunya, tak ketinggalan aroma pemilu juga melengkapi racikan sinetron yang tetap didukung sejumlah muka lama seperti Jalal (Jarwo Kuat), Udin Hansip (Udin Nganga), Ustadz Ferry (Akrie Patrio), hingga Baha (Tora Sudiro). Kali ini bakal ada cerita pemilu, pemilihan RW sebagai refleksi pemilihan umum kita yang baru berlangsung. Lalu ada percintaan Aya dan Azam, belum lagi Bang Jack yang sepulang dari naik haji mau balik lagi dan memilih mati di Mekkah.

Baha yang menunjukkan ketertarikan pada Kalila walaupun terlihat seperti seorang kakak pada adiknya. Baha disini hadir bukan sebagai karakter yang sekedar lewat, dia nantinya menjadi salah satu point penting dalam perkembangan cerita. Baik perkembangan kehidupan sahabatnya dan juga kehidupan kuliner penduduk sekitar. Tetapi sayangnya dia terganjal karena dia adalah seorang pemabuk. Kematian Baha kemudian membawa hal yang mengejutkan bagi team Bajaj dan Asrul. Karena ternyata Baha adalah orang yang kaya dan memberikan uangnya untuk Baitul mal dan naik haji Asrul.

Jilid keempat ditayangkan di SCTV selama Ramadan 2010 / 1431 H pukul 03:00 - 04:30 WIB.

Pak Jalal, orang terkaya di kampung Bang Jack, memasuki fase baru kehidupannya. Karena kesalahannya sendiri, ia bangkrut total dan jatuh miskin dan terpaksa tinggal di gubuk Asrul. Awalnya Pak Jalal mengawali semacam post power syndrome. Serpihan karakternya kembali berkumpul ia tampil sebagai orang miskin paling narsis di kampung itu. Sebaliknya, Asrul dan istrinya, pasangan termiskin di kampung itu mulai menjadi sukses dengan usaha warung sotonya. Kini menempati rumah kontrakan yang lebih layak. Namun, fase baru kehidupan itu bukannya tanpa masalah. Ibadah Asrul mulai terganggu karena kesibukan usahanya yang luar biasa hingga pada titik tertentu, Asrul bermohon kepada Allah untuk dikembalikan saja ke kehidupannya yang dulu ketika keluarganya masih miskin.

Demikian pula Udin sang hansip telah memutuskan untuk memakai uang haji untuk membeli motor baru. Dengan motor itu, ia akan mengojek untuk memperbaiki taraf hidup keluarganya, sekaligus menabung lagi untuk pergi haji. Apakah rencananya berhasil? Udin sendiri ragu. Bagaimana dengan Bang Jack.

Bang Jack mengalami masalahnya sendiri. Ia merasa semakin dekat pada kematian dan kesepian. Ia khawatir jika Chelsea, Barong, dan Juki sudah memiliki kehidupannya sendiri, ia akan mati sendirian tanpa seorang pun mendampingi. Karenanya, sekarang Bang Jack tampil lebih sensi, mudah ngambek, dan melankolis.

Pasangan Aya dan Azzam memulai kehidupan baru berumah tangga. Aya bukan tipe ibu rumah tangga yang bisa meladeni suami dengan baik, meski tetap penuh cinta. Hal ini menjadi masalah bagi Azzam yang makin terlihat bawelnya. Ditambah lagi dengan kehadiran seorang manajer keuangan yang cantik di kantor mereka. Warga kampung itu pun bukannya tanpa ujian. Sebuah koper berisi uang dua milyar rupiah ditemukan Bonte dan mengancam kehidupan kampung Bang Jack yang tadinya rukun-damai penuh kasih sayang. Sekoper uang itu melahirkan intrik-intrik politik desa yang dipicu oleh trio RW.

Uang temuan Bonte itu dikubur oleh Juki disebelah kuburan Baha. Gara - gara sekoper uang itu juga, timbulah perkelahian di tempat Asrul mendirikan warung sotonya. Pada waktu yang sama di baitul maal At - Taufiq, Juki, Barong, dan Chelsea berkelahi soal sekoper uang itu. Di tengah perkelahian di tempat Asrul mendirikan warung sotonya, trio RW membuat bom molotov. Saat trio RW sedang membuat bom molotov, datanglah Bang Jack dengan Udin. Karena tak ada yang mengaku siapa biang keladi perkelahian itu, Bang Jack menggampar satu per satu warga. Karena kesalahan trio RW, meledaklah bom molotov di tempat trio RW membuat bom tersebut.

Akibat bom tersebut, warung - warung terbakar termasuk usaha soto Asrul. Malamnya di masjid At - Taufiq, Bang Jack menyuruh Juki mengambil uang sekoper itu. setelah dibuka, dibalik uang - uang itu tertulis BUKAN UANG. Berawal dari inilah Bang Jack menjelaskan bahwa kehadiran koper ini adalah cobaan yang menunjukkan hati terdalam dari para umat beragama. Semua pihak memiliki salah walaupun ada benarnya.

Bonte yang baik tetapi tidak mampu berbuat
Trio Bajaj yang tidak memberikan solusi baik dan tak langsung mencoreng nama baik Bang Jack
Azrul yang terlalu positif tidak curiga akan kebaikan para murid bang jack
Trio RW yang mengambil hak orang lain lalu melakukan tindakan yang jauh dari agama.
Penjual sayuran yang seharusnya mampu mendamaikan malah bersikap plin-plan
Maulana yang menghasut sana-sini hingga terjadi tawuran masal
Sementara itu Azam sendiri memiliki kebimbangan karena menurut pak Jalal, dirinya adalah orang baik yang seharusnya mendampingi Kalila.