Indonesia merupakan salah satu negara dengan keanekaragaman suku bangsa terbesar di dunia. Terdapat setidaknya 400 kelompok etnis dalam wilayah negara ini. Sebuah pertanyaan besar adalah dari mana suku-suku ini datang atau siapakah nenek moyang kita? Sebuah lagu memberikan gambaran ringkas: nenek moyangku orang pelaut. Walau begitu, studi antropologi tampaknya berbicara lain.
A. Periode Zaman Es Akhir (20.000 – 14.000 tahun yang lalu)

Leluhur Austro-Melanesia
Periode zaman es ini dikatakan akhir karena Bumi telah melewati tak terhitung masa zaman es dalam sejarah hidupnya. Zaman es terakhir di Bumi terjadi pada masa 20 ribu hingga 14 ribu tahun lalu. Masa dimana para mamuth menguasai Bumi belahan utara.

Dalam masa ini, kutub menjadi lebih dingin dan samudera di sekitar kutub membeku. Pembekuan ini berdampak pada lebih banyak lagi air yang tertarik ke arahnya sehingga menghasilkan pembekuan lebih besar lagi. Karena adanya pembekuan di wilayah kutub-kutub Bumi, volume air di wilayah khatulistiwa berkurang. Akibatnya, dalam masa ini, laut wilayah Indonesia jatuh hingga 135 meter dengan laju penurunan 7-9 mm per tahun. Laju penurunan ini masih diluar persepsi manusia namun dalam jangka waktu panjang dapat terlihat jelas. Dalam 150 tahun misalnya, bibir pantai telah tertarik jauh karena penurunan 1 meter permukaan laut. Di masa ini, Sumatera, Jawa, dan Kalimantan menyatu menjadi satu daratan yang terhubung langsung dengan benua Asia. Daratan ini disebut sebagai Paparan Sunda. Hal yang sama terjadi di wilayah timur tepatnya di Nusa Tenggara. Laut di wilayah mereka jatuh dan membuat wilayah ini menyatu dengan Australia membentuk apa yang disebut sebagai Paparan Sahul.

Paparan Sunda dipagari oleh pegunungan berapi yang ada di pinggiran ujung dekat Samudera Hindia yaitu di Sumatera dan Jawa. Laut Jawa dan Selat Karimata yang mengering berubah menjadi padang rumput terbuka, dataran banjir, dan rawa-rawa. Hutan yang ada tidak terlalu lebat karena iklim cenderung kering akibat penumpukan es yang besar di belahan utara dan selatan Bumi.

Parapan Sunda adalah sebuah daratan yang luas. Sungai-sungai begitu panjang. Sungai Kapuas dan sungai Musi misalnya, bermuara di Laut China Selatan, jauh di utara dekat Vietnam sana. Sementara itu, sungai-sungai dari Jawa dan Kalimantan Tengah dan Selatan bermuara di Laut Flores. Di bagian muara ke Laut Flores, sungai muncul berliku-liku karena platform yang penuh rawa. Wilayah ini penuh dengan reptil seperti ular dan buaya sehingga kemungkinan besar tidak dihuni manusia.

Manusia menghuni wilayah Paparan Sunda yang ada dalam segitiga Sumatera-Jawa-Kalimantan. Masyarakat ini berasal dari daratan benua Asia, masuk lewat Thailand atau Semenanjung Malaya. Mereka menghuni wilayah khususnya di tepian sungai besar. Di sini mereka berburu mamalia, burung, dan ikan dengan alat-alat sederhana seperti tombak kayu dan sebagainya yang termasuk barang-barang dari kayu atau batu yang tidak terlalu keras. Hal ini disebabkan sumber utama batu yang umum digunakan dalam peradaban zaman batu seperti batu untuk bahan dasar kapak, parang, dan mata panah terdapat hanya di satu titik yaitu di daerah Bangka Belitung.

Masyarakat ini disebut masyarakat Austro-Melanesia dan telah hidup di wilayah ini bahkan sebelum zaman es terjadi. Masyarakat Austro-Melanesia ini telah tinggal setidaknya sejak 35 ribu tahun lalu. Jadi leluhur orang Indonesia yang pertama dapat dipandang berasal dari masyarakat Austro-Melanesia ini.

