Berdasarkan legenda yang beredar di kepulauan, Pulau Karimunjawa ditemukan oleh Sunan Muria. Legenda itu berkisah tentang Sunan Muria yang prihatin atas kenakalan putranya, Amir Hasan. Dengan maksud mendidik, Sunan Muria kemudian memerintahkan putranya untuk pergi ke sebuah pulau yang nampak "kremun-kremun" (kabur) dari puncak Gunung Muria agar si anak dapat memperdalam dan mengembangkan ilmu agamanya. Karena tampak "kremun-kremun" maka dinamakanlah pulau tersebut Pulau Karimun.

Di karimun jawa anda akan menemui beragam tumbuhan ciri khas yaitu :

• Dewodaru (Crystocalyx macrophyla)
  
• Algae yang terdiri dari tiga kelompok yaitu algae hijau, algae coklat, dan algae merah.
  
• Hutan pantai dan hutan mangrove dicirikan dengan adanya ketapang (Terminalia cattapa),
  
• Cemara laut (Casuarina equisetifolia),
  
• Jati pasir (Scaerota frustescens),
  
• Setigi (Strebus asper),
  
• Waru laut (Hibiscus tiliaceus), dan
  
• Bakau hitam (Rhizophora mucronata).
  

Sebagai pesona bawah laut karimunjawa menawarkan terumbu karang dan berbagai macam biota laut nan indah, jenis yang ada :

• Terumbu karang pantai/tepi (fringing reef),
  
• Terumbu karang penghalang (barrier reef) dan beberapa taka (patch reef).
  

Kekayaan jenisnya mencapai 51 genus, lebih dari 90 jenis karang keras dan 242 jenis ikan hias. Dua jenis biota yang dilindungi yaitu akar bahar/karang hitam (Antiphates spp) dan karang merah (Tubipora musica). Biota laut lainnya yang dilindungi seperti kepala kambing (Cassis cornuta), triton terompet (Charonia tritonis), nautilus berongga (Nautilus pompillius), batu laga (Turbo marmoratus), dan 6 jenis kima.

Keanekaragaman satwa darat di taman nasional ini tidak terlalu tinggi dibandingkan dengan satwa perairan. Satwa darat yang umum dijumpai antara lain rusa (Cervus timorensis subspec), kera ekor panjang (Macaca fascicularis karimondjawae); 40 jenis burung seperti pergam hijau (Ducula aenea), elang laut perut putih (Haliaeetus leucogaster), trocokan/merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier), betet (Psittacula alexandri), penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), dan ular edhor. Burung elang laut perut putih merupakan satwa yang terancam punah di dunia.

Karimunjawa berpenduduk lebih dari 8.000 jiwa di lima pulau yang berpenghuni. Tiga suku utama yang menghuni Karimunjawa adalah suku Jawa yang bertani dan memproduksi alat kebutuhan rumah tangga, suku Bugis yang adalah pelaut andal sehingga berprofesi sebagai nelayan, dan suku Madura yang juga berprofesi sebagai nelayan tetapi memiliki kelebihan membuat ikan kering.

Melalui Jepara
Jika Anda dari Jepara, Anda dapat memilih kapal cepat KAPAL EXPRESS BAHARI, KMC KARTINI, atau fery KMP MURIA. Jika menggunakan kapal very membutuhkan kira-kira 6 jam perjalanan. Berangkat 2 hari sekali, sedangkan KMC KARTINI sekitar 3 jam dan Sekitar 2jam jika memilih EXPRESS BAHARI.
Melalui Semarang
Melalui Pelabuhan Tanjung Emas Semarang tersedia KMC KARTINI. Perjalanan dari Semarang ke Karimunjawa membutuhkan waktu sekitar 3,5 – 4 jam.
Melalui Udara
Selain laut, jika Anda yang memiliki dana lebih, tersedia pesawat kecil berkapasitas 6 orang dari Bandara A. Yani Semarang dengan tujuan Bandara Dewa Daru di Pulau Kemujan.
Melalui udara, Anda bisa menikmati keindahan alam Karimunjawa dari ketinggian sebelum mendarat. PMembutuhkan waktu sekitar 30 menit untuk sampai di karimunjawa, ongkos carternya per jam Rp. 1,750,000
Namun jika anda ingin tour anda aman kami menyediakan paket tour, silahkan pilih paket yang sesuai dengan kebutuhan anda.

Berikut Beberapa Gambar Transportasi kekarimunjawa :

KMP MURIA (Kapal ferry)


KMC KARTINI (Kapal Cepat)


EXPRESS BAHARI (Kapal super cepat)


PESAWAT