Namun situasi berubah ketika masa aksi yang terdiri atas aliaansi mahasiswa tersebut dihalau oleh polisi. Oleh karena itu beberapa perwakilan masa aksi tersebut berusaha berdialog dengan polisi. Polisi saat itu diwakili oleh Kapolres Metro Jakarta Barat yang dipimpin oleh Latkol (pol) Timur Pradopo dan Kodim jakarta barat diwakili oleh Letkol (inf)  A Amril sedangkan dari pihak mahasiswa ikut juga berunding dekan fakultas hukum Trisakti, Adi Andojo menyepakati mahasiswa untuk mundur ke dalam kampus Trisakti sedangkan polisi juga mundur dari kampus. Namun beberapa kali antara polisi dengan masa aksi terlibat gesekan-gesekan yang mengakibatkan terjadinya pelemparan batu dari dalam kampus ke arah polisi sedangkan polisi menembakan gas air mata dan mengejar mahasiswa sampai masuk ke dalam kampus. Hal ini sangat ditentang oleh masa aksi yang beranggapan kampus bukan ranahnya polisi untuk mengejar dan menangkapi aksi damai. Situasi semakin tidak terkendali ketika masa aksi melakukan perlawanan sampai ahirnya aparat yang berjaga mulai menembaki masa aksi. Kali ini bukan dengan gas air mata namun dengan peluru tajam, mahasiswa lari menyelamatkan diri dan situasi semakin kacau ketika tembakan yang dikeluarkan tersebut memakan korban jiwa. Korban adalah masa aksi yang berasal dari Universitas Trisakti antara lain mereka Elang Mulia Lesmana, Hafidin Royan, Heri Hartanto, dan Hendriawan Sie serta puluhan korban luka-luka diakibatkan dari pukulan aparat. Kebanyakan dari korban dilarikan ke Rumah sakit Sumber Waras. Dikemudian hari, diketahui bahwa dari uji forensik terhadap salah satu korban atas nama Heri Hartanto tewas diakibatkan terjangan peluru kaliber 5,56 yang berasal dari senjata berjenis Steyr yang biasa dipakai oleh Brimob maupun Kopassus.





            Mereka yang tewas segera menjadi martir dan menbakaar semangat anti-Pemerintahan dan juga menimbulkan ketidakpuasan terhadap ABRI yang dinilai represif. Tragedi tersebut memicu serangkaian aksi yang menyebabkan terjadinya kerusuhan lebih besar yang melumpuhkan Jakarta. Di jalanan jakarta terjadi aksi untuk menuntut presiden suharto untuk turun dari jabatannya. Rakyat merasa tidak puas lagi dan tidak percaya terhadap pemerintahan yang mengakibatkan gelombang demonstrasi yang di pelopori oleh mahasiswa. Akibat besarnya aksi yang terjadi di jakarta, pemerintah berkoordinasi dengan Panglima ABRI untuk menerjunkan pasukan pengamanan untuk mengatasi keamanan di Ibukota. ABRI yang terdiri dari kesatuan teritorial seperti Kodam dan Polda Metro jaya diterjunkan. Dari Militer diterjunkan pasukan anti huru hara yang bersenjatakan pentungan rotan serta tameng dan baju anti huru hara sedangkan pihak Polda menerjunkan pasukan Pelopor yang dilengkapi dengan kendaraan penghalau masa serta pasukan bermotor untuk memecah masa pasukan ini juga dilengkapi dengan senjata laras panjang yang berpeluru karet.





Namun dengan semakin banyaknya personel aparat yang diterjunkan, amarah rakyat semakin besar dan masa yang turun ke jalan semakin banyak jumlahnya yang mengakibatkan aparat gabungan ABRI yang berasal dari satuan Polda dan Kodam setempat kualahan. Untuk itu dibentuk Komando operasi yang dipimpin oleh Pangdam Jaya Mayjen Sjafrie Sjamsoedien dan wakilnya Kapolda Metro Jaya Mayjen (pol) Hamami Nata. Komando operasi ini bertujuan untuk mengkondusifkan kawasan ibukota dengan menghalau aksi masa dengan strategi yang direncanakan dengan skala operasi militer. Awalnya Sjafrie menempatkan 60 SSK (satuan setingkat kompi) namun karena dirasa kurang jumlahnya ditingkatkan menjadi 112 SSK dan selanjutnya pada 14 mei kembali meningkat menjadi 142 SSK atau berjumlah 14.200 personel. Dari sejumlah pasukan tersebut bukan hanya dari unsur pasukan teritorial Kodam Jaya namun juga terdiri atas unsur satuan tempur seperti batalyon Infantri, pasukan Arhanud,  kopassus, Kostrad, serta Marinir sedangkan dari Polri menerjunkan pasukan Brimob bersenjatakan senjata penghalau masa berupa gas air mata serta senjata laras panjang.





