Sumber sejarah yang memuat nama Rakai Panunggalan hanya dapat ditemui pada Prasasti Matyasih, yang menyebutkan nama Çri Mahǎrǎja Rakai Panunggalan pada urutan ketiga penguasa Kerajaan Medang. Namun pada Prasasti Wanua Tengah III, yang berada pada urutan ke-3 adalah Rakai Panaraban yang memerintah pada tahun 784 – 803 M. Selain itu pada rentang tahun masa kekuasan Rakai Panaraban, terdapat tokoh lain yang juga diidentifikasikan sebagai Rakai Panunggalan/Rakai Panaraban, yaitu Dharanindra. Nama Dharanindra dapat ditemukan didalam Prasasti Kelurak (782), yang dimana dalam Prasasti Kelurak ini Dharanindra dipuji sebagai “Wairiwarawiramardana” (Penumpas Musuh-Musuh Perwira). Julukan tersebut mirip dengan yang disebutkan oleh Prasasti Nalanda, yaitu “Sri Wirawairimathana” (pembunuh pahlawan musuh), serta Prasasti Ligor B, yaitu “Sarwwarimadawimathana” (pembunuh musuh-musuh yang sombong).

Slamet Muljana menganggap ketiga julukan tersebut adalah merupakan sebutan untuk orang yang sama, yaitu Dharanindra. Didalam Prasasti Nalanda, disebutkan bahwa “Wirawairimathana” memiliki putera yang bernama Samaragrawira, ayah dari Balaputradewa yang merupakan raja dari Kerajaan Sriwijaya. Sehingga dengan kata lain Balaputradewa adalah merupakan cucu dari Dharanindra. Sementara itu pada Prasasti Ligor B yang memuat istilah “Sarwwarimadawimathana”, George Cœdès berpendapat bahwa prasasti tersebut dikeluar-kan oleh Sri Maharaja Wisnu, yang merupakan Raja Sriwijaya. George Cœdès beranggapan bahwa Prasasti Ligor B ini adalah lanjutan dari Prasasti Ligor A, yang berangka tahun 775 M. Namun Slamet Muljana berbeda pendapat mengenai hal tersebut, karena menurutnya hanya Prasasti Ligor A saja yang ditulis tahun 775 M, sedangkan Prasasti Ligor B ditulis sesudah Kerajaan Sriwijaya jatuh ke tangan Wangsa Sailendra. Berikut ini adalah beberapa point sumber sejarah yang memuat informasi tentang Rakai Panunggalan, Rakai Panaraban, dan Dharanindra, yaitu sebagai berikut:

Mengenai Rakai Penunggalan, Rakai Panaraban, dan Dharanindra ini, terdapat beberapa teori dan pendapat yang dikemukakan oleh para arkeolog, yaitu sebagai berikut:

Dari pendapat yang telah penulis jabarkan diatas, penulis kemudian mencoba melakukan rekonstruksi sejarah mengenai Rakai Panunggalan atau Dharanindra ini, dengan mengumpulkan berbagai macam sumber lainnya, yaitu sebagai berikut:

Pada tahun 668 Çaka, bulan Asuji, tanggal 15 Paroterang, hari Salasa Pahing Paningron (4 Oktober 746 M), Rakai Panangkaran naik tahta menggantikan Rakai Mataram Sang Ratu Sanjaya, yang meninggal akibat menjalani ritual yang sangat berat atas saran Sang Guru, Resi Brahmana pemuja Siwa. Akibat kematian Sanjaya inilah kemudian Rakai Panangkaran berpindah keyakinan menjadi penganut agama Buddha Mahayana dan memindahkan pusat kerajaannya ke arah timur.
Peristiwa tersebut kemudian diabadikan oleh Rakai Panangkaran dengan membuat Prasasti Raja Sankhara (778). Setelah naik tahta, Rakai Panangkaran kemudian mengangkat sang putera mahkota yang bernama Indra atau Dharanindra, menjadi raja muda di daerah Panunggalan, sehingga disebut dengan nama Rakai Panunggalan. Pada tahun 750 M, seorang pemuka agama yang bernama Bhanu, atas persetujuan dari Siddhdewi yang penulis anggap sebagai permaisuri dari Rakai Panangkaran, telah memberikan anugerah sima kepada Desa Hampran. Rakai Panangkaran sendiri kemudian menganugerahkan sawah milik kerajaan (sawah haji lān) di Wanua Tengah, Watak Pikatan kepada bihāra di Pikatan. Luas sawah tersebut sisi utara memanjang ke timur 182 dpa sihwā, sisi selatan memanjang ke timur 162 dpa sihwā, sisi timur memanjang ke utara 160 dpa sihwā, sisi timur memanjang ke utara 160 dpa sihwā, sisi barat memanjang ke selatan 162 dpa sihwā, dan benihnya 3 tū.

