Pemerintah Pusat melalui KSAD Mayor Jenderal Nasution melakukan pesiapan guna melakukan operasi militer terhadap kedudukan Permesta di Sulawesi. operasi ini di sebut Operasi Saptamarga I dengan pimpinan Letkol Soemarsono dengan rincian sasaran Sulawesi Utara bagian Tengah pada bulan Maret 1958 Palu dan Donggala telah direbut oleh APRI(Angkatan Perang Republik Indonesia) dan Pasukan Mobile Brigade, di bawah pimpinan Kapten Frans Karangan Dikabarkan bahwa komandan. Akhir Maret 1958, Permesta mendapatkan bantuan gerombolan Jan Timbuleng (Pasukan Pembela Keadilan/PPK) juga turut bergabung gerombolan pemberontak lainnya, kurang lebih 300 orang dari satu kelompok (Sambar Njawa) yang dipimpin Daan Karamoy. Serta bekas istri Jan Timbuleng, Len Karamoy sebagai komandan pasukan, menawarkan diri untuk melatih sebuah laskar wanita untuk Permesta (PWP). serta mereka Pula melakukan rencana untuk menyerang Jakarta. Namun secara bertahap. rencana ini di beri nama Operasi Djakarta II. Rencana Operasi Djakarta II itu adalah sebagai berikut: a. merebut kembali daerah Palu/Donggala yang telah dikuasai Tentara pusat;lalu menyerang dan menduduki Balikpapan. b. sasaran kedua adalah Bali; c. sasaran ketiga adalah Pontianak; d. sasaran terakhir adalah Jakarta.

Operasi ini bertujuan untuk menekan Pemerintah Pusat agar mau berunding dengan PRRI. dan pada 13 April 1958 pesawat pesawat milik AUREV menyerang lapangan udara Mandai Makassar serta tempat tempat lainya seperti Ternate,Balikpapan dan Donggala dan serangan yang paling fatal adalah serangan terhadap Kapal Hang Tuah yang sedang bersandar di pelabuhan Balikpapan.menyebabkan Kapal tersebut tenggelam. Pada tanggal 18 mei 1958 dilakukanlah Operasi Mena II di bawah Komando Letkol. KKO Huhnholz untuk merebut lapangan udara Morotai di sebelah utara Halmahera. mayor Soedomo selaku Kepala Staf memerintahkan tuk berlayar ke Pulau Tiaga di lepas Pantai Ambon dengan di dukung Pesawat P-51 Mustang dan B-26 serta Pasukan Gerak Cepat,Pasukan Angkatan Darat dan Gabungan Marinir. Lalu Datanglah serangan dari Allen Pope menggunakan Pesawat B-26 Invader. sebelumya ia telah menyerang Ambon setelah terbang dari Mapanget. Seketikapun Allen Pope menukikan Pesawatnya untuk menyerang kedudukan Pasukan APRI. melihat tanda bahaya para awak yang berada di dalam Kapal dengan serentak melakukan tembakan balasan. hampir seluruh Pasukan yang ada di dalam Kapal melakukanya. Mulai dengan Penagkis udara, Senapan Serbu, Senapan Otomatis, Senapan Infanteri bahkan Pistol. di sisi lain bantuan untuk Pemerintah Pusat pun datang dari penerbang bernama Ignatius Dewanto dengan menggunakan Pesawat kopkit P-51. Dewanto langsung memacu pesawatnya dan lepas landas. untuk membantu iring iringan ALRI yang diserang. Tetapi Dia tidak menemukan B-26 AUREV. Ferry Tank (Tangki bahan bakar cadangan) dilepas di laut. Lalu terlihatlah konvoi kawan kawanya yang diserang B-26 milik AUREV buruannya. Dengan cepat ia mengejar Dewanto lalu mengambil posisi di belakang lawan. Roket ditembakkan namun, berkali-kali lolos, disusul dengan tembakan 6 meriam 12,7, karena jaraknya lebih dekat, memungkinkan ia dapat mengenainaya lebih besar. Dewanto yakin tembakannya mengenai sasaran. Lalu semua awak yang berada di dalam Kapal melihat pesawat milik AUREV itu terbakar. lalu terlihatlah dua buah Parasut yang jatuh,ada yang jatuh di sebuah pohon, serta luka terhempas karang. lalu kedua orang itu adalah Allen Pope dan Harry Rantung, Pope adalah seorang penerbang bayaran asal Amerika Serikat. yang sedang melakukan tugas untuk membantu Permesta dalm Pemberontakan. Akibat semua ini adalah melemahnya kekuatan Permesta di udara. menyebabkan Apri dengan mudah menguasai setiap Wilayah yang semula diduduki Permesta. Kemudian Pasukan RPKAD bersiap untuk menyerang mapanget namun mengalami Kegagalan serta menewaskan Miskan, seorang Prajurit dan Sersan Mayor Tugiman,

Setelah Pasukan RPKAD gagal kemudian AURI menyerang Mapanget dengan Pesawat P-51 Mustang. dengan sasaran menembak awak Canon anti Udara pertempuran sengit pun terjadi para awak Canon anti udara, Permesta terus melakukan penembakan terhadap pasukan AURI secara Terus menerus. bahkan, dari merka ada yang sampai terpental namun tidak mengalami luka, lalu kembali memegang Canon Anti Udara mereka maisng masing. dari akhirnya serangan ini kembali tidak membuahkan hasil. para Canon Anti Udara Permesta menjadi Pahlawan karena berhasil mengusir setiap serangan yang selalu datang.sebelumnya,mereka juga sempat merontokan 3 pesawat milik AURI.AURI pun mengakui keunggulan Pertahanan udara Permesta yang mereka nilai paling tersulit selama Melakukan Operai Militer. kebanyakan dari mereka adalah Pasukan Ex-KNIL jadi sudah sangat terlatih walaupun umur mereka banyak yang sudah tua,namun berkat pengalaman yang mereka miliki. mereka dapat berbuat banyak. Sementara itu Gubernur Sulawesi Andi Pangerang menyatakan Pembekuan segala Aktivitas yang Berkaitan dengan Permesta. dan kemudian Amerika Serikat menarik segala bantuanya terhadap Permesta. karena malu terhadap Pemerintah Pusat setelah pesawat yang di kemudikan Pope terjatuh, yang membongkar segala bantuan Amerika terhadap Permesta, Sebelum pesawat itu jatuh Amerika Serikat, dengan sangat bersikeras menyatakan bahwa mereka sama sekali tidak terlibat dengan PRRI maupun Permesta. Seperti yang dikutip oleh John Foster Dulles “Apa yang terjadi di Sumatera adalah urusan dalam negeri Indonesia. AS tidak ikut campur dalam urusan dalam Negeri Negara lain” Kemudian, Eisenhower selaku Presiden Amerika Serikat, mengadakan jumpa pers terkait Peristiwa yang terjadi di Sumatera dan Sulawesi,serta penemuan beberapa senjata buatan AS. isi dari jumpa pers itu adalah: “Senjata-senjata yang ditemukan oleh ABRI. adalah senjata yang dengan mudah dapat ditemukan di pasar gelap dunia. Di samping itu, sudah biasa di mana ada konflik pasti akan ditemukan tentara bayaran”Tetapi tuduhan bahwa Amerika Serikat terlibat disini semakin nyata, setelah tubuh Pope digeledah dan terdapat beberapa identitas tentang dirinya. seperti surat keterangan yang mengizinkan Pope memasuki semua fasilitas militer AS di Philpina. Juga ada kartu klub perwira di pangkalan itu.

Hal ini membuat Amerika benar-benar kehilangan muka di dunia.bahkan segala buku yang mengisahkan sepak terjang CIA selalu memojokan Amerika. Untuk meraih Hati Presiden Soekarno. Amerika menawarkan bantuan senjata. serta bersedia mengimpor beras kepada Indonesia dengan bayaran Rupiah,selain itu dengan sangat terpaksa, Amerika menghentikan segala bantuannya kepada PRRI dan Permesta. sehingga membuat keduannya semakin melemah. Sementara itu peperangan antara Pemerintah pusat dan Permesta semakin gencar. saling menguasai beberapa tempat terjadi. pada tanggal 17 Pebruary 1959 Permesta secara serentak melakukan serangan besar besaran yang di beri nama operasi "Operation Djakarta Special One". Tujuan dari serangan itu adalah. menduduki beberapa Kota Srategis seperti; Langowan, Tondano dan Amurang-Tumpaan. untuk menhancurkan segala Prasarana musuh. Namun,operasi tersebut mengalami kegagalan walaupun Permesta sempat menduduki beberapa tempat. namun hanya untuk beberpa jam saja. karena tempat tersebut berhasil direbut oleh Pasukan APRI dan AURI.

Setelahnya pasukan APRI dan AURI berhasil menduduki beberapa tempat yang sebelumnya merupakan basis terkuat dari Permesta.

http://id.wikipedia.org/wiki/Perdjuangan_Semesta

Kabinet PRRI terdiri dari:

Mr. Sjafruddin Prawiranegara sebagai Perdana Menteri merangkap Menteri Keuangan,
Mr. Assaat Dt. Mudo sebagai Menteri Dalam Negeri, Dahlan Djambek sempat memegangnya sebelum Mr. Assaat sampai di Padang,
Maluddin Simbolon sebagai Menteri Luar Negeri,
Prof. Dr. Soemitro Djojohadikoesoemo sebagai Menteri Perhubungan dan Pelayaran,
Muhammad Sjafei sebagai Menteri PPK dan Kesehatan,
J.F. Warouw sebagai Menteri Pembangunan,
Saladin Sarumpaet sebagai Menteri Pertanian dan Perburuhan,
Muchtar Lintang sebagai Menteri Agama,
Saleh Lahade sebagai Menteri Penerangan,
Ayah Gani Usman sebagai Menteri Sosial,
Dahlan Djambek sebagai Menteri Pos dan Telekomunikasi setelah Mr. Assaat sampai di Padang

http://id.wikipedia.org/wiki/Pemerin...blik_Indonesia

"Prof. Sumitro Djojohadikusumo menjawab. Wawancara TEMPO 1999."

TEMPO:
Bagaimana sebetulnya hubungan
Prabowo dengan Keluarga
Cendana?

SUMITRO:
Hubungan Bowo dengan anak-anak (Pak Harto) tidak baik, selalu bentrok, meski tidak pernah sampai (tersiar) ke luar: bentrok dengan Tommy soal cengkeh, dengan Mamiek soal helikopter. Anak-anak ini kemudian
mempengaruhi bapaknya sehingga
Pak Harto akhirnya lebih percaya
Sjafrie (Mayjen Sjafrie Sjamsoeddin,
bekas Panglima Daerah Militer
Jakarta Raya dan mantan pengawal
Soeharto) daripada Bowo. Yang
paling akhir, Bowo dikhianati
mertuanya sendiri. Sudahlah, saya
tidak mau memperpanjang. Nanti
dikira dendam.

TEMPO;
Dikhianati bagaimana?

SUMITRO;
Sebenarnya ide untuk melepaskan
Prabowo dari pasukannya itu berasal dari panglimanya, jadi dari Wiranto Kita tahu, Wiranto dan Prabowo seperti ini (mengadu kedua kepalan tangan). Bowo bilang, ''Waduh, orang yang saya bela kok melepaskan saya dari pasukan begitu saja." Ia dilepaskan dari Kostrad (Komando
Cadangan Strategis Angkatan Darat) dan ditempatkan di Bandung. Itu sangat mengecewakan Bowo.

TEMPO:
Bukankah Prabowo juga dianggap berkhianat oleh Keluarga Cendana?


SUMITRO:
Pak Harto adalah Panglima Tertinggi (Pangti) ABRI. Jadi, kalau ada apa-apa, Bowo harus membela Pangti. Tapi, waktu itu, Bowo akhirnya mengatakan, bila rakyat menghendaki, Pak Harto akan turun, tapi harus konstitusional.
Nah, itu yang dianggap sebagai pengkhianatan oleh Keluarga Cendana.

TEMPO:
Banyak tuduhan terhadap Prabowo dari penculikan hingga usaha kudeta. Mana yang Anda percayai?

SUMITRO:
Tidak ada yang saya percayai. Bahwa Bowo itu arogan, iya. Kesannya memang begitu. Bahwa dia temperamental, iya. Tentang penculikan, dia memang menculik
sembilan orang itu. Tapi perintah
penculikan itu kan dia dapat dari
atasannya.

TEMPO;
Siapa atasannya?

SUMITRO:
Ada tiga: Hartono, Feisal Tanjung, dan Pak Harto. Banyak jenderal yang tahu, tapi tidak berani berbicara. Nanti di pengadilan bisa dibuka asalkan pengadilannya benar-benar adil. Dari segi kemanusiaan, penculikan memang
tidak bisa diterima. Tapi, dari sudut ketentaraan, ini adalah perintah. Saya sendiri sulit melihatnya dari sudut pandang mana.