            Hal tersebut bukannya semakin membuat kondisi berangsur stabil namun malah menambah amarah rakyat terutama ketika ABRI muali mengerahkan kendaraan lapis baja dengan status siap tempur ke dalam ibukota. ABRI beranggapan langkah tersebut perlu untuk ‘mengamankan objek vital dan meredam kerusuhan’. Langit ibukota di jaga oleh helikopter militer dan polisi yang memiliki penembak dengan senjata terkokang. Walaupun dari pihak ABRI menegaskan pasukan pengamanan yang diterjunkan hanya berpeluru karet, peluru kosong, dan peluru gas air mata namun kenyataannya dilapangan ditemukan aparat dengan peluru tajam. Bukan hanya itu, melalui beberapa penuturan saksi mata ada beberapa anggota militer yang menyamar dan melakukan beberapa provokasi dan penculikan ditengah-tengah kerusuhan. Pasukan ini sering disebut sebagai pasukan siluman karena mereka akan dengan cepat menghilang ketika kerusuhan mulai meletus. Disinyalir kelompok inilah yang menyulut kerusuhan dan memprovokasi warga masyarakat supaya melakukan kerusuhan. Setelah kerusuhan terjadi pasukan anti huru hara akan datang dan memadamkan kerusuhan dengan cepat dan menangkapi provokator yang dianggap bertanggung jawab.





            Namun, dari jumlah pasukan yang disiagakan dalam jumlah besar tersebut gagal untuk menghalau aksi masa pada saat melakukan penjarah dan kerusuhan di seantero jakarta. 13 Mei 1998 Jakarta mencekam terjadi kerusuhan dimana mana, Jakarta berkobar dan benar-benar terbakar, kerusuhan, penajarahan, pembakaran toko, perkantoran bahkan Yogya Depatement Store terhabakar habis, Supermarket Hero, Super Indo, Makro, Goro, Ramayana dan Borobudur , sekitar 500 orang meninggal dunia terpanggang hidup2, pekerkosaan terhadap wanita. Konflik terjadi semakin tajam ketika terjadi konflik horizontal yang menyasar etnis Tionghoa dan persekusi terhadap masyarakat etnis tionghoa. Terjadi penyerangan terhadap hunian dan kawasan pertokoan Tionghoa yang mencerminkan gagalnya pasukan pengamanan yang diterjunkan dan gagalnya operasi yang digalakkan oleh ABRI. Terjadi eksodus besar-besaran keluar dari Indonesia untuk menyelamatkan diri karena dinilai Indonesia tidak lagi aman dan kondusif. Selain jakarta terjadi juga kerusuhan di Solo dan Medan.





            Aparat yang berjaga mulai melakukan tindakan represif dengan menghalau gerombolan masa yang terkonsentrasi. Pasukan bersenjata pentungan dan tameng melakukan serangan brutal terhadap konsentrasi masa. Beberapa pasukan yang diperkirakan anggota Brimob melepaskan tembakan-tembakan dengan senapan laras panjang ke arah konsentrasi masa. Pasukan bermotor trail mulai merangsek masuk ke konsentrasi masa untuk memecah kumpulan masa yang tertahan. Kondisi lebih kacau ketika masa aksi merangsek maju melakukan pelawan yang menyebabkan aparat beberapa kali harus mundur namun ahirnya masa berhasil dipukul mundur. jakarta dijadikan sebagai daerah operasi militer yang menyebabkan jakarta lumpuh bahkan setelah berminggu-minggu setelah kejadian. Mobil terbakar, gedung hangus, korban, dan beberapa kawasan lingkungan hancur menjadi pemandangan yang jamak ditemui di jakarta masa itu.