Karena udara yang kering dan banyaknya padang rumput, kebakaran hutan kerap terjadi. Wilayah Kalimantan merupakan wilayah yang paling sering mendapat kebakaran hutan dan Masyarakat Austro-Melanesia yang tinggal di Kalimantan Timur terdorong untuk mengungsi menyeberang ke Sulawesi, tepatnya di Tonasa dan Kapposang.
B. Zaman Es Berakhir (14.000-6.000 tahun yang lalu)
Pada akhir zaman es ini, kutub kembali mencair dan air kembali memenuhi lautan yang kering. Air laut yang memasuki Paparan Sunda dan memisahkan Kalimantan dengan Sumatera dan Jawa yang masih menyatu dan akhirnya terpisah oleh Selat Sunda. Masyarakat Austro-Melanesia yang tinggal di Paparan terpaksa menyebar ke dalam tiga arah. Ke Sumatera di Barat mereka menjadi leluhur Batak dan Minang. Ke Jawa di Selatan mereka menjadi leluhur orang Sunda dan Jawa. Ke Kalimantan di timur, mereka menjadi leluhur orang Dayak. Mereka masuk ke pulau-pulau baru ini lewat sungai-sungai besar. Mereka pada umumnya tinggal di gua-gua besar di pegunungan seperti di wilayah Bandung, Yogyakarta, dan Kalimantan Timur. Ketika jumlah populasi telah besar, gua tidak cukup menampung, dan mereka menyebar ke sekeliling. Indonesia dipenuhi hutan lebat karena masuknya nutrisi dari kutub dan berubahnya iklim menjadi lebih hangat.
Dalam suatu masa di akhir zaman es ini, sekelompok masyarakat pelaut dari Taiwan datang ke Indonesia. Di katakan masyarakat pelaut karena mereka datang dengan melindasi perairan selat antara Taiwan, kepulauan Philipina, dan Laut Sulawesi. Mereka datang ke Indonesia dalam tiga aliran. Aliran pertama berpisah di Pulau Palawan Philipina mengambil jalur ke Sabah di Kalimantan. Mereka berasimilasi dengan masyarakat Austro Melanesia yang telah ada lebih dahulu sehingga masyarakat Dayak yang ada sekarang dapat dipandang sebagai campuran antara Austro-Melanesia dan orang pelaut ini.

Gelombang kedua berpisah dengan aliran ketiga di wilayah Sangir Talaud. Dari Mindanau mereka menyeberang ke Sangir Talaud lalu mengambil dua arah. Arah pertama menuju ke Sulawesi Utara terus ke selatan memenuhi seluruh Sulawesi seperti Buton dan Bugis. Masyarakat pelaut yang mencapai wilayah Sulawesi Selatan berasimilasi dengan penduduk Austro-Melanesia yang telah lebih dahulu hadir dari Kalimantan. Mereka dapat dipandang sebagai leluhur Bugis. Karena konflik, kompetisi, atau letusan gunung, mereka meneruskan perjalanan dari Sulawesi menuju Takabonerate, menyeberangi Laut Flores, dan tiba di Nusa Tenggara, tepatnya di Flores. Flores merupakan wilayah yang sering diterjang tsunami dan kemungkinan ini pula yang mendorong mereka untuk menyeberang lebih jauh ke selatan yaitu ke Pulau Sumba dan ke Timor.

Arah kedua menyeberang ke Halmahera menuju ke Papua. Mereka pertama mendarat di wilayah Papua Utara. Papua Utara dan Selatan dihalangi oleh Pegunungan Jayawijaya yang tinggi dan tertutup salju. Seiring semakin menghangatnya iklim, salju tertarik menuju puncak dan jalan lembah menuju ke selatan terbuka. Mereka sebagian menyeberang ke selatan dan memenuhi Papua Selatan. Menariknya catatan prasejarah mengenai penemuan cara membuat api ditemukan di Danau Hogayaku, Papua dan berasal dari 14 ribu tahun yang lalu.
C. Zaman Resen (6.000 tahun yang lalu – sekarang)

Pada zaman ini, relatif seluruh pulau besar di Indonesia telah berpenghuni. Masyarakat pelaut dan Austro-Melanesia telah berasimilasi sehingga membentuk berbagai kebudayaan unik di seluruh penjuru Nusantara. Penyebaran ini didukung oleh teknologi pelayaran yang baik. Sebagian dari masyarakat pelaut menyebar hingga ke Australia dan berasimilasi dengan penduduk Aborigin yang telah tinggal lama di sana, mungkin juga berasal dari Austro-Melanesia. Mereka juga menyebar ke Selandia Baru dan mungkin menjadi leluhur orang Maori. Ke Barat, mereka menyeberang hingga ke Afrika Timur. Di Madagaskar misalnya, ditemukan bahasa yang memiliki kemiripan dengan bahasa daerah salah satu etnik Dayak di Kalimantan. Diduga masyarakat Dayak telah menyebar dan mengkoloni Madagaskar sejak abad ketiga SM.

Masyarakat Dayak yang tinggal di pesisir Kalimantan (Barat dan Utara) pada masa 1500 tahun lalu menjadi leluhur orang Melayu di Sumatera dan Semenanjung Malaya. Mereka menyeberang karena didorong oleh perdagangan dan teknologi pelayaran yang cukup maju.