Batu-batu kolom andesit disusun dengan posisi mendekati horisontal dengan arah memanjang hampir barat-timur (sekitar 70 derajat dari utara ke timur - N 70 E), sama dengan arah susunan batu kolom di dinding timur-barat teras satu, dan undak lereng terjal yang menghubungkan teras satu dengan teras dua. Dari posisi horisontal batu-batu kolom andesit dan arah lapisannya, dapat disimpulkan dengan pasti, bahwa batu-batu kolom atau “columnar joints” ini bukan dalam kondisi alamiah.

Batu-batu kolom hasil pendinginan dan pelapukan batuan lava/intrusi vulkanis di alam maka arah memanjang kolomnya akan tegak lurus terhadap arah lapisan atau aliran seperti ditemukan di banyak tempat di dunia. Kenampakan susunan batu-kolom yang terkuak di kotak gali memang terlihat luarbiasa rapi seperti layaknya kondisi alami saja

Yang lebih mengejutkan adalah ditemukannya material pengisi diantara batu-batu kolom ini. Bahkan diantaranya ada batu kolom yang sudah pecah berkeping-keping, namun ditata dan disatukan lagi oleh material pengisi, atau kita sebut saja sebagai semen purba

Makin ke bawah kotak gali, semen purba ini terlihat makin banyak, dan merata setebal 2 sentimeteran di antara batu-batu kolom. Selain di kotak gali, semen purba ini juga sudah ditemukan pada tebing undak antara teras satu dan dua, dan juga pada sampel inti bor dari kedalaman 1 sampai 15 meter dari pemboran yang dilakukan oleh tim pada tahun 2012 lalu di atas situs

Ahli geologi tim dan juga pembina pusat Ikatan Ahli Geologi Indonesia pusat, DR. Andang Bachtiar, berdasarkan hasil analisis kimia yang dilakukannya pada sampel semen purba dari undak terjal teras satu ke dua, menemukan fakta lebih mengejutkan lagi. Ternyata material semen ini mempunyai komposisi utama 45% mineral besi dan 41% mineral silika. Sisanya adalah 14% mineral lempung, dan juga terdapat unsur karbon. Ini adalah komposisi bagus untuk semen perekat yang sangat kuat.

Barangkali ia menggabungkan konsep membuat resin, atau perekat modern dari bahan baku utama silika, dan penggunaan konsentrasi unsur besi yang menjadi penguat bata merah. Tingginya kandungan silika mengindikasikan semen ini bukan hasil pelapukan dari batuan kolom andesit di sekelilingnya yang miskin silika.

Kemudian, kadar besi di alam, bahkan di batuan yang ada di pertambangan mineral bijih sekalipun umumnya tak lebih dari 5% kandungan besinya, sehingga kadar besi “semen Gunung Padang” ini berlipat kali lebih tinggi dari kondisi alamiah.

Oleh karena itu dapat disimpulkan material diantara batu-batu kolom andesit ini adalah adonan semen buatan manusia. Artinya, teknologi masa itu kelihatannya sudah mengenal metalurgi. Andang menjelaskan, bahwa satu teknik umum untuk mendapatkan konsentrasi tinggi besi adalah dengan melakukan proses pembakaran dari hancuran bebatuan dengan suhu sangat tinggi. Mirip pembuatan bata merah, yaitu membakar lempung kaolinit dan illit untuk menghasilkan konsentrasi besi tinggi pada bata tersebut.Sumber