            Tuntutan masa yang menginginkan mundurnya presiden suharto untuk mundur ahirnya dikabulkan ketika MPR melakukan sidang istimewa yang memutuskan untuk melengserkan Presiden Suharto dan Presiden Suharto setuju untuk mundur dari jabatannya. Setelah mundurnya Suharto dari tampuk kekuasaan, kondisi jakarta berangsur-angsur pulih dimana sudah tidak ada konsentrasi masa dan rakyat menunggu pemerintahan transisi terbentuk. Untuk sementara pasukan tetap berjaga di kawasan ibukota untuk menjaga kestabilan porses transisi kekuasaan. Pimpinan ABRI baik Polisi maupun Militer tidak mendapatkan apresiasi dari rakyat karena aksi-aksi yang dilakukan justru merugikan rakyat dan menimbulkan korban jiwa. Tidak ada satupun pimpinan ABRI baik polisi maupun militer yang diadili atas terjadinya kerusuhan di daerah operasi tersebut. Padahal, kerusuhan terjadi bahkan ketika pasukan operasi sudah diterjunkan yang mengindikasikan gagalnya operasi dalam hal pengamanan ibukota. Kerusuhan menimbulkan korban jiwa sebanyak 1.190 orang yang mati hangus terbakar, 27 orang dengan luka tembakan, dan melukai sedikitnya 91 orang serta pemerkosaan perempuan etnis Tionghoa maupun non Tionghoa yang menimbulkan trauma. Seharusnya dengan adanya operasi yang diadakan oleh BARI dapat meminimalisir terjadinya kerusuhan atau bahkan memadamkan sebelum terjadinya kerushan yang meluas. Beberapa nama yang diduga menjadi aktor kerusuhan malah terbebas dari tuntutan malah memiliki karir yang cemerlang sesudah kejadian tersebut.





            Pangdam jaya, Sjafrie Sjamsudin yang menjadi komandan operasi gagal tersebut tidak dikenai tuntutan apapun namun malah memiliki karir yang cemerlang. setelah kerusuhan, Sjafrie dipindahkan ke Mabes TNI sebagai Asisten Teritori Kasum TNI. Kariernya pelan-pelan naik, menjadi Staf Ahli Polhukam Panglima TNI, Kapuspen TNI pada 2002, dan Sekjen Dephan pada 2005. Masih pada tahun 2005, di era Presiden Yudhoyono, Sjafrie naik pangkat dari Mayjen menjadi Letjen. Kariernya tetap mulus. Bajkan pada masa setelah reformasi masih aktif berpolitik di kabncah nasional.


Wakil komandan operasi, kapolda Metro jaya, Hamami Nata juga berada di posisi yang aman dan tidak sekalipun diusut atas keterlibatannya dalam meletusnya kerusuhan tersebut. Hamami kemudian pindah jabatan menjadi Koordinator Staf Ahli Kapolri. Pada 1999, Hamami pindah jabatan menjadi Gubernur Akademi Polisi hingga tahun 2000. Ia kemudian kembali menjadi staf ahli Kapolri. Setelah itu Hamami memutuskan pensiun tanpa pernah ada kenaikan pangkat. Hamami mangkat pada tahun 2003.





            Kapolres metro jakarta barat, Timur Pradopo yang pada saat itu terjun langsung dilapangan seharusnya dapat mengendalikan situasi di lapangan tanpa perllu mkerembet ketingkat nasional. Timur melakukan perundingan dengan mahasiswa namungagal mengendalikan anggotanya sehingga terjadi kasus penembakan mahasiswa Trisakti yang menjadi pangkal masalah kerusuhan mei ’98. Namun  hal ini tidak pernah diusut lebih jauh yang menyebabkan karir Timur tetap berjalan bahkan cemerlang. Pada 2008, ia dipercaya menjadi Kapolda Jabar, kemudian Kapolda Metro Jaya pada 2010. Masih di tahun yang sama, kariernya langsung meroket. Pada 8 Juni menjadi Kapolda Metro Jaya, pada 7 Oktober menjadi Kepala Badan Pemelihara Keamanan Polri, dan 22 Oktober menjadi Kapolri. Pangkatnya jenderal.





            Ketiga nama diatas hanyalah aktor lapangan, namun ada dua nama lainnya yang dianggap sebagai Mastermindyaitu Mentri Pertahanan dan kemanan Wiranto yang menjadi penanggungjawab atas serangkaian kekacauan yang diakibatkan oleh jajaran ABRI seharusnya menjadi kegagalannya sebagai mentri saat itu dan harusnya diusut. Selain itu ada nama Prabowo Subianto selaku Panglima Kostrad yang bertanggung jawab atas terbentuknya Tim Mawar yang emlakukan penculikan dan penghilangan paksa aktivis serta diduga otak serangkaian aksi provokasi-provokasi dimasyarakat. Seperti yang diketahui, hanya Prabowo Subianto saja yang dipecat dari jabatannya sebagai bentuk tanggung jawabnya. Namun Prabowo juga beranggapan bahwa dari struktur komando Wirantolah yang bertanggung jawab karena merupakan atasan Prabowo. Namun argumentasi tersebut tidak pernah dibuktikan dan keduanya tetap aktif di dalam kancah perpolitikan bahkan sampai saat ini tanpa pernah menjalani hukuman.






SUMBER :
SUMBER 1
SUMBER 2
SUMBER 3
SUMBER 4