Pada periode tahun 750 - 770 M, pengaruh Kerajaan Sriwijaya yang berkuasa dan menguasai Swarnadwipa dan Jawadwipa sudah mulai kehilangan pengaruhnya akibat konflik perebutan kekuasaan yang terjadi di internal kerajaan. Melihat kondisi Kerajaan Sriwijaya yang sudah melemah akibat kudeta yang dilakukan Rudra Vikrama terhadap Indrawarnam, Rakai Panangkaran kemudian memerintahkan putera mahkotanya, Dharanindra yang berkedudukan di panunggalan untuk berangkat menuju Swarnadwipa untuk menaklukkan Kerajaan Sriwijaya dan memperluas pengaruh Medang hingga ke wilayah Kamboja. Sekitar tahun 750 - 775 M, Dharanindra telah berhasil menaklukkan Kerajaan Sriwijaya, dan terus menaklukkan wilayah-wilayah lainnya di Swarnadwipa hingga kemudian mencapai Ligor. Pada tahun 775 M, Ligor berhasil ditaklukkan oleh Dharanindra, dan kemudian di buatlah Prasasti Ligor A (775) sebagai tanda penguasaan Kerajaan Medang terhadap Ligor.

Pada saat menguasai Ligor, Dharanindra ini masih berstatus sebagai raja bawahan sekaligus putera mahkota Kerajaan Medang, oleh sebab itulah di Prasasti Ligor A ini, Dharanindra hanya menyebutkan dirinya sebagai Raja Swarnadwipa (karena sebelumnya telah menaklukan sriwijaya dan wilayah Swarnadwipa lainnya), bukan Sri Maharaja. Setelah menguasai Ligor, Dharanindra ini kemungkinan besar memerintah di Kerajaan Sriwijaya. 3 tahun setelah penaklukan Ligor, tepatnya pada tahun 778 M, Dharanindra yang masih berada di Swarnadwipa mengutus guru-guru agamanya untuk menghadap Sri Maharaja Rakai Panangkaran untuk meminta dan membujuk Sri Maharaja untuk mendirikan bangunan bagi Dewi Tara. Berita ini tercantum pada Prasasti Kalasan, dan pada prasasti tersebut Dharanindra disebut sebagai Śailendravamsatilaka (Permata Wangsa Śailendra). Setelah menyetujui permohonan tersebut, Rakai Panangkaran kemudian mengeluarkan Prasasti Raja Sankara untuk mengenang alm, ayahnya (Sanjaya) dan proses perpindahkeyakinannya dari Siwa ke Buddha. Berselang 4 tahun setelah permohonan tersebut, pada tahun 782 M, Dharanindra dipanggil kembali ke Jawadwipa untuk mempersiapkan dirinya menaiki tahta kerajaan. Setelah kembali ke Jawadwipa, Dharanindra kemudian memerintahakan Pendeta Kumaragosha untuk mendirikan bangunan suci untuk Arca Manjusri dan memerintahkan Sri Dharmasetu untuk menjaga bangunan suci tersebut. Berita ini tercantum pada Prasasti Kelurak, dan pada prasasti tersebut Dharanindra disebut sebagai Wairiwarawiramardana (Penumpas Musuh-Musuh Perwira).

Pada tahun 784 M, Sri Maharaja Rakai Panangkaran turun tahta untuk menjadi pendeta (Lengser keprabon, madeg pandito) dan kemudian digantikan anaknya Dharanindra dengan gelar abhisekanya Sri Maharaja Rakai Panunggalan. Setelah Dharanindra naik tahta, ekspansi Kerajaan Medang tidak berhenti di Ligor namun terus bergerak kearah utara sehingga pada tahun 787 M, ekspansi Medang di bawah pemerintahan Dharanindra berhasil menguasai Kamboja serta berhasil menahan Jayawarman II yang kemudian dibawa ke Istana Medang di Jawa. Setelah berhasil menaklukkan Kamboja, Dharanindra menambahkan tulisan di sisi lain Prasasti Ligor A, yang disebut Prasasti Ligor B. Pada Prasasti Ligor B ini, Dharanindra menyebutkan dirinya sebagai Wisnu yang bergelar Sri Maharaja.

Namun penguasaan Medang terhadap Kamboja tidak berlangsung lama, karena pada tahun 802 M, Kamboja dapat melepaskan diri dari kekuasaan Medang, dan kemudian mendirikan kerajaan yang merdeka, yaitu Kerajaan Khamer dengan rajanya yang bernama Jayawarman II. Pada tahun 792 M. Rakai Panangkaran yang telah menjadi pandito mendirikan bangunan suci untuk Avalokiteśvara (Prasasti Abhayagiri Wihara), dan kemudian meninggal ditahun yang sama. Pada Prasasti Manjusrigrha (792), disebutkan bahwa adanya penyempurnaan Prasada yang bernama Wajrasana Manjusrigrha oleh Māyaka Diraṇḍalūrawaŋ untuk dipersembahkan kepada Sri Nareswara (raja), yang telah menjelma ke alam kedewataan (meninggal dunia). Kemungkinan besar penyempurnaan Prasada yang bernama Wajrasana Manjusrigrha ini dilakukan atas perintah Dharanindra untuk alm. Ayahnya, Rakai Panangkaran. Penulis sendiri memperkirakan bahwa Rakai Panunggalan ini meninggal pada tahun 803 M, karena pada tahun tersebut Rakai Warak dyah Manara telah menaiki tahta Kerajaan Medang.