1. Jika manusia berevolusi dari monyet, mengapa masih ada monyet? Atau mengapa monyet tersebut tidak berevolusi menjadi manusia?

Manusia tidak berevolusi dari kera/monyet, melainkan monyet/kera dan manusia sama-sama berevolusi dari nenek moyang yang sama, yang hidup jutaan tahun yang lalu. Begitu juga dengan hewan-hewan dan tumbuhan lainnya, kita semua sama-sama berevolusi dari common ancestor (nenek moyang yang sama). Karena proses evolusi membutuhkan waktu miliaran tahun maka waktu hidup kita yang hanya rata-rata 60 tahun ini terlalu pendek untuk dapat menyaksikan proses ini. Oleh karena itulah ilmuan pergi menggali fosil di seluruh dunia untuk menemukan tulang belulang nenek moyang kita yang sudah punah tersebut. Dari situlah ditemukan bahwa pada lapisan-lapisan bumi yang lebih tua, terdapat fosil-fosil makhluk hidup yang telah punah, terlihat jelas transisi dari makhluk yang lebih sederhana (mikroorganisme) menuju yang lebih kompleks. Misalnya, pada lapisan bumi yang paling awal (cambrian dan pre-cambrian), tidak ada ditemukan fosil-fosil makhluk hidup yang bertulang belakang (vertebrata), fosil-fosil makhluk hidup bertulang belakang ditemukan pada lapisan-lapisan bumi yang lebih muda. Fosil-fosil hewan bertulang belakang pun tidak langsung muncul semua, terdapat tahapan; pada lapisan bumi yang lebih tua, hanya ditemukan fosil-fosil ikan, lalu menuju lapisan bumi yang lebih muda ditemukan fosil reptil, lalu dinosaurus, mamalia, burung, dan kemudian manusia pada lapisan-lapisan bumi yang termuda. Itulah mengapa pakar biologi ada yang mengatakan, “Jika ingin membuktikan teori evolusi itu salah maka temukanlah fosil kelinci pada era cambrian—di mana hanya di temukan fosil invertebrata (Makhluk tak bertulang belakang).”

Jika ada satu saja fosil yang ditemukan pada urutan waktu geologis yang salah maka teori evolusi akan diakui salah. Tapi bukti ilmiah semakin hari semakin mendukung teori evolusi. Catatan fosil selalu membenarkan perubahan bertahap dari simple ke kompleks. Tetapi ini bukan berarti evolusi selalu menunjukkan transisi spesies dari yang paling sederhana menjadi lebih kompleks, dalam beberapa kasus ini dapat terjadi sebaliknya.

2. Banyak gap atau missing link pada catatan fosil.

Faktanya, ada banyak intermediate fosil (fosil makhluk yang mempunyai ciri-ciri transisional), seperti Archaeopteryx, fosil burung tertua yang memiliki kerangka reptil, tapi berbulu khas burung. Therapids, adalah intermediate antara reptil dan mamalia. Tiktaalik, adalah intermediate dari ikan ke amphibi. Dalam evolusi manusia, ada lebih banyak lagi fosil. Mengingat betapa sulitnya sebuah tumbuhan atau hewan untuk terfosilisasi, kepemilikan sekian banyak fosil mereka adalah pencapaian yang luar biasa. Karena hewan/tumbuhan itu harus mati dan terkubur di tanah atau lumpur tertentu, yang kelak akan berubah menjadi batu sedimen, yang akan membentuk replika hewan yang terkubur di dalamnya, itulah fosil. Lapisan batu sedimen ini pun harus mengalami beberapa proses geologis selama jutaan tahun yang akan mengangkatnya dari dasar laut atau tanah sehingga dapat ditemukan oleh para peneliti. Penting untuk dipahami bahwa Meneliti asal muasal makhluk hidup adalah seperti detektif yang datang di tempat kejadian perkara jauh setelah kejadian tersebut selesai, sehingga si Detektif harus mengoleksi sample dan sisa-sisa dari tempat kejadian perkara untuk lalu direkonstruksi modelnya agar mengetahui bagaimana kejadian perkara tersebut dan siapa pelakunya. Hendaknya kita jangan berharap akan mendapatkan jawaban instan hanya dengan membaca sebuah kitab suci yang ditulis manusia yang hidup paling lama sekitar 3000 tahun yang lalu, sementara tempat kejadian perkara (situs-situs penggalian dan bukti fosil-fosil) yang harus kita teliti membentang selama 4,5 miliar tahun, jauh sebelum manusia menemukan api, berbicara dan menulis.

