semula nya Stasiun lempuyangan di resmikan pada 2 maret 1872 oleh pemerintah Hindia Belanda. peresmian stasiun itu menjadi tonggak hadir nya trasnportasi kereta api pertama di wilayah yogyakarta. saat didirikan stasiun lempuyangan hanya melayani rute Yogyakarta - Semarang.

sejarah berdiri nya stasiun lempuyangan berawal dari sebuah perusahhan KA Swasta belanda yang bernama NV nederlandsch - indische spoorweg Maatschaappij atau NISM. sat itu perusahaan kereta swasta ini telah membuka membangun jaringan rel sepanjang 26 kilomete untuk melayani rute kemijen,, semarang - tanggung dan grobogan. setelah beberapa waktu beroperasi, NISM terus merugi hingga akhir nya meminta pemerintah hindia belanda melanjutkan pembangunan rel sepanjang 166 km menuju Yogyakarta. dalam pemabangunan jaringan rel inilah, STasiun Lempuyangan turut di bangun sebagai salah satu stasiun.

Pembangunan rel tersebut di resmikan dan di sahkan oleh pemerintah hindia belanda dengan mengeluarkan undang-undang pemabngunan jalan KA di pulau jawa. saat ini, Stasiun Lempuyangan di kelola PT.KAI (daop) 6 Yogyakarta.