Terlahir sebagai Rubhollah musami dari keluarga yang menganut aliran syiah di desa khomeyn, dekat Teheran pada tahun 1902. namanya memiliki arti "inspirasi Tuhan" selama hidupnya ia memperdalam ilmu keagamaan. Saat berusia 5 tahun ayahnya dibunuh oleh pemilik tanah setempat yang kemudian membuat dia diasuh oleh ibu dan bibinya, dan kemudian dilanjutkan oleh kakak-kakaknya.

Khomeini memulai karir sebagai seorang pengajar keagamaan dan kemudian menjadi seorang ahli hukum Islam yang kemudian membuat dia ditunjuk sebagai Ayatollah atau pemimpin keagamaan pada Tahun 1950.

Khomeini adalah seorang pengikut pemimpin agama Iran, Ayatollah Mohammed Borourjerdi, yang mengajarkan perbedaan Islam tradisional di negara itu. Setelah kematian Boroujerdi di tahun 1962 barulah Khomeini bersuara menyerang Shah tentang hubungan Shah dengan Israel dan mengingatkanya bahwa yahudi berencana untuk mengambil alih negaranya. keahlianya dalam bidang agama dan pendirianya tentang anti-barat menjadikanya banyak pengikut dan penangkapanya pada tahun 1963 menyebabkan kekacauan anti-pemerintah.

Setelah dipenjarakan selama satu tahun, Shah Iran mengasingkan Khomeini ke Turki agar bisa dilupakan oleh pengikutnya. namun Khomeini pindah ke kota suci para penganut Syiah yakni Najaf, irak. Disana Khomeini sangat dihargai sebagai orang suci. Kaset2 nya yang berisi ceramah keagamaan diselundupkan ke Iran dan diedarkan dari rumah kerumah secara besar-besaran.

Di Najaf, Khomeini mengubah wajah Syiah yang dulunya hanya berfungsi untuk menjaga wilayah. Dengan mengutuk kesetiaan Shah Iran terhadap Amerika dan ajaran Sekulerismenya, Khomeini membentuk wilayah yang theokratis.

Tahun 1978, deomonstrasi yang dilakukan secara besar-besaran mengguncang rezim yang berkuasa dimana akhirnya Shah Iran melarikan diri ke Mesir pada tahun 1979. Dua Minggu setelah Shah Iran terguling, Khomeini kembali ke Iran dengan penuh kemenangan dan diakui pengikutnya sebagai Pemimpin, dimana kemudian dia menegaskan kekuasaanya dan membentuk iran sebagai negara yang dipimpin oleh seorang pemimpin agama.

Dengan semangat revolusioner yang sangat membara, dia membentuk kelompok yang berasal dari orang-orang sipil dan melengkapinya dengan senjata, kemudian memerintahkan mereka untuk membunuh ratusan partisan Shah yang masih tersisia, dan ia juga membubarkan parlemen yang baru dan semua partai oposisi. Khomeini juga meminta Assembly of Expert (Dewan Ahli) untuk membuat rancangan konstitus Islam.

Pada tanggal 4 November 1979, 500 orang pendukungnya yang berasal dari kalangan pelajar mengambil Kedubes AS dan menyandera sedikitnya 52 orang AS ditempat itu selama setahun. Selama lebih dari satu dekade, Khomeini memperkuat aturan-aturanya. Semua kebijakannya sama dengan kekejaman yang dilakukan Shah Iran, seperti membunuh ratusan pemberontak sekuler yang tersisa.

Khomeini juga menyelanggarakan kampanye untuk menerapkan ajaran Revolusi Islam pada negara-negara muslim lainya. Provokasinya pada Irak di Tahun 1980 telah memicu terjadinya Perang Iran - irak yang menelan jutaan korban jiwa. Perang itu kemudian dihentikan setelah AS ikut campur dengan menenggelamkan kapal-kapal perang Iran di Teluk persia setelah Khomeini menolak segala upaya Damai yang ada.

Dengan keadaan ekonomi yang menurun drastis dan hilangnya generasi muda Iran, rakyat Iran mulai bertanya-tanya apakah Tuhan lupa memberi berkat pada Revolusi mereka. Untuk mengumpulkan para simpatisanya, Khomeini mengeluarkan fatwa yang memerintahkan penulis Salman Rushdie dihukum mati karena telah melecehkan Islam lewat novelnya, th Satanic verses.

Dalam ftwanya, khomeini mengatakan bahwa dia memegang kendali aras semua Muslim di Dunia dan Islam bukanlah sebuah kekuatan kuno yang hanya dihubungkan dengan Arab, tetapi dimanapun Islam ada.

Khomeini meninggal bulan Juni 1989, dia meninggalkan negaranya berada di bawah theokrat yang lain. meskipun demikian, fatwanya terus digunakan sebagau seumber kebenaran Iran dalam berhubungan dngan negara-negara barat.