3. Jika Evolusi terjadi secara gradual selama jutaan tahun, mengapa fosil tidak menunjukkan perubahan yang gradual (bertahap)?

Justru fosil menunjukkan perubahan yang gradual, yaitu dari fosil hewan-hewan bersel satu dan mikroba pada lapisan bumi atau fosil tertua, menuju hewan-hewan bersel banyak yang lebih kompleks pada lapisan yang lebih muda. Contohnya adalah fosil Stromatolites, algae bersel satu yang berumur 3,5 miliar tahun, yang merupakan bukti fosil tertua makhluk hidup di bumi. Fosil-fosil selanjutnya adalah hewan-hewan yang multi sel, seperti fosil cnidaria dan cambria. Dari hewan bersel satu, bersel banyak, invertebrata, lalu vertebrata. Lapisan bumi menunjukkan dengan jelas perubahan spesies secara bertahap. Masing-masing lapisan bumi memilliki umur yang berbeda, yang paling tua 4,5 miliar tahun dan selama itulah proses evolusi diperlukan untuk mencapai kompleksitas makhluk hidup seperti yang kita saksikan sekarang ini. Pemeriksaan umur fosil dan lapisan bumi menggunakan metode radioactive dating, yaitu dengan memeriksa sisa atom yang memuai menjadi atom lain dalam kurun waktu tertentu, misalnya atom Uranium 238 memakan waktu 4,5 miliar tahun untuk memuai setengahnya menjadi atom Lead 206. Dan banyak lagi atom-atom lain dengan durasi pemuaian yang lebih pendek yang digunakan menjadi tolak ukur.

4. Tidak ada yang pernah menyaksikan evolusi terjadi.

Evolusi terjadi dalam kurun waktu miliaran tahun, jadi kita tidak mungkin bisa menyaksikan secara langsung. Itulah mengapa kita mencari petunjuk dari catatan fosil, dengan menggali untuk mencari tulang-belulang nenek moyang kita yang sudah meninggal jutaan tahun yang lalu. Teori Evolusi juga didukung oleh banyak bukti dari berbagai cabang disiplin ilmu pengetahuan. Data dari geology, paleontology, botany, zoology, biogeography, comparative anatomy and physiology, genetics, molecular biology, developmental biology, embryology, population genetics, genome sequencing, dan banyak lagi yang semua menjurus kepada satu kesimpulan, yaitu makhluk hidup berevolusi. Bahkan, kita bisa mengobservasi langsung evolusi makhluk hidup yang memiliki siklus reproduksi yang pendek, seperti virus dan bakteri (Micro-evolution). Pengetahuan tentang evolusi virus dan bakteri ini sangat penting bagi penelitian medis. Melalui evolutionary medicine inilah para peneliti menemukan obat/vaksin untuk SARS, Flu Burung, dan bermanfaat dalam upaya penelitian obat bagi HIV.

5. Sains mengklaim bahwa evolusi terjadi akibat kebetulan yang acak (random chance).

Evolusi terjadi akibat Seleksi Alam dan Mutasi Genetik. Ini adalah proses bertahap yang tidak acak di mana makhluk hidup menjadi dominan atau langka dan punah, sebagai akibat reproduksi diferensial dan perubahan lingkungan (Habitat, Iklim, Predator dan Makanan), di mana jika proses ini berlangsung terus dalam kurun waktu yang lama, satu spesies bisa terpecah menjadi dua spesies yang berbeda.