Perahu Kertas berkutat pada kisah percintaan unik antara Kugy dan Keenan. Kugy adalah seorang gadis tomboy, periang, dan yang percaya bahwa dirinya adalah agen Dewa Neptunus. Kugy selalu memiliki "ritual" unik, yaitu menulis setiap curahan hatinya ke selembar kertas, yang lalu dibuatnya menjadi perahu untuk kemudian dihanyutkan ke air. Meskipun sekilas dia gadis periang yang slenge'an, namun dia memiliki pandangan hidup yang cenderung filosofis.

Keenan adalah seorang pemuda cerdas yang memiliki mimpi menjadi pelukis handal. Namun, mimpinya ditentang oleh orangtua karena pengalaman masa lalu. Kugy dan Keenan kemudian bertemu dalam kejadian tidak terduga lewat temannya, Noni dan Eko.

Kugy yang bercita-cita jadi penulis dongeng merasa memiliki banyak kesamaan dengan Keenan. Namun, hubungan mereka tidaklah mulus. Banyak aral melintang di antara hubungan mereka. Sesuatu yang akan membawa mereka ke suatu pendewasaan dan pemikiran yang melibatkan banyak hati.