Untuk membuat keju dibutuhkan bantuan bakteri. Berbagai jenis dan kombinasi bakteri yang digunakan menghasilkan keju dengan rasa yang sangat bervariasi. Untuk keju swiss yang memiliki lubang itu sendiri digunakan bakteri yang dinamakan Propionobacterium shermanii. Ketika bakteri ini dipabaskan dan bereaksi, ia akan menghasilkan gelembung-gelembung karbondioksida. Gelembung-gelembung inilah yang pada akhirnya menghasilkan lubang pada keju yang sudah jadi.

Istilah untuk lubang ini adalah ‘eyes’. Ukuran dari ‘eyes’ dapat diatur oleh pembuat keju dengan mengatur derajat keasaman, suhu dan lama waktu mencampur. ‘eyes’ ini memang disengajakan untuk tidak meletus dengan menjaganya untuk tetap berada di dalam keju untuk menghasilkan lubang-lubang pada keju yang sudah